RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G028340
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 7261683-7268725 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1243 bp · TkA01G028340|TK1151|cDNA

GGTATTCTCCTGAAGAGGGCGACGCAAAAATGGAGGAAGAGGAACAACATTTTGGATCAAAAGAGAAAGGATCGATACAAAGTGCATCTAGTGCCTCAGCTGAAGATCATGGAAGGAAGAAAGGAACCGGGCACTCTTTGCAACTACAAACCAAAATTCAGCTATATCTTCTCTGATATGGACGGTACACTTCTGAATAGCAAAAGTCTAGTTTCTGCTACAAATGCAGAAGCTATAAAAGAGGCTTCATCAAATGGTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

978 bp · TkA01G028340|TK1151|CDS

GGTATTCTCCTGAAGAGGGCGACGCAAAAATGGAGGAAGAGGAACAACATTTTGGATCAAAAGAGAAAGGATCGATACAAAGTGCATCTAGTGCCTCAGCTGAAGATCATGGAAGGAAGAAAGGAACCGGGCACTCTTTGCAACTACAAACCAAAATTCAGCTATATCTTCTCTGATATGGACGGTACACTTCTGAATAGCAAAAGTCTAGTTTCTGCTACAAATGCAGAAGCTATAAAAGAGGCTTCATCAAATGGTGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

325 aa · TkA01G028340|TK1151|PROTEIN

GILLKRATQKWRKRNNILDQKRKDRYKVHLVPQLKIMEGRKEPGTLCNYKPKFSYIFSDMDGTLLNSKSLVSATNAEAIKEASSNGVKVVLATGKTRPAAITLLNMVDLSGKDGIVSENSPGVFIQGLLVYGKDGKEIHRTNLDPNVCKEAFQYSIEHNIPLVAFSENRLLTLFSHPLVDSLHTTYHEPKAEIMPSVEDLLGSGDVQKVLFLDTAEGVAGTLRPYWSEATKGRACVVQAQADILEIVPPGTSKGNGVRML...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G028340
TK1151 IDTkA01G028340
OH-1004 IDLXL04_005610
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 88.308 / OH-1004 85.928
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G028340
位置Chr01:7261683-7268725 (+)
描述Similar to YBEY: Endoribonuclease YBEY, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g25870 叶绿体核糖体 RNA 加工所需的核糖核酸内切酶，对于正常生长和发育至关重要。
The conserved endoribonuclease YbeY is required for chloroplast ribosomal RNA processing in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.255000

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005610 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0016311 dephosphorylation 生物过程
GO:1901259 chloroplast rRNA processing 生物过程
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能
GO:0004222 metalloendopeptidase activity 分子功能
GO:0004521 RNA endonuclease activity 分子功能
GO:0016791 phosphatase activity 分子功能
GO:0046872 metal ion binding 分子功能
GO:0050308 sugar-phosphatase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G25870
bsu:BSU39550
ecc:c4619
ecj:JW3674
eco:b3697
ecoc:C3026_20040
sfl:SF3767
sfx:S4004
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.357
排名 1 · TkA01G028340 · TK1151
线粒体0.197
排名 2 · TkA01G028340 · TK1151
质体0.178
排名 3 · TkA01G028340 · TK1151
细胞核0.152
排名 4 · TkA01G028340 · TK1151
过氧化物酶体0.111
排名 5 · TkA01G028340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08282Hydrolase_356-320 aa
PF00702Hydrolase56-78 aa
PF05116S6PP56-110 aa
PF12710HAD56-70 aa
PF13344Hydrolase_656-99 aa
PF11019DUF260858-73 aa
PF13419HAD_259-82 aa
PF00702Hydrolase76-109 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G028340PF08282Hydrolase_3563206.9e-54184.0
TkA01G028340PF00702Hydrolase56782.3e-1248.4
TkA01G028340PF05116S6PP561102.9e-1247.5
TkA01G028340PF12710HAD56700.0001323.1
TkA01G028340PF13344Hydrolase_656990.00717.1
TkA01G028340PF11019DUF260858730.1212.5
TkA01G028340PF13419HAD_259820.000123.1
TkA01G028340PF00702Hydrolase761092.3e-1248.4
TkA01G028340PF13419HAD_2771090.000123.1
TkA01G028340PF12710HAD771080.0001323.1
TkA01G028340PF13242Hydrolase_like821010.1612.7
TkA01G028340PF13419HAD_21501900.000123.1
TkA01G028340PF02358Trehalose_PPase2312830.003817.1
TkA01G028340PF05116S6PP2342992.9e-1247.5
TkA01G028340PF00702Hydrolase2362872.3e-1248.4
TkA01G028340PF11019DUF26082502850.1212.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L5Z4拟南芥sp|Q8L5Z4|YBEY_ARATH Endoribonuclease YBEY, chloroplastic70.500%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看