LXL04_005610 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005610

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 169191652-169203422 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1005 bp · LXL04_005610|LXL04_005610|OH1004|cDNA

ATGAATGCACGGCTATCTTCTAGTTATAATTGGTATTCTCCTGAAGAGGGCGACGCAAAAATGGAGGAAGAGGAACAACATTTTGGATCAAAAGAGAAAGGATCGATACAAAGTGCATCTAGTGCCTCAGCTGAAGATCATGGAAGAAAGGAACCGGGCACTCTTTGCAACTACAAACCAAAATTCAGCTATATCTTCTCTGATATGGACGGTACACTTCTGAATAGCAAAAGTCTAGTTTCTGCTACAAATGCAGAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1005 bp · LXL04_005610|LXL04_005610|OH1004|CDS

ATGAATGCACGGCTATCTTCTAGTTATAATTGGTATTCTCCTGAAGAGGGCGACGCAAAAATGGAGGAAGAGGAACAACATTTTGGATCAAAAGAGAAAGGATCGATACAAAGTGCATCTAGTGCCTCAGCTGAAGATCATGGAAGAAAGGAACCGGGCACTCTTTGCAACTACAAACCAAAATTCAGCTATATCTTCTCTGATATGGACGGTACACTTCTGAATAGCAAAAGTCTAGTTTCTGCTACAAATGCAGAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

334 aa · LXL04_005610|LXL04_005610|OH1004|PROTEIN

MNARLSSSYNWYSPEEGDAKMEEEEQHFGSKEKGSIQSASSASAEDHGRKEPGTLCNYKPKFSYIFSDMDGTLLNSKSLVSATNAEAIKEASSNGVKVVLATGKTRPAAITLLNMVDLSGKDGIVSENSPGVFIQGLLVYGKDGKEIHRTNLDPNVCKEAFQYSIEHNIPLVAFSENRLLTLFSHPLVDSLHTTYHEPKAEIMPSVEDLLGSGDVQKVLFLDTAEGVAGTLRPYWSEATKGRACVVQAQADILEIVPPGT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005610`
TK1151 ID	TkA01G028340
OH-1004 ID	LXL04_005610
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.308 / OH-1004 85.928 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005610

位置 Chr01:169191652-169203422 (+)

描述 Similar to YBEY: Endoribonuclease YBEY, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g25870`	叶绿体核糖体 RNA 加工所需的核糖核酸内切酶，对于正常生长和发育至关重要。	The conserved endoribonuclease YbeY is required for chloroplast ribosomal RNA processing in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.255000

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005610 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0016311 dephosphorylation 生物过程

GO:1901259 chloroplast rRNA processing 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0004222 metalloendopeptidase activity 分子功能

GO:0004521 RNA endonuclease activity 分子功能

GO:0016791 phosphatase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:0050308 sugar-phosphatase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25870

bsu:BSU39550

ecc:c4619

ecj:JW3674

eco:b3697

ecoc:C3026_20040

sfl:SF3767

sfx:S4004

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.492

排名 1 · LXL04_005610 · OH-1004

细胞核0.233

排名 2 · LXL04_005610 · OH-1004

线粒体0.109

排名 3 · LXL04_005610 · OH-1004

内质网0.102

排名 4 · LXL04_005610 · OH-1004

细胞膜0.095

排名 5 · LXL04_005610 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08282.19Hydrolase_365-329 aa

PF05116.20S6PP243-308 aa

PF00702.33Hydrolase245-296 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005610	`PF08282.19`	Hydrolase_3	65	329	6.2e-54	184.1
LXL04_005610	`PF05116.20`	S6PP	243	308	3.2e-12	47.3
LXL04_005610	`PF00702.33`	Hydrolase	245	296	2.7e-12	48.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L5Z4`	拟南芥	Endoribonuclease YBEY, chloroplastic	66.772%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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