TkA01G019920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G019920

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 5110781-5116568 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1509 bp · TkA01G019920|TK1151|cDNA

ATGGTTGATCAAAGAAAGGGGCTGCACATGGTTGATCTGTTGGAGGCTGGAAACAACATTTTTGTTTACAGTGCAAATTTTATCACATGGGCGGGATGGAAACCGAGAGTTACTATTATGGACCCTGAGTTAATCAAAGAAGTATTTGCCAAGTCCAATGACTTTAAAAAGTTGAAACCTACTCTAGTAACTAAGTTCATAGCAACAGGCTTACTGACATACGAAGGGGATCAATGGGCTAAACATAGGAAATTAATCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1509 bp · TkA01G019920|TK1151|CDS

ATGGTTGATCAAAGAAAGGGGCTGCACATGGTTGATCTGTTGGAGGCTGGAAACAACATTTTTGTTTACAGTGCAAATTTTATCACATGGGCGGGATGGAAACCGAGAGTTACTATTATGGACCCTGAGTTAATCAAAGAAGTATTTGCCAAGTCCAATGACTTTAAAAAGTTGAAACCTACTCTAGTAACTAAGTTCATAGCAACAGGCTTACTGACATACGAAGGGGATCAATGGGCTAAACATAGGAAATTAATCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

502 aa · TkA01G019920|TK1151|PROTEIN

MVDQRKGLHMVDLLEAGNNIFVYSANFITWAGWKPRVTIMDPELIKEVFAKSNDFKKLKPTLVTKFIATGLLTYEGDQWAKHRKLINPAFHMEKLKNMIPTFQLSGNKMLGKWEKLVSSKGSCELDIWPDLQALTRKNTLTKVPGSVPNYYNLIVQLPFTTSIEMRLHNCNTKGFAWNIHSEEERVGRIEDAHQLLDEMLERTVMKLTRNMRLSVHTSNLEDINTFGNWLLDIGEGKVGGLNDSEAIIDIPDDLLINDSF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G019920`
TK1151 ID	TkA01G019920
OH-1004 ID	LXL04_027590
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	91.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 72.112 / OH-1004 97.534 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G019920

位置 Chr01:5110781-5116568 (-)

描述 Similar to Pif1: ATP-dependent DNA helicase PIF1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14690`	细胞色素P450 72A15。	暂无已核实直接文献
`At3g14680`	细胞色素P450 72A14。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027590 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0001117 protein-DNA-RNA complex disassembly 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0042645 mitochondrial nucleoid 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

hsa:80119

mmu:208084

rno:367645

xla:734585

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.297

排名 1 · TkA01G019920 · TK1151

细胞质0.288

排名 2 · TkA01G019920 · TK1151

过氧化物酶体0.166

排名 3 · TkA01G019920 · TK1151

细胞核0.128

排名 4 · TkA01G019920 · TK1151

线粒体0.093

排名 5 · TkA01G019920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00067p45027-135 aa

PF05970PIF1203-239 aa

PF21530Pif1_2B_dom341-385 aa

PF01443Viral_helicase1431-471 aa

PF02689Herpes_Helicase432-476 aa

PF13538UvrD_C_2433-468 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G019920	`PF00067`	p450	27	135	3.2e-14	53.3
TkA01G019920	`PF05970`	PIF1	203	239	0.00075	19.9
TkA01G019920	`PF21530`	Pif1_2B_dom	341	385	6.1e-20	71.4
TkA01G019920	`PF01443`	Viral_helicase1	431	471	0.23	12.0
TkA01G019920	`PF02689`	Herpes_Helicase	432	476	0.0053	15.5
TkA01G019920	`PF13538`	UvrD_C_2	433	468	0.092	13.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUC5`	拟南芥	sp\|Q9LUC5\|C7A15_ARATH Cytochrome P450 72A15	53.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LUC6`	拟南芥	sp\|Q9LUC6\|C7A14_ARATH Cytochrome P450 72A14	54.100%	Swiss-Prot	低置信

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