TkA01G050830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G050830

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 13166954-13173438 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2304 bp · TkA01G050830|TK1151|cDNA

CCGCTACTCAAGCTAAATTTTCAATCCCAATTCACCAAATTCATAATATGTATCGCAAAATCTCAAAATTCTAGGGTTAGGTTTTCTATTATCTCTTGAAATAATTTCTGGAGAAGCTTCACTCGATTATGGACAGACATAGAGGAGGAGACAGGTATGGGAACAGTCCTAATGATTCTCATCCCTATAGACACCATAGAGGTGGAGGCGGTGGAGGTCCACCACCTTCACGATCATCAGATGATATTCCACCAATGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1203 bp · TkA01G050830|TK1151|CDS

ATGCAATCTCCAGGAATCAGACCAGCGAATTTTGGTGAGGGTGCAGGAATGCATGGAAACATTCCTCAAAACGTGTGGCATCCGATGAGTCAGCAAGGAATGGGCCCACCTGATATTAACATGCATGGTTATAACAACCAAATGCCACCTAGATCTGGTGATGCAAAAGTCTTACCACTTTCATCAAATCCTCAAAACATGTCACCTTTAAAAAAACCAAACCAATCACCACAGCCTTTCTCACAACCACCACCATCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

400 aa · TkA01G050830|TK1151|PROTEIN

MQSPGIRPANFGEGAGMHGNIPQNVWHPMSQQGMGPPDINMHGYNNQMPPRSGDAKVLPLSSNPQNMSPLKKPNQSPQPFSQPPPSNPIRPSGQPTGQGQQPPNSSATQSQTFSQGFPSMHGGFIPPPVMNQYQVPGQQMGAPPVHQSASPLAQMLSQQKQNLQASYQSSQQTFTQLQQQMQLMQPANPNPTPQQGGGRASYGAPGGKPVTEMPGGGAAKCNWTEHTSPDGYKYYYNSTTGESKWEKPEELAVFEQQQKP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G050830`
TK1151 ID	TkA01G050830
OH-1004 ID	LXL04_005429
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	93.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.250 / OH-1004 48.370 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G050830

位置 Chr01:13166954-13173438 (+)

描述 Similar to FCA: Flowering time control protein FCA

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g16280`	在促进营养分生长顶端分生组织向生殖发育转变中起主要作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8BCZ8`	在促进营养分生组织向生殖发育转变中起主要作用（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`Os09g0123200`	在促进营养分生长顶端分生组织向生殖发育转变中起主要作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005429 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031048 regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

GO:0080113 regulation of seed growth 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G16280

dosa:Os09g0123200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.891

排名 1 · TkA01G050830 · TK1151

细胞质0.232

排名 2 · TkA01G050830 · TK1151

细胞膜0.025

排名 3 · TkA01G050830 · TK1151

内质网0.024

排名 4 · TkA01G050830 · TK1151

线粒体0.015

排名 5 · TkA01G050830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08501Shikimate_dh_N143-182 aa

PF00397WW221-248 aa

PF23517WW_TCERG1228-252 aa

PF03374ANT266-305 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G050830	`PF08501`	Shikimate_dh_N	143	182	0.21	12.6
TkA01G050830	`PF00397`	WW	221	248	2e-09	38.0
TkA01G050830	`PF23517`	WW_TCERG1	228	252	0.0011	18.9
TkA01G050830	`PF03374`	ANT	266	305	0.27	12.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04425`	拟南芥	sp\|O04425\|FCA_ARATH Flowering time control protein FCA	72.300%	Swiss-Prot	低置信
`B8BCZ8`	水稻	sp\|B8BCZ8\|FCA_ORYSI Flowering time control protein FCA	75.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q6K271`	水稻	sp\|Q6K271\|FCA_ORYSJ Flowering time control protein FCA	75.000%	Swiss-Prot	低置信

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