LXL04_005754 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005754

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 172731510-172736789 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1452 bp · LXL04_005754|LXL04_005754|OH1004|cDNA

ATGCCACAACCAACCTCTAGAACAGGTTTAGATGATCCCACGATCGAGTCTTACCCGAAAATCATTCTTGGAGAGAGTTTTAGATTGCCTAATGATGATGGTACTTGTGCTATATGTCTTTCTGATTACAAAACAAAAGAGTCCTTAAGGACAATCCCAGAATGTCATCACTATTTCCATTCTGAATGTATTGATGAGTGGCTCAAGTTGAATGTTACATGTCCCGTGTGTAGGAAAGCACCAGAAAACTCTACAGTGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1452 bp · LXL04_005754|LXL04_005754|OH1004|CDS

ATGCCACAACCAACCTCTAGAACAGGTTTAGATGATCCCACGATCGAGTCTTACCCGAAAATCATTCTTGGAGAGAGTTTTAGATTGCCTAATGATGATGGTACTTGTGCTATATGTCTTTCTGATTACAAAACAAAAGAGTCCTTAAGGACAATCCCAGAATGTCATCACTATTTCCATTCTGAATGTATTGATGAGTGGCTCAAGTTGAATGTTACATGTCCCGTGTGTAGGAAAGCACCAGAAAACTCTACAGTGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

483 aa · LXL04_005754|LXL04_005754|OH1004|PROTEIN

MPQPTSRTGLDDPTIESYPKIILGESFRLPNDDGTCAICLSDYKTKESLRTIPECHHYFHSECIDEWLKLNVTCPVCRKAPENSTVLTTITGKAATTIKRSYRRDSNHMETENILLLIFCLYLLKPIAGANDDCLPTSCGPDEPEVRFPFRILGRQPAKCGFSGFDLSCDEHNKTTIQLPSSLSYIVNRISYVSQVIYIDPQFCLPNRIVGVNLTDTPFRFSTLWSYTFYNCSSQNFSFTYRSTDVPFPCRSSGNYSVIA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005754`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005754

位置 Chr01:172731510-172736789 (+)

描述 Similar to ATL21A: Putative RING-H2 finger protein ATL21A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g46495`	推测RING-H2指蛋白 ATL21A。	暂无已核实直接文献
`At2g25410`	RING-H2 指蛋白 ATL22。	暂无已核实直接文献
`At2g46494`	推测RING-H2指蛋白 ATL21B。	暂无已核实直接文献
`At2g46493`	推测RING-H2指蛋白 ATL21C。	暂无已核实直接文献
`At1g28040`	RING-H2 指蛋白 ATL20。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005754 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0030247 polysaccharide binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25410

ath:AT2G46494

ath:AT2G46495

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.683

排名 1 · LXL04_005754 · OH-1004

细胞质0.127

排名 2 · LXL04_005754 · OH-1004

内质网0.117

排名 3 · LXL04_005754 · OH-1004

细胞核0.099

排名 4 · LXL04_005754 · OH-1004

细胞外0.063

排名 5 · LXL04_005754 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12861.14zf-ANAPC1133-79 aa

PF13639.13zf-RING_235-78 aa

PF12678.14zf-rbx135-78 aa

PF17123.12zf-RING_1136-64 aa

PF00097.32zf-C3HC436-77 aa

PF13923.13zf-C3HC4_236-77 aa

PF14634.13zf-RING_536-79 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX36-75 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005754	`PF12861.14`	zf-ANAPC11	33	79	2.9e-09	37.5
LXL04_005754	`PF13639.13`	zf-RING_2	35	78	5e-26	91.4
LXL04_005754	`PF12678.14`	zf-rbx1	35	78	2.9e-16	60.2
LXL04_005754	`PF17123.12`	zf-RING_11	36	64	1e-15	57.8
LXL04_005754	`PF00097.32`	zf-C3HC4	36	77	1e-13	51.6
LXL04_005754	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	36	77	1.8e-13	50.7
LXL04_005754	`PF14634.13`	zf-RING_5	36	79	9.6e-09	35.8
LXL04_005754	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	36	75	2.3e-06	28.2
LXL04_005754	`PF13947.12`	GUB_WAK_bind	134	199	7.7e-16	58.9
LXL04_005754	`PF13920.13`	zf-C3HC4_3	414	461	2.9e-06	27.7
LXL04_005754	`PF13639.13`	zf-RING_2	415	458	5e-26	91.4
LXL04_005754	`PF12678.14`	zf-rbx1	415	458	2.9e-16	60.2
LXL04_005754	`PF17123.12`	zf-RING_11	416	444	1e-15	57.8
LXL04_005754	`PF00097.32`	zf-C3HC4	416	457	1e-13	51.6
LXL04_005754	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	416	457	1.8e-13	50.7
LXL04_005754	`PF14634.13`	zf-RING_5	416	458	9.6e-09	35.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0CH01`	拟南芥	Putative RING-H2 finger protein ATL21A	35.493%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SKK8`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL22	35.475%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P0CH02`	拟南芥	Putative RING-H2 finger protein ATL21B	33.235%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P0CH03`	拟南芥	Putative RING-H2 finger protein ATL21C	31.412%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C7E9`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL20	32.558%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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