TkA01G019040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G019040

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 4856461-4859783 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1062 bp · TkA01G019040|TK1151|cDNA

ATGGACAAAAAACCTATTCTCCTACTAATAATCTTCGCCTTTTTTCTACTAAACCACATCGCCGGTGCTAACCATGACTGCTTGCCGGCCTCCTGTGGCCCCTACGAACCACAAGTACGGTTTCCGTTCCGTATCCTTGACCGACAGCCAGTCCGGTGCGGTTTCCCCGGTTTTGACCTCGCTTGTAACGAACAAAACCAAACAATCATCCAACTCCCGTCATCCGTTTCATACAAGATCAACAAAATTTCCTATCCCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1062 bp · TkA01G019040|TK1151|CDS

ATGGACAAAAAACCTATTCTCCTACTAATAATCTTCGCCTTTTTTCTACTAAACCACATCGCCGGTGCTAACCATGACTGCTTGCCGGCCTCCTGTGGCCCCTACGAACCACAAGTACGGTTTCCGTTCCGTATCCTTGACCGACAGCCAGTCCGGTGCGGTTTCCCCGGTTTTGACCTCGCTTGTAACGAACAAAACCAAACAATCATCCAACTCCCGTCATCCGTTTCATACAAGATCAACAAAATTTCCTATCCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

353 aa · TkA01G019040|TK1151|PROTEIN

MDKKPILLLIIFAFFLLNHIAGANHDCLPASCGPYEPQVRFPFRILDRQPVRCGFPGFDLACNEQNQTIIQLPSSVSYKINKISYPDQLIYIDPEFCRPNRLVSVNNYSSRYPEVLFPCLNNGNYSVVAISTDYYYPGYVPTNCTVMKTILVPIRPSGYILDALELMWFTPYCKGCERKGDVCEWNHDDRQISCVSSSHFSFTDISRNAKLALSIGIGVPALICIIGLAYFAFHKVQGHNDTHNQSIALSTITNMPQPTS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G019040`
TK1151 ID	TkA01G019040
OH-1004 ID	LXL04_005754
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	57.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.017 / OH-1004 75.362 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G019040

位置 Chr01:4856461-4859783 (-)

描述 Similar to ATL21A: Putative RING-H2 finger protein ATL21A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g25410`	RING-H2 指蛋白 ATL22。	暂无已核实直接文献
`At2g46495`	推测RING-H2指蛋白 ATL21A。	暂无已核实直接文献
`At2g46494`	推测RING-H2指蛋白 ATL21B。	暂无已核实直接文献
`At2g46493`	推测RING-H2指蛋白 ATL21C。	暂无已核实直接文献
`At1g28040`	RING-H2 指蛋白 ATL20。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005754 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0030247 polysaccharide binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25410

ath:AT2G46494

ath:AT2G46495

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.711

排名 1 · TkA01G019040 · TK1151

内质网0.121

排名 2 · TkA01G019040 · TK1151

细胞质0.109

排名 3 · TkA01G019040 · TK1151

细胞核0.083

排名 4 · TkA01G019040 · TK1151

溶酶体／液泡0.073

排名 5 · TkA01G019040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13947GUB_WAK_bind27-92 aa

PF13947GUB_WAK_bind121-133 aa

PF12861zf-ANAPC11169-184 aa

PF25143Zn_ribbon_IFT122_C171-176 aa

PF13920zf-C3HC4_3172-179 aa

PF13901RH_dom172-192 aa

PF17120zf-RING_16181-199 aa

PF13947GUB_WAK_bind183-198 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G019040	`PF13947`	GUB_WAK_bind	27	92	2.6e-16	60.5
TkA01G019040	`PF13947`	GUB_WAK_bind	121	133	2.6e-16	60.5
TkA01G019040	`PF12861`	zf-ANAPC11	169	184	5.4e-05	23.9
TkA01G019040	`PF25143`	Zn_ribbon_IFT122_C	171	176	2.9	8.6
TkA01G019040	`PF13920`	zf-C3HC4_3	172	179	0.0086	16.6
TkA01G019040	`PF13901`	RH_dom	172	192	2.1	8.9
TkA01G019040	`PF17120`	zf-RING_16	181	199	2.6	8.4
TkA01G019040	`PF13947`	GUB_WAK_bind	183	198	2.6e-16	60.5
TkA01G019040	`PF12861`	zf-ANAPC11	287	333	5.4e-05	23.9
TkA01G019040	`PF13920`	zf-C3HC4_3	287	334	0.0086	16.6
TkA01G019040	`PF13639`	zf-RING_2	289	332	1.7e-13	51.3
TkA01G019040	`PF12678`	zf-rbx1	289	332	1.7e-07	32.1
TkA01G019040	`PF17120`	zf-RING_16	289	330	2.6	8.4
TkA01G019040	`PF00097`	zf-C3HC4	290	331	7.1e-09	36.1
TkA01G019040	`PF17123`	zf-RING_11	290	318	4.2e-08	33.5
TkA01G019040	`PF13923`	zf-C3HC4_2	290	331	3.5e-07	30.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SKK8`	拟南芥	sp\|Q9SKK8\|ATL22_ARATH RING-H2 finger protein ATL22	33.800%	Swiss-Prot	中等置信
`P0CH01`	拟南芥	sp\|P0CH01\|AT21A_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL21A	33.500%	Swiss-Prot	中等置信
`P0CH02`	拟南芥	sp\|P0CH02\|AT21B_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL21B	32.900%	Swiss-Prot	中等置信
`P0CH03`	拟南芥	sp\|P0CH03\|AT21C_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL21C	30.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C7E9`	拟南芥	sp\|Q9C7E9\|ATL20_ARATH RING-H2 finger protein ATL20	31.800%	Swiss-Prot	中等置信

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