RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_039045
当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 57405387-57411526 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3012 bp · LXL04_039045|LXL04_039045|OH1004|cDNA

ATGAGTGTCGATGATGGTAAGAACTCTGACGGAGAGCAGTTGACATTCGCCACCTACTATTACCAAATCCATTACAAAAACTCCATCGTCGCCAATAGAATTTTTCTTCCAAGTGATGTCAACATCAAAAACGAAGTCGCGCTCGTACCAGCTGAAAATCTGGAACAAGATATTGAATACTTTACACAAATGGGTTTAAGAAGTCCGTTATGGATGCTGATTGTTTGCAGTCAAGTTATGGTAATTGCAGCGGTGACGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3012 bp · LXL04_039045|LXL04_039045|OH1004|CDS

ATGAGTGTCGATGATGGTAAGAACTCTGACGGAGAGCAGTTGACATTCGCCACCTACTATTACCAAATCCATTACAAAAACTCCATCGTCGCCAATAGAATTTTTCTTCCAAGTGATGTCAACATCAAAAACGAAGTCGCGCTCGTACCAGCTGAAAATCTGGAACAAGATATTGAATACTTTACACAAATGGGTTTAAGAAGTCCGTTATGGATGCTGATTGTTTGCAGTCAAGTTATGGTAATTGCAGCGGTGACGGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1003 aa · LXL04_039045|LXL04_039045|OH1004|PROTEIN

MSVDDGKNSDGEQLTFATYYYQIHYKNSIVANRIFLPSDVNIKNEVALVPAENLEQDIEYFTQMGLRSPLWMLIVCSQVMVIAAVTDRNDVAALNAMKSTWKNLPPNWKGPDPCGSNWDGINCTMSRVTSLFLAGMGVRTNNIEDIPSLSQLDYLDLSNNKGIKAPLPPSVGDLKNLKILILVGCSFSGAIPDTVGSLKELVFLGLNNNSFTGTIPPSIGNLKNLSWLDLSDNKLQGPIPVSNGTTLGLDMLKKARHFHL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_039045
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_039045
位置Chr09:57405387-57411526 (-)
描述Similar to At5g49770: Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g49770
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g49760 富含亮氨酸的重复受体蛋白激酶，充当细胞外过氧化氢的传感器。
Hydrogen peroxide sensor HPCA1 is an LRR receptor kinase in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2032-3
At5g49770 可能的富含亮氨酸重复受体样蛋白激酶 At5g49770。 暂无已核实直接文献
At1g06840 可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At1g06840。 暂无已核实直接文献
At5g37450 可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At5g37450。 暂无已核实直接文献
At3g53590 推测的富含亮氨酸重复的受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At3g53590。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039045 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009593 detection of chemical stimulus 生物过程
GO:0045088 regulation of innate immune response 生物过程
GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程
GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0004672 protein kinase activity 分子功能
GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能
GO:0004675 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G06840
ath:AT5G37450
ath:AT5G49760
ath:AT5G49770
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.827
排名 1 · LXL04_039045 · OH-1004
内质网0.088
排名 2 · LXL04_039045 · OH-1004
细胞质0.073
排名 3 · LXL04_039045 · OH-1004
细胞核0.043
排名 4 · LXL04_039045 · OH-1004
溶酶体／液泡0.043
排名 5 · LXL04_039045 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23598.2LRR_14137-233 aa
PF13855.13LRR_8176-235 aa
PF13855.13LRR_8303-359 aa
PF12799.14LRR_4326-360 aa
PF00069.32Pkinase685-888 aa
PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr688-885 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_039045PF23598.2LRR_141372339.6e-1451.6
LXL04_039045PF13855.13LRR_81762359.7e-0935.6
LXL04_039045PF13855.13LRR_83033599.7e-0935.6
LXL04_039045PF12799.14LRR_43263601.5e-1041.7
LXL04_039045PF00069.32Pkinase6858882.1e-44152.7
LXL04_039045PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr6888853.5e-46158.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8GZ99拟南芥Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA148.608%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LT96拟南芥Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g4977044.929%Swiss-Prot中等数据库同源证据
C0LGD7拟南芥Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g0684037.942%Swiss-Prot中等数据库同源证据
C0LGU1拟南芥Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g3745035.064%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LFG1拟南芥Putative leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g5359035.526%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看