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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G019020
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 4851285-4854590 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1521 bp · TkA01G019020|TK1151|cDNA

GACAATATAGTTTCCTATAAGTATTCCTTCAAACTAAAACGTAAATACTTGCATGTTTGGTCTGATAAAATTTTGAAATTGCAGCTCACCACCATCACCGGCAAGGCGGCAACCACCATAAAACGCTCTTACCGGCGAGACAGCAACCACATGGAGACGGAAAACATTCTCCTACTAATCTTCTGCTTGTATTTACTGAAACCAATCGCCGGTGCCAACGACGACTGCTTGCCAACCTCCTGCGGCCCCGACGAACCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1278 bp · TkA01G019020|TK1151|CDS

GACAATATAGTTTCCTATAAGTATTCCTTCAAACTAAAACGTAAATACTTGCATGTTTGGTCTGATAAAATTTTGAAATTGCAGCTCACCACCATCACCGGCAAGGCGGCAACCACCATAAAACGCTCTTACCGGCGAGACAGCAACCACATGGAGACGGAAAACATTCTCCTACTAATCTTCTGCTTGTATTTACTGAAACCAATCGCCGGTGCCAACGACGACTGCTTGCCAACCTCCTGCGGCCCCGACGAACCAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

425 aa · TkA01G019020|TK1151|PROTEIN

DNIVSYKYSFKLKRKYLHVWSDKILKLQLTTITGKAATTIKRSYRRDSNHMETENILLLIFCLYLLKPIAGANDDCLPTSCGPDEPEVRFPFRILGRQPAKCGFSGFDLSCDEHNKTTIQLPSSLSYIVNRISYVSQVIYIDPQFCLPNRIVGVNLTDTPFRFSTLWSYTFYNCSSQNFSFTYRSTDVPFPCRSSGNYSVIATRTGFLYSGYMPSNCKVMKTILAPVRSDGDIREDVELMWFTPFCRSCEMEGKACRLKS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G019020
TK1151 IDTkA01G019020
OH-1004 IDLXL04_005754
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.412 / OH-1004 82.195
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G019020
位置Chr01:4851285-4854590 (-)
描述Similar to ATL21A: Putative RING-H2 finger protein ATL21A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g46495 推测RING-H2指蛋白 ATL21A。 暂无已核实直接文献
At2g25410 RING-H2 指蛋白 ATL22。 暂无已核实直接文献
At2g46494 推测RING-H2指蛋白 ATL21B。 暂无已核实直接文献
At2g46493 推测RING-H2指蛋白 ATL21C。 暂无已核实直接文献
At1g28040 RING-H2 指蛋白 ATL20。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005754 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0030247 polysaccharide binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G25410
ath:AT2G46494
ath:AT2G46495
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.732
排名 1 · TkA01G019020 · TK1151
内质网0.124
排名 2 · TkA01G019020 · TK1151
细胞质0.106
排名 3 · TkA01G019020 · TK1151
细胞核0.101
排名 4 · TkA01G019020 · TK1151
溶酶体／液泡0.059
排名 5 · TkA01G019020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13947GUB_WAK_bind76-141 aa
PF13947GUB_WAK_bind173-193 aa
PF12861zf-ANAPC11242-258 aa
PF13639zf-RING_2245-249 aa
PF13923zf-C3HC4_2245-250 aa
PF00097zf-C3HC4245-249 aa
PF13920zf-C3HC4_3245-253 aa
PF13445zf-RING_UBOX245-249 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G019020PF13947GUB_WAK_bind761416.4e-1659.2
TkA01G019020PF13947GUB_WAK_bind1731936.4e-1659.2
TkA01G019020PF12861zf-ANAPC112422580.0005420.7
TkA01G019020PF13639zf-RING_22452491.8e-1454.4
TkA01G019020PF13923zf-C3HC4_22452503.9e-0730.5
TkA01G019020PF00097zf-C3HC42452494.7e-0730.3
TkA01G019020PF13920zf-C3HC4_32452530.0001422.3
TkA01G019020PF13445zf-RING_UBOX2452490.0007920.1
TkA01G019020PF12678zf-rbx12462586.5e-0936.6
TkA01G019020PF17120zf-RING_162522680.01415.8
TkA01G019020PF13920zf-C3HC4_33564030.0001422.3
TkA01G019020PF13639zf-RING_23574001.8e-1454.4
TkA01G019020PF12678zf-rbx13574006.5e-0936.6
TkA01G019020PF17120zf-RING_163573980.01415.8
TkA01G019020PF23413zf_RING_Vps8_fungal3573610.02314.7
TkA01G019020PF17123zf-RING_113583863.4e-0936.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P0CH01拟南芥sp|P0CH01|AT21A_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL21A35.800%Swiss-Prot中等置信
Q9SKK8拟南芥sp|Q9SKK8|ATL22_ARATH RING-H2 finger protein ATL2235.200%Swiss-Prot中等置信
P0CH02拟南芥sp|P0CH02|AT21B_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL21B32.100%Swiss-Prot中等置信
P0CH03拟南芥sp|P0CH03|AT21C_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL21C31.500%Swiss-Prot中等置信
Q9C7E9拟南芥sp|Q9C7E9|ATL20_ARATH RING-H2 finger protein ATL2032.700%Swiss-Prot中等置信

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