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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G055480
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 14369205-14372342 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2220 bp · TkA01G055480|TK1151|cDNA

AATACCCCCATCAAACGATCACTTCGAAGGTCATCGAAGGGCAAAATCGTCGTTTTAGTCTTCACCCACCTCAAAATCCCGCCAACACGTTTGTGGTGTGTGGGAAAGATGAAGCTATCTTCCTCAAAACAACACTTTCCTCTGTTTTCTCCTTCTAATGGCACCTCTAAGTTACACTTCACTACCCTCATCAAACCCTCATTTACACATTCTCACCTCCATTTTCCCTATGCACATGCTCTCGACGCTTCTTCTTCCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

930 bp · TkA01G055480|TK1151|CDS

AATACCCCCATCAAACGATCACTTCGAAGGTCATCGAAGGGCAAAATCGTCGTTTTAGTCTTCACCCACCTCAAAATCCCGCCAACACGTTTGTGGTGTGTGGGAAAGATGAAGCTATCTTCCTCAAAACAACACTTTCCTCTGTTTTCTCCTTCTAATGGCACCTCTAAGTTACACTTCACTACCCTCATCAAACCCTCATTTACACATTCTCACCTCCATTTTCCCTATGCACATGCTCTCGACGCTTCTTCTTCCTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

309 aa · TkA01G055480|TK1151|PROTEIN

NTPIKRSLRRSSKGKIVVLVFTHLKIPPTRLWCVGKMKLSSSKQHFPLFSPSNGTSKLHFTTLIKPSFTHSHLHFPYAHALDASSSSSAASTPAPVLGQDAIPVELDDTESGEAANQTLDDLLVVRRPVMESTDDGEYGEDDDVESEIDQESSSFTSTSSVIDTNLSNFAMKMPIFEPKRVGSSSTSETPLVVNLDLALYKAKVLARNFRYKEAEEVLQKCISIWPEDGRCYVALGKILGKQSKSNEARAVYEKGCQATQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G055480
TK1151 IDTkA01G055480
OH-1004 IDLXL04_005405
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)89.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 88.673 / OH-1004 36.836
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G055480
位置Chr01:14369205-14372342 (+)
描述Similar to HCF107: Protein high chlorophyll fluorescent 107
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g17040 直接或间接参与叶绿体编码 mRNA 的加工。
The nucleus-encoded HCF107 gene of Arabidopsis provides a link between intercistronic RNA processing and the accumulation of translation-competent psbH transcripts in chloroplasts.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010090
The nuclear gene HCF107 encodes a membrane-associated R-TPR (RNA tetratricopeptide repeat)-containing protein involved in expression of the plastidial psbH gene in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02409.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005405 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000244 spliceosomal tri-snRNP complex assembly 生物过程
GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006417 regulation of translation 生物过程
GO:0009657 plastid organization 生物过程
GO:0010114 response to red light 生物过程
GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G17040
spo:2541185
yli:2907810
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.917
排名 1 · TkA01G055480 · TK1151
细胞核0.079
排名 2 · TkA01G055480 · TK1151
线粒体0.051
排名 3 · TkA01G055480 · TK1151
细胞质0.043
排名 4 · TkA01G055480 · TK1151
细胞膜0.021
排名 5 · TkA01G055480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29386CFAP70_mid_TPR79-113 aa
PF13428TPR_14196-238 aa
PF12895ANAPC3198-254 aa
PF25063ARM_TT21_C199-264 aa
PF13174TPR_6199-227 aa
PF13424TPR_12200-257 aa
PF07719TPR_2200-224 aa
PF00515TPR_1201-228 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G055480PF29386CFAP70_mid_TPR791130.002918.6
TkA01G055480PF13428TPR_141962386.7e-0730.1
TkA01G055480PF12895ANAPC31982540.01416.4
TkA01G055480PF25063ARM_TT21_C1992640.01316.1
TkA01G055480PF13174TPR_61992270.2312.9
TkA01G055480PF13424TPR_122002571.9e-0525.5
TkA01G055480PF07719TPR_22002240.0002221.8
TkA01G055480PF00515TPR_12012280.00417.6
TkA01G055480PF13181TPR_82022248.8e-0626.2
TkA01G055480PF13374TPR_102022250.00119.7
TkA01G055480PF29386CFAP70_mid_TPR2032870.002918.6
TkA01G055480PF17840Tugs2032200.2212.4
TkA01G055480PF14559TPR_192082620.007117.4
TkA01G055480PF29407CFAP70_TPR_C2092630.003217.7
TkA01G055480PF13431TPR_172182500.1513.1
TkA01G055480PF13181TPR_82302578.8e-0626.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8RWG2拟南芥sp|Q8RWG2|CF107_ARATH Protein high chlorophyll fluorescent 10758.300%Swiss-Prot中等置信

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