LXL04_039697 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039697

当前版本: OH-1004 染色体: JAJTUU010000028.1 坐标: 81967-83924 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

930 bp · LXL04_039697|LXL04_039697|OH1004|cDNA

ATGCGaggtgaagaagaaagatggcaccGGCGGGTAAATGGAGCTCGGGCTCAGCGTGACGACGACACCGTAGGAGTTTGGGTTCAGAAAGATGAACGGCTTCGCGGGACTCGCACACGGTCAGACAGATGCGATAAGGTGGTTTTGATTTGTAGTTCTCCTCAACTACTGTATGGAATGCGTCTAGTCACGAAACTATGCGATTTGGGTATCGACAAAACCGTGTGTTCAGTTTCTTGGTCACAACAAGGAACAACTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

930 bp · LXL04_039697|LXL04_039697|OH1004|CDS

ATGCGAGGTGAAGAAGAAAGATGGCACCGGCGGGTAAATGGAGCTCGGGCTCAGCGTGACGACGACACCGTAGGAGTTTGGGTTCAGAAAGATGAACGGCTTCGCGGGACTCGCACACGGTCAGACAGATGCGATAAGGTGGTTTTGATTTGTAGTTCTCCTCAACTACTGTATGGAATGCGTCTAGTCACGAAACTATGCGATTTGGGTATCGACAAAACCGTGTGTTCAGTTTCTTGGTCACAACAAGGAACAACTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

309 aa · LXL04_039697|LXL04_039697|OH1004|PROTEIN

MRGEEERWHRRVNGARAQRDDDTVGVWVQKDERLRGTRTRSDRCDKVVLICSSPQLLYGMRLVTKLCDLGIDKTVCSVSWSQQGTTLAVGTSNGEVQIWDVFGCKKLRSMEDFLNLFDLEVLLLNNNGFTGAIPTEVAYLSNPLLCHLNAEISEFNESREKELPLIQEVDIKIKELRQMISALNNQQMSLKAAFRKKKDAVKEMDEKISSAEFALVQSAQENASLRSKIVQSPVKLQRALEEKKAVLIESKNAERESMQS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039697`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_039697

位置 JAJTUU010000028.1:81967-83924 (+)

描述 Similar to NUF2: Kinetochore protein NUF2 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g61000`	作为重要着丝粒相关 NDC80 复合体的组成部分，该复合体是染色体分离和纺锤体检查点活性所必需的，以确保正确的细胞分裂。	MUN (MERISTEM UNSTRUCTURED), encoding a SPC24 homolog of NDC80 kinetochore complex, affects development through cell division in Arabidopsis thaliana.2018 · DOI: 10.1111/tpj.13823
`At4g11920`	激活蛋白，调节后期促进复合物/环体的泛素连接酶活性和底物特异性。	Arabidopsis anaphase-promoting complexes: multiple activators and wide range of substrates might keep APC perpetually busy.2005 · DOI: 10.4161/cc.4.8.1856 APC/C-CCS52A complexes control meristem maintenance in the Arabidopsis root.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0901193106
`At4g22910`	激活蛋白，调节后期促进复合物/环体的泛素连接酶活性和底物特异性。	Arabidopsis anaphase-promoting complexes: multiple activators and wide range of substrates might keep APC perpetually busy.2005 · DOI: 10.4161/cc.4.8.1856 FZR2/CCS52A1 expression is a determinant of endoreduplication and cell expansion in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.108.132449 APC/C-CCS52A complexes control meristem maintenance in the Arabidopsis root.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0901193106
`At5g13840`	激活蛋白，调节后期促进复合物/环体的泛素连接酶活性和底物特异性。	Arabidopsis anaphase-promoting complexes: multiple activators and wide range of substrates might keep APC perpetually busy.2005 · DOI: 10.4161/cc.4.8.1856

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039697 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0010342 endosperm cellularization 生物过程

GO:0010492 maintenance of shoot apical meristem identity 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031145 anaphase-promoting complex-dependent catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G61000

ath:AT4G11920

ath:AT4G22910

ath:AT5G13840

mtr:25493638

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.459

排名 1 · LXL04_039697 · OH-1004

细胞质0.408

排名 2 · LXL04_039697 · OH-1004

细胞膜0.097

排名 3 · LXL04_039697 · OH-1004

线粒体0.067

排名 4 · LXL04_039697 · OH-1004

内质网0.060

排名 5 · LXL04_039697 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807.2WD40_CDC20-Fz63-111 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st72-103 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039697	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	63	111	3.3e-09	37.2
LXL04_039697	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	72	103	1e-05	25.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXJ0`	拟南芥	Kinetochore protein NUF2 homolog	55.932%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8VZS9`	拟南芥	Protein FIZZY-RELATED 1	69.388%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8L3Z8`	拟南芥	Protein FIZZY-RELATED 2	65.306%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LPL5`	拟南芥	Protein FIZZY-RELATED 3	54.167%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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