TkA01G079830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G079830

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 20428316-20429411 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

717 bp · TkA01G079830|TK1151|cDNA

ATGTCGATTCAAGATCCAGGATTCTTGCGTAGAGGGCCTTGGCTCGATGAAGAAGACAACAGATTGACTACCACTGTTGGGGAATTAGGTGAAAAACATTGGGATGCTTTGGCTAAATCATCAGGTTTGAGGAGAAGTGGAAAAAGTTGTCGGCTCAGGTGGAAGAATTATCTTCGACCGAATTTAAAGCATGGTGATATCACACATGAAGAAGAACACACCATTCTTAATCTTCAGAAACAATGGGGCAACAAGTGGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

717 bp · TkA01G079830|TK1151|CDS

ATGTCGATTCAAGATCCAGGATTCTTGCGTAGAGGGCCTTGGCTCGATGAAGAAGACAACAGATTGACTACCACTGTTGGGGAATTAGGTGAAAAACATTGGGATGCTTTGGCTAAATCATCAGGTTTGAGGAGAAGTGGAAAAAGTTGTCGGCTCAGGTGGAAGAATTATCTTCGACCGAATTTAAAGCATGGTGATATCACACATGAAGAAGAACACACCATTCTTAATCTTCAGAAACAATGGGGCAACAAGTGGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

238 aa · TkA01G079830|TK1151|PROTEIN

MSIQDPGFLRRGPWLDEEDNRLTTTVGELGEKHWDALAKSSGLRRSGKSCRLRWKNYLRPNLKHGDITHEEEHTILNLQKQWGNKWSRIAKRLPGRTDNEIKNYWRSHLKGKAEAQPECLKGIEEDMKQDFMTPKCDRISFDHVGESSMSDKEDFFGISSSGTTEQYCDMNALGSGSPYESRMSDLISSCCWQSDEIKHHEEYGMGMFPCFSEIGSSFEEESKTHGVWDLWSPIWELG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G079830`
TK1151 ID	TkA01G079830
OH-1004 ID	LXL04_005116
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G079830

位置 Chr01:20428316-20429411 (+)

描述 Similar to MYB27: Transcription factor MYB27

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g53200`	转录因子 MYB27。	暂无已核实直接文献
`At5g59780`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At3g46130`	转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0700500`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os12g0567300`	转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005116 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0035865 cellular response to potassium ion 生物过程

GO:0043266 regulation of potassium ion transport 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0098586 cellular response to virus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G53200

ath:AT5G59780

dosa:Os11g0684000

dosa:Os11g0700500

dosa:Os12g0567300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.964

排名 1 · TkA01G079830 · TK1151

细胞质0.110

排名 2 · TkA01G079830 · TK1151

细胞膜0.024

排名 3 · TkA01G079830 · TK1151

内质网0.012

排名 4 · TkA01G079830 · TK1151

质体0.011

排名 5 · TkA01G079830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249Myb_DNA-binding11-58 aa

PF13921Myb_DNA-bind_614-73 aa

PF10545MADF_DNA_bdg31-56 aa

PF00249Myb_DNA-binding65-109 aa

PF13921Myb_DNA-bind_668-114 aa

PF10545MADF_DNA_bdg79-107 aa

PF10545MADF_DNA_bdg113-136 aa

PF00249Myb_DNA-binding197-217 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G079830	`PF00249`	Myb_DNA-binding	11	58	9.2e-29	100.0
TkA01G079830	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	14	73	1.8e-18	67.2
TkA01G079830	`PF10545`	MADF_DNA_bdg	31	56	0.17	13.0
TkA01G079830	`PF00249`	Myb_DNA-binding	65	109	9.2e-29	100.0
TkA01G079830	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	68	114	1.8e-18	67.2
TkA01G079830	`PF10545`	MADF_DNA_bdg	79	107	0.17	13.0
TkA01G079830	`PF10545`	MADF_DNA_bdg	113	136	0.17	13.0
TkA01G079830	`PF00249`	Myb_DNA-binding	197	217	9.2e-29	100.0
TkA01G079830	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	199	219	1.8e-18	67.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCP1`	拟南芥	sp\|Q9SCP1\|MYB27_ARATH Transcription factor MYB27	46.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q4JL84`	拟南芥	sp\|Q4JL84\|MYB59_ARATH Transcription factor MYB59	58.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LX82`	拟南芥	sp\|Q9LX82\|MYB48_ARATH Transcription factor MYB48	58.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q53NK6`	水稻	sp\|Q53NK6\|MYBA1_ORYSJ Myb-related protein MYBAS1	61.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q4JL76`	水稻	sp\|Q4JL76\|MYBA2_ORYSJ Myb-related protein MYBAS2	61.300%	Swiss-Prot	低置信

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