LXL04_039552 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039552

当前版本: OH-1004 染色体: JAJTUU010000013.1 坐标: 948519-949889 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1020 bp · LXL04_039552|LXL04_039552|OH1004|cDNA

ATGGCTACTAATTCAGTTGAGATCGAGAACTCAGAAGAATCGAAAGTTCATGTTTTCTCATCATCAACAGAGTTACTCGAGAAGTTGCATCAGAAATGGAATTCAGTCGAGAAGCCTCCATATCCAGCCATGTATTCAAGTGTTTACGGCGGAATTATTCTCGATCCAGCGATGATGGTCATCCCGATCGACGATCATATGGTACATCGAGGTCACGGCGTATTCGACACCGCCATAATTCTCGACGGATACCTCTACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1020 bp · LXL04_039552|LXL04_039552|OH1004|CDS

ATGGCTACTAATTCAGTTGAGATCGAGAACTCAGAAGAATCGAAAGTTCATGTTTTCTCATCATCAACAGAGTTACTCGAGAAGTTGCATCAGAAATGGAATTCAGTCGAGAAGCCTCCATATCCAGCCATGTATTCAAGTGTTTACGGCGGAATTATTCTCGATCCAGCGATGATGGTCATCCCGATCGACGATCATATGGTACATCGAGGTCACGGCGTATTCGACACCGCCATAATTCTCGACGGATACCTCTACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

339 aa · LXL04_039552|LXL04_039552|OH1004|PROTEIN

MATNSVEIENSEESKVHVFSSSTELLEKLHQKWNSVEKPPYPAMYSSVYGGIILDPAMMVIPIDDHMVHRGHGVFDTAIILDGYLYELDAHLDRILISASKAKISSPFPKSTLRTILIQLTAASNIKKGTLRYWLTSGPGDFLLTPSNSQAPAFYAVVIDEQFSQCKHGVKVITSTIPMKVPLFATSKNVNYLPNVLSKLEAEEQGAFASIWVDDEGYVAEGPNVNVAFVTRGNELILPYFEKILSGCTAKRLLELAPKL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039552`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_039552

位置 JAJTUU010000013.1:948519-949889 (+)

描述 Similar to DAAT: D-amino-acid transaminase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g57850`	氨基酸氨基转移酶，对D-天冬氨酸(D-Asp)和D-丙氨酸(D-Ala)作为氨基供体、2-氧代戊二酸作为氨基受体显示活性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039552 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008153 4-aminobenzoate biosynthetic process 生物过程

GO:0009097 isoleucine biosynthetic process 生物过程

GO:0009098 L-leucine biosynthetic process 生物过程

GO:0009099 L-valine biosynthetic process 生物过程

GO:0019478 D-amino acid catabolic process 生物过程

GO:0019752 carboxylic acid metabolic process 生物过程

GO:0046437 D-amino acid biosynthetic process 生物过程

GO:0046654 tetrahydrofolate biosynthetic process 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0008696 4-amino-4-deoxychorismate lyase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

afu:AF_0933

ath:AT5G57850

lin:daaA

mja:MJ_1008

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.760

排名 1 · LXL04_039552 · OH-1004

细胞核0.244

排名 2 · LXL04_039552 · OH-1004

过氧化物酶体0.100

排名 3 · LXL04_039552 · OH-1004

线粒体0.074

排名 4 · LXL04_039552 · OH-1004

细胞膜0.042

排名 5 · LXL04_039552 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01063.25Aminotran_473-300 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039552	`PF01063.25`	Aminotran_4	73	300	2.7e-40	139.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L493`	拟南芥	D-amino-acid transaminase, chloroplastic	57.367%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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