TkA01G019990 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G019990

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 5133828-5140536 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2496 bp · TkA01G019990|TK1151|cDNA

TTAGGCCCACAACTGCACAAGGAGAGAGGGCGCCATAGCAACCCAGCCACTACGAAAGGGTTTACCATTCGTGTTATTTATCGTCTTCCATTATCTGCCGGAATTTCACTTGCCGGAAACCGTACTGTGAATTAGGTTGACGGCGAATATGACCGAAGTAGCTAGCAACGTTGTTCACGAAGTATTAGGTCCAAGAGCACAAGAGCTTGATCAGCCAATCATTGATTACATAATTAATGTCCTCGCGGATGAAGATTTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

2139 bp · TkA01G019990|TK1151|CDS

ATGACCGAAGTAGCTAGCAACGTTGTTCACGAAGTATTAGGTCCAAGAGCACAAGAGCTTGATCAGCCAATCATTGATTACATAATTAATGTCCTCGCGGATGAAGATTTCGATTTCGGATTTGAAGGCGAAGGCGCCTTTGATGCCATTGGAGAACTTCTCGTTGATTCCGGCTGTGTTACCGACTTTGATGAGTGTCAATCTATTTGTGGCAGACTATCTGAGAAATTCGGAAAGCATGGTTTGATCAAAATAAAGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

712 aa · TkA01G019990|TK1151|PROTEIN

MTEVASNVVHEVLGPRAQELDQPIIDYIINVLADEDFDFGFEGEGAFDAIGELLVDSGCVTDFDECQSICGRLSEKFGKHGLIKIKPAVRSLATPFRMNEGMDEEKAPKRKPEPVDGPLLTERDKIKLERRKRKDERQREVQYQMHVAEMEAAKAGMPVVSVNHDNTVEGPSVRDIHMENFNVSVGGRELIVDCTVTLSHGRHYGLVGRNGTGKTTFLRYMAMHAIEGIPKNCQILHVEQEVVGDDTSALQCVLNSDVER...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G019990`
TK1151 ID	TkA01G019990
OH-1004 ID	LXL04_005732
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G019990

位置 Chr01:5133828-5140536 (+)

描述 Similar to ABCF3: ABC transporter F family member 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64550`	ABC转运蛋白F家族成员3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005732 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0045296 cadherin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64550

hsa:55324

mmu:27406

pon:100172759

rno:287982

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.636

排名 1 · TkA01G019990 · TK1151

细胞核0.534

排名 2 · TkA01G019990 · TK1151

线粒体0.042

排名 3 · TkA01G019990 · TK1151

细胞膜0.038

排名 4 · TkA01G019990 · TK1151

内质网0.031

排名 5 · TkA01G019990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26051PWI_ABCF38-79 aa

PF13238AAA_1869-117 aa

PF13671AAA_33130-160 aa

PF03193RsgA_GTPase178-222 aa

PF00006ATP-synt_ab191-225 aa

PF00005ABC_tran194-366 aa

PF12775AAA_7197-227 aa

PF13604AAA_30199-224 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G019990	`PF26051`	PWI_ABCF3	8	79	4.9e-16	59.0
TkA01G019990	`PF13238`	AAA_18	69	117	0.0048	18.1
TkA01G019990	`PF13671`	AAA_33	130	160	0.038	15.0
TkA01G019990	`PF03193`	RsgA_GTPase	178	222	0.0037	17.8
TkA01G019990	`PF00006`	ATP-synt_ab	191	225	0.028	14.8
TkA01G019990	`PF00005`	ABC_tran	194	366	1e-42	146.7
TkA01G019990	`PF12775`	AAA_7	197	227	0.021	15.1
TkA01G019990	`PF13604`	AAA_30	199	224	0.0059	17.1
TkA01G019990	`PF24389`	ORC-CDC6-like	200	228	1.3e-05	24.9
TkA01G019990	`PF01935`	DUF87	201	227	0.024	15.4
TkA01G019990	`PF02463`	SMC_N	202	400	3.2e-09	37.3
TkA01G019990	`PF13401`	AAA_22	202	277	0.00024	22.2
TkA01G019990	`PF13555`	AAA_29	203	218	9.1e-05	22.9
TkA01G019990	`PF13191`	AAA_16	203	271	0.0034	18.6
TkA01G019990	`PF13479`	AAA_24	203	221	0.0042	17.5
TkA01G019990	`PF13245`	AAA_19	203	227	0.19	12.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H0V6`	拟南芥	sp\|Q8H0V6\|AB3F_ARATH ABC transporter F family member 3	82.000%	Swiss-Prot	高置信

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