LXL04_038926 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038926

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 53515642-53523815 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4347 bp · LXL04_038926|LXL04_038926|OH1004|cDNA

ATGGCTCAGTTAGTTGGTTCCGAAGAGATAGAGTCTCTAAGATATGAGCTTTCGGAGATCGGAAGAAGTATAAGATCATCATTTCGTCGTCATACATCCAGTTTTCGTACAAATTCAGAAATAAGTTGTGCAAATGATCAAGAAGAGGCAGATAAGAATCTTCTAGAGTGGGCAGCAATCGATAGATTGCCAACATTTGAACGTTTGAGATCATCTTTGTTTGATGAAGAAAATGGAGATGGAGATAATGGTGGAGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

4347 bp · LXL04_038926|LXL04_038926|OH1004|CDS

ATGGCTCAGTTAGTTGGTTCCGAAGAGATAGAGTCTCTAAGATATGAGCTTTCGGAGATCGGAAGAAGTATAAGATCATCATTTCGTCGTCATACATCCAGTTTTCGTACAAATTCAGAAATAAGTTGTGCAAATGATCAAGAAGAGGCAGATAAGAATCTTCTAGAGTGGGCAGCAATCGATAGATTGCCAACATTTGAACGTTTGAGATCATCTTTGTTTGATGAAGAAAATGGAGATGGAGATAATGGTGGAGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1448 aa · LXL04_038926|LXL04_038926|OH1004|PROTEIN

MAQLVGSEEIESLRYELSEIGRSIRSSFRRHTSSFRTNSEISCANDQEEADKNLLEWAAIDRLPTFERLRSSLFDEENGDGDNGGGKKVVDVTKLLPPERHMFMEKLIKHIENDNLQLLQKLRKRTDKVGVQLPTVEVRYKNLRVEAECEVVHGKPLPTLWNSLQSMLSDIVIIPGLKSKRAKITIINDVTGVVKPGRMTLLLGPPGCGKTTLLKALSGNLNKSLKLSGEISYNGYKLDQFVPQKTSAYISQNDLHIPEM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038926`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038926

位置 Chr09:53515642-53523815 (+)

描述 Similar to PDR3: Pleiotropic drug resistance protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g53480`	与 ABCG36 一起，通过在香豆素（及其衍生物）和生长素前体吲哚-3-丁酸（IBA）外排转运中发挥双重作用，调节生长素稳态和响应，从而影响根和根毛的发育。	Arabidopsis PIS1 encodes the ABCG37 transporter of auxinic compounds including the auxin precursor indole-3-butyric acid.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1005878107 Involvement of the ABCG37 transporter in secretion of scopoletin and derivatives by Arabidopsis roots in response to iron deficiency.2014 · DOI: 10.1111/nph.12471 Arabidopsis Transporter ABCG37/PDR9 contributes primarily highly oxygenated Coumarins to Root Exudation.2017 · DOI: 10.1038/s41598-017-03250-6
`At2g37280`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g15215`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0528900`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038926 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009804 coumarin metabolic process 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0010164 response to cesium ion 生物过程

GO:0018901 2,4-dichlorophenoxyacetic acid metabolic process 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0071366 cellular response to indolebutyric acid stimulus 生物过程

GO:0140352 export from cell 生物过程

GO:0140964 intracellular auxin homeostasis 生物过程

GO:1990641 response to iron ion starvation 生物过程

GO:1990748 cellular detoxification 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G37280

ath:AT3G53480

ath:AT4G15215

dosa:Os02g0528900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.539

排名 1 · LXL04_038926 · OH-1004

溶酶体／液泡0.166

排名 2 · LXL04_038926 · OH-1004

内质网0.160

排名 3 · LXL04_038926 · OH-1004

细胞质0.115

排名 4 · LXL04_038926 · OH-1004

高尔基体0.083

排名 5 · LXL04_038926 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005.34ABC_tran188-369 aa

PF19055.7ABC2_membrane_7402-455 aa

PF01061.30ABC2_membrane523-734 aa

PF08370.17PDR_assoc739-797 aa

PF00005.34ABC_tran876-1028 aa

PF19055.7ABC2_membrane_71057-1120 aa

PF01061.30ABC2_membrane1174-1387 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038926	`PF00005.34`	ABC_tran	188	369	5.4e-41	141.1
LXL04_038926	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	402	455	1.1e-17	64.8
LXL04_038926	`PF01061.30`	ABC2_membrane	523	734	2.3e-97	325.4
LXL04_038926	`PF08370.17`	PDR_assoc	739	797	1.1e-21	77.1
LXL04_038926	`PF00005.34`	ABC_tran	876	1028	5.4e-41	141.1
LXL04_038926	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	1057	1120	1.1e-17	64.8
LXL04_038926	`PF01061.30`	ABC2_membrane	1174	1387	2.3e-97	325.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFH0`	拟南芥	ABC transporter G family member 37	65.522%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZUT8`	拟南芥	ABC transporter G family member 33	64.463%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7PC83`	拟南芥	ABC transporter G family member 41	58.865%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GU83`	水稻	ABC transporter G family member 41	60.539%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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