TkA01G021030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G021030

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 5448040-5450873 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1251 bp · TkA01G021030|TK1151|cDNA

ATGATCGGGACGTTGATTAACGATGTTTTGAGCTTTGTGATCTTCTCCATTCTTGATGTTCTTGATTTGGTTCTTTGTTATGTGTATAAAGTCATTGATTTCTTCATCGAAGCCGAATGGAAACCCTATAACGGAGGAGATGATGTTTTATTCATTCATGGGTTCATATCATCGTCGGCATTTTGGACGGAGACAGTATTCCCGAACTTCTCGAAATCCACGAAATCAGCATATCGTTTATTCGCAATCGATCTTCTGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

654 bp · TkA01G021030|TK1151|CDS

ATGATCGGGACGTTGATTAACGATGTTTTGAGCTTTGTGATCTTCTCCATTCTTGATGTTCTTGATTTGGTTCTTTGTTATGTGTATAAAGTCATTGATTTCTTCATCGAAGCCGAATGGAAACCCTATAACGGAGGAGATGATGTTTTATTCATTCATGGGTTCATATCATCGTCGGCATTTTGGACGGAGACAGTATTCCCGAACTTCTCGAAATCCACGAAATCAGCATATCGTTTATTCGCAATCGATCTTCTGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

217 aa · TkA01G021030|TK1151|PROTEIN

MIGTLINDVLSFVIFSILDVLDLVLCYVYKVIDFFIEAEWKPYNGGDDVLFIHGFISSSAFWTETVFPNFSKSTKSAYRLFAIDLLGFGKSPKPHDSLYTIKEHLDMIERSVLEAHKVKSFHIVAHSLGCILALALAVKYPNSVKSLTLLAPPYFPTPKGEQATQYMMRKVAPRRVWPLIAFGASLACWYEHVSRRFVCLSARTTESGNFHQTYHPK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G021030`
TK1151 ID	TkA01G021030
OH-1004 ID	LXL04_029452
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	50.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.470 / OH-1004 69.610 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G021030

位置 Chr01:5448040-5450873 (-)

描述 Similar to BDG1: Probable lysophospholipase BODYGUARD 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64670`	通过促进角质和木栓质单体的装载，调控角质层的发育及形态发生。	The plant cuticle is required for osmotic stress regulation of abscisic acid biosynthesis and osmotic stress tolerance in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.081943
`At4g24140`	参与角质层发育和形态发生。	暂无已核实直接文献
`At5g41900`	参与角质层发育和形态发生。	暂无已核实直接文献
`At5g17780`	参与角质层发育和形态发生。	暂无已核实直接文献
`At5g17720`	参与角质层发育和形态发生。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029452 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009688 abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0010143 cutin biosynthetic process 生物过程

GO:0010148 transpiration 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0048527 lateral root development 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:1901959 positive regulation of cutin biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64670

ath:AT4G24140

ath:AT5G17720

ath:AT5G17780

ath:AT5G41900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.553

排名 1 · TkA01G021030 · TK1151

细胞质0.147

排名 2 · TkA01G021030 · TK1151

细胞核0.138

排名 3 · TkA01G021030 · TK1151

线粒体0.104

排名 4 · TkA01G021030 · TK1151

高尔基体0.103

排名 5 · TkA01G021030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29535CMFA_C46-71 aa

PF07819PGAP146-58 aa

PF00561Abhydrolase_149-168 aa

PF12697Abhydrolase_649-175 aa

PF12146Hydrolase_449-174 aa

PF01674Lipase_249-133 aa

PF02089Palm_thioest49-148 aa

PF00975Thioesterase64-140 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G021030	`PF29535`	CMFA_C	46	71	0.0012	19.0
TkA01G021030	`PF07819`	PGAP1	46	58	0.11	13.0
TkA01G021030	`PF00561`	Abhydrolase_1	49	168	7.7e-27	95.2
TkA01G021030	`PF12697`	Abhydrolase_6	49	175	1.5e-15	59.1
TkA01G021030	`PF12146`	Hydrolase_4	49	174	1.8e-10	41.3
TkA01G021030	`PF01674`	Lipase_2	49	133	0.0089	16.3
TkA01G021030	`PF02089`	Palm_thioest	49	148	0.022	15.2
TkA01G021030	`PF00975`	Thioesterase	64	140	0.0017	19.4
TkA01G021030	`PF10230`	LIDHydrolase	74	152	0.00028	21.4
TkA01G021030	`PF06342`	DUF1057	76	165	0.076	12.8
TkA01G021030	`PF00756`	Esterase	108	157	0.0085	16.6
TkA01G021030	`PF07819`	PGAP1	113	153	0.11	13.0
TkA01G021030	`PF29535`	CMFA_C	115	142	0.0012	19.0
TkA01G021030	`PF06821`	Ser_hydrolase	118	174	1.2e-05	26.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LFX7`	拟南芥	sp\|Q8LFX7\|BDG1_ARATH Probable lysophospholipase BODYGUARD 1	71.100%	Swiss-Prot	中等置信
`O22977`	拟南芥	sp\|O22977\|BDG3_ARATH Probable lysophospholipase BODYGUARD 3	72.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FJ24`	拟南芥	sp\|Q9FJ24\|BDG2_ARATH Probable lysophospholipase BODYGUARD 2	69.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q700D5`	拟南芥	sp\|Q700D5\|BDG4_ARATH Probable lysophospholipase BODYGUARD 4	52.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FN79`	拟南芥	sp\|Q9FN79\|BDG5_ARATH Probable lysophospholipase BODYGUARD 5	51.600%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情