TkA01G049060 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G049060

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 12682961-12683710 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

750 bp · TkA01G049060|TK1151|cDNA

ATGCAAAATGTTCTTTACACATGGAATAGTCGTCGTAACCAACCCGGGGCACAAATGGGTGGTCCAGGGAACAACGGAGCCACTGGACTCGACCCACATATTATTAAAACTTTCCCTACCTATATTTACTCAGATGTTAAAAAATTTCGGCGTAAGAGATACGGATTAGAATGTGCTATATGTTTATGTGAATTTGAGGACGATAATGTCCTTCGGATTTTAACAAAATGTTACCATGTTTTCCATCAAGATTGTATAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

750 bp · TkA01G049060|TK1151|CDS

ATGCAAAATGTTCTTTACACATGGAATAGTCGTCGTAACCAACCCGGGGCACAAATGGGTGGTCCAGGGAACAACGGAGCCACTGGACTCGACCCACATATTATTAAAACTTTCCCTACCTATATTTACTCAGATGTTAAAAAATTTCGGCGTAAGAGATACGGATTAGAATGTGCTATATGTTTATGTGAATTTGAGGACGATAATGTCCTTCGGATTTTAACAAAATGTTACCATGTTTTCCATCAAGATTGTATAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

249 aa · TkA01G049060|TK1151|PROTEIN

MQNVLYTWNSRRNQPGAQMGGPGNNGATGLDPHIIKTFPTYIYSDVKKFRRKRYGLECAICLCEFEDDNVLRILTKCYHVFHQDCIDLWLESHKSCPFCRRGLETPLPSPEKSPISQHSTPMHEIHENELLEDTYTVNIGDENEMNNNTDATEENKTEKHVNIDIDRGEVKRTDKFPRSKSTGHSITKNSKTTEDEDKFTLRLPEHIQAKLIHGHTWTRSCTEFGEFKTRSTGSIGLGEASTSRDVNKP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G049060`
TK1151 ID	TkA01G049060
OH-1004 ID	LXL04_005444
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.189 / OH-1004 30.440 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G049060

位置 Chr01:12682961-12683710 (+)

描述 Similar to At4g17910: Uncharacterized protein At4g17910

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g46650`	RING-H2 指蛋白 ATL30。	暂无已核实直接文献
`At4g17920`	RING-H2 指蛋白 ATL29。	暂无已核实直接文献
`At3g05200`	E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。	暂无已核实直接文献
`At2g35000`	E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。	暂无已核实直接文献
`At1g35330`	RING-H2 指蛋白 ATL34。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005444 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006506 GPI anchor biosynthetic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0032216 glucosaminyl-phosphatidylinositol O-acyltransferase activity 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G17910

ath:AT4G17920

ath:AT5G46650

ddi:DDB_G0286111

ncr:NCU00913

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.545

排名 1 · TkA01G049060 · TK1151

细胞核0.332

排名 2 · TkA01G049060 · TK1151

细胞膜0.171

排名 3 · TkA01G049060 · TK1151

线粒体0.080

排名 4 · TkA01G049060 · TK1151

溶酶体／液泡0.061

排名 5 · TkA01G049060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08746zf-RING-like47-61 aa

PF21872SAM_552-95 aa

PF04641Rtf252-178 aa

PF11789zf-Nse53-99 aa

PF05883Baculo_RING55-101 aa

PF11793FANCL_C56-94 aa

PF13639zf-RING_257-100 aa

PF17123zf-RING_1157-86 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G049060	`PF08746`	zf-RING-like	47	61	5.5	7.9
TkA01G049060	`PF21872`	SAM_5	52	95	0.07	13.6
TkA01G049060	`PF04641`	Rtf2	52	178	1.3	9.0
TkA01G049060	`PF11789`	zf-Nse	53	99	0.1	13.2
TkA01G049060	`PF05883`	Baculo_RING	55	101	0.052	14.2
TkA01G049060	`PF11793`	FANCL_C	56	94	0.45	11.6
TkA01G049060	`PF13639`	zf-RING_2	57	100	6e-14	52.8
TkA01G049060	`PF17123`	zf-RING_11	57	86	7.2e-09	35.9
TkA01G049060	`PF13923`	zf-C3HC4_2	57	99	1.5e-08	35.0
TkA01G049060	`PF14634`	zf-RING_5	57	101	6.8e-06	26.7
TkA01G049060	`PF13920`	zf-C3HC4_3	57	102	0.0035	17.8
TkA01G049060	`PF00097`	zf-C3HC4	58	99	3.9e-07	30.5
TkA01G049060	`PF13445`	zf-RING_UBOX	58	97	1.5e-06	28.8
TkA01G049060	`PF12906`	RINGv	58	99	0.097	13.6
TkA01G049060	`PF14447`	Prok-RING_4	58	104	0.11	13.1
TkA01G049060	`PF12678`	zf-rbx1	61	100	1.1e-09	39.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FIR0`	拟南芥	sp\|Q9FIR0\|ATL30_ARATH RING-H2 finger protein ATL30	44.100%	Swiss-Prot	中等置信
`O49691`	拟南芥	sp\|O49691\|ATL29_ARATH RING-H2 finger protein ATL29	41.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8RXX9`	拟南芥	sp\|Q8RXX9\|ATL6_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL6	38.900%	Swiss-Prot	中等置信
`O64763`	拟南芥	sp\|O64763\|ATL9_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL9	37.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C7I1`	拟南芥	sp\|Q9C7I1\|ATL34_ARATH RING-H2 finger protein ATL34	32.900%	Swiss-Prot	中等置信

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