LXL04_038456 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038456

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 41484509-41489694 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3051 bp · LXL04_038456|LXL04_038456|OH1004|cDNA

ATGAGTTTGGATTCTTCTCATCCAACCAAATCAGGATCCAATTCCAAGAGAAGCTTCAATTTGACAAATAGCAACAACACTGGTCGgaacaataataacaaaaggaagaggaagaaagagGGGGACAGTGGACAACAAACCCTAGGCATGGCTTGGGGTTCTAATTCTCGGTCTTCTTCTCGTTCCTCTTTTCGTAGTGCCCCGTTCACTGATGTTGGCAGTTATATGGCAGTAAAGAACAGGAAACTACATGAGCAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

3051 bp · LXL04_038456|LXL04_038456|OH1004|CDS

ATGAGTTTGGATTCTTCTCATCCAACCAAATCAGGATCCAATTCCAAGAGAAGCTTCAATTTGACAAATAGCAACAACACTGGTCGGAACAATAATAACAAAAGGAAGAGGAAGAAAGAGGGGGACAGTGGACAACAAACCCTAGGCATGGCTTGGGGTTCTAATTCTCGGTCTTCTTCTCGTTCCTCTTTTCGTAGTGCCCCGTTCACTGATGTTGGCAGTTATATGGCAGTAAAGAACAGGAAACTACATGAGCAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1016 aa · LXL04_038456|LXL04_038456|OH1004|PROTEIN

MSLDSSHPTKSGSNSKRSFNLTNSNNTGRNNNNKRKRKKEGDSGQQTLGMAWGSNSRSSSRSSFRSAPFTDVGSYMAVKNRKLHEQFDAQASSSSHGGSGSKKPVFYGVSIFVDGYTVPSTQELRGYMLKHGGRFENYFSRQRVTHIICSNLPGSKVKNLRSFSRGLPVVKPTWILDCIAADKLLSWVPYQLEQIASEANNQPKLSTFLGLKSNMVSNDPANGPSTSDNNISEVSNSAEGVKQANQEFDFHMHDSFDEEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038456`
TK1151 ID	TkA04G431440
OH-1004 ID	LXL04_038456
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	89.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038456

位置 Chr09:41484509-41489694 (-)

描述 Similar to REV1: DNA repair protein REV1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g44750`	脱氧胞苷转移酶参与 DNA 损伤耐受和跨损伤合成。	AtREV1, a Y-family DNA polymerase in Arabidopsis, has deoxynucleotidyl transferase activity in vitro.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.101980 Two translesion synthesis DNA polymerase genes, AtPOLH and AtREV1, are involved in development and UV light resistance in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.jplph.2007.11.012

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038456 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0019985 translesion synthesis 生物过程

GO:0042276 error-prone translesion synthesis 生物过程

GO:0070987 error-free translesion synthesis 生物过程

GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G44750

gga:418703

mmu:56210

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.912

排名 1 · LXL04_038456 · OH-1004

细胞质0.148

排名 2 · LXL04_038456 · OH-1004

线粒体0.041

排名 3 · LXL04_038456 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 4 · LXL04_038456 · OH-1004

内质网0.010

排名 5 · LXL04_038456 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00533.34BRCT103-179 aa

PF16589.13BRCT_2104-190 aa

PF12738.14PTCB-BRCT109-174 aa

PF00817.26IMS454-528 aa

PF11798.15IMS_HHH540-571 aa

PF21999.3IMS_HHH_1555-605 aa

PF21704.4POLH-Rev1_HhH559-604 aa

PF11799.14IMS_C615-733 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038456	`PF00533.34`	BRCT	103	179	7.7e-11	42.8
LXL04_038456	`PF16589.13`	BRCT_2	104	190	1.2e-08	35.9
LXL04_038456	`PF12738.14`	PTCB-BRCT	109	174	5.6e-06	27.0
LXL04_038456	`PF00817.26`	IMS	454	528	2.7e-15	57.3
LXL04_038456	`PF11798.15`	IMS_HHH	540	571	3.5e-06	27.6
LXL04_038456	`PF21999.3`	IMS_HHH_1	555	605	1.9e-21	77.0
LXL04_038456	`PF21704.4`	POLH-Rev1_HhH	559	604	2.3e-06	28.4
LXL04_038456	`PF11799.14`	IMS_C	615	733	2.7e-19	70.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A3EWL3`	拟南芥	Translesion synthesis protein REV1	43.321%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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