TkA01G100770 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G100770

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 25499752-25504906 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA 无可用 cDNA 序列

cDNA

该参考版本没有可用的cDNA序列。

CDS

下载 CDS FASTA

1527 bp · TkA01G100770|TK1151|CDS

ATGTTTGGGTGCAGAAGTTTGCTAAAGCAAATTAGAAAGAGGAAGAGGAAGAGAAGAATACACCACAAACGTATTCCCAAAAACACCAAACAAAACCCTCGTTTAACAGAACAACAACAGCAAGATTTCGCTACAGATGACGGTTTCAGCTTAAAGGGATCTTCCCCATCACAGAATTACGGAGTCCAACCATTGGGGAACTTTTACCTCAGCTCATCTCCTCACAACTCAAGAAACACAGGCTTAGGTAACATCCAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

508 aa · TkA01G100770|TK1151|PROTEIN

MFGCRSLLKQIRKRKRKRRIHHKRIPKNTKQNPRLTEQQQQDFATDDGFSLKGSSPSQNYGVQPLGNFYLSSSPHNSRNTGLGNIQTLTDELVLDILGFLRGTDLGILSTVSKSFYVFSNHEPLWRNLVLDNCGIDNGFLFKGSWKSTFVAAHHPSFDVSKIGSLGFKVKDFYSDYLFQSWLCANLELKHEWLSRDNIIRRKGISIEEFVTNFEEPNKPVLLEGCLDNWPAIKKWDKDYLIKTCNNTRFSIGPVQMNLQD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G100770`
TK1151 ID	TkA01G100770
OH-1004 ID	LXL04_004867
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G100770

位置 Chr01:25499752-25504906 (+)

描述 Similar to At5g06550: F-box protein At5g06550

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g06550`	组蛋白去甲基化酶，特异性去甲基化组蛋白H4的“Arg-3”（H4R3me），对H4R3me2具有特异活性。	暂无已核实直接文献
`At1g78280`	可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004867 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006909 phagocytosis 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010030 positive regulation of seed germination 生物过程

GO:0010099 regulation of photomorphogenesis 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0018395 peptidyl-lysine hydroxylation to 5-hydroxy-L-lysine 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0035212 cell competition in a multicellular organism 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G78280

ath:AT5G06550

dme:Dmel_CG5383

dre:266962

hmg:100209631

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.829

排名 1 · TkA01G100770 · TK1151

细胞质0.232

排名 2 · TkA01G100770 · TK1151

细胞膜0.027

排名 3 · TkA01G100770 · TK1151

线粒体0.025

排名 4 · TkA01G100770 · TK1151

内质网0.020

排名 5 · TkA01G100770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02043Bac_chlorC48-60 aa

PF07883Cupin_273-81 aa

PF00646F-box87-126 aa

PF12937F-box-like90-130 aa

PF13621Cupin_8208-426 aa

PF02373JmjC315-426 aa

PF07883Cupin_2320-344 aa

PF00190Cupin_1321-423 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G100770	`PF02043`	Bac_chlorC	48	60	0.07	13.9
TkA01G100770	`PF07883`	Cupin_2	73	81	0.021	15.2
TkA01G100770	`PF00646`	F-box	87	126	0.0003	21.3
TkA01G100770	`PF12937`	F-box-like	90	130	4.2e-07	30.3
TkA01G100770	`PF13621`	Cupin_8	208	426	9e-27	95.3
TkA01G100770	`PF02373`	JmjC	315	426	1e-15	58.9
TkA01G100770	`PF07883`	Cupin_2	320	344	0.021	15.2
TkA01G100770	`PF00190`	Cupin_1	321	423	0.13	12.6
TkA01G100770	`PF00646`	F-box	337	347	0.0003	21.3
TkA01G100770	`PF08007`	JmjC_2	341	350	0.052	13.8
TkA01G100770	`PF08007`	JmjC_2	391	426	0.052	13.8
TkA01G100770	`PF02043`	Bac_chlorC	393	469	0.07	13.9
TkA01G100770	`PF07883`	Cupin_2	394	419	0.021	15.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q67XX3`	拟南芥	sp\|Q67XX3\|JMJ22_ARATH Arginine-specific demethylase JMJ22	69.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9M9E8`	拟南芥	sp\|Q9M9E8\|JMJ21_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ21	37.200%	Swiss-Prot	中等置信

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