LXL04_037739 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037739

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 19770544-19773947 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2106 bp · LXL04_037739|LXL04_037739|OH1004|cDNA

ATGTCGCATTCACGGAAGCCGGATTCGGGGTTAGGGTTTGATACACTCTCCGATCGCCTCCGGAAGACAGTCACTTGCGGCGGAGATAACACCAATAAACCGGACTTCCGAGAACTTGATTTGGGTTCGCCCATTTCGCCTTTACGAGATGGACCGGCGATTAGTAGCAGCTCTAGCTCATCCGGGTCGGTTTCTGGTCGGACTGGAAATGGACTCCAGGTTGGGTCCGGTACTAGAAAGTCAGACTCCGGTGGGACTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2106 bp · LXL04_037739|LXL04_037739|OH1004|CDS

ATGTCGCATTCACGGAAGCCGGATTCGGGGTTAGGGTTTGATACACTCTCCGATCGCCTCCGGAAGACAGTCACTTGCGGCGGAGATAACACCAATAAACCGGACTTCCGAGAACTTGATTTGGGTTCGCCCATTTCGCCTTTACGAGATGGACCGGCGATTAGTAGCAGCTCTAGCTCATCCGGGTCGGTTTCTGGTCGGACTGGAAATGGACTCCAGGTTGGGTCCGGTACTAGAAAGTCAGACTCCGGTGGGACTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

701 aa · LXL04_037739|LXL04_037739|OH1004|PROTEIN

MSHSRKPDSGLGFDTLSDRLRKTVTCGGDNTNKPDFRELDLGSPISPLRDGPAISSSSSSSGSVSGRTGNGLQVGSGTRKSDSGGTPNNHSGELSVDSSPTFSAGGSRGLKSGHTRSDSGSVSGGHPSIFTGGSSATSPPVNVLPTGNICPSGRVLKTGMMSTRTSKPDVLSLGTGNYGHGSIMRGGSSSGSGSSPTIKSSAAAGKPETPVSGGSNSPYSRRSSMDPEDLKKLGNEEYKKGHFLEALSFYDRAISQSPAN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037739`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037739

位置 Chr09:19770544-19773947 (+)

描述 Similar to TTL1: TPR repeat-containing thioredoxin TTL1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g53300`	参与对渗透压和脱落酸的反应。	The Arabidopsis tetratricopeptide repeat-containing protein TTL1 is required for osmotic stress responses and abscisic acid sensitivity.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.085191 The Arabidopsis tetratricopeptide thioredoxin-like gene family is required for osmotic stress tolerance and male sporogenesis.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.188920
`At2g42580`	参与渗透压和盐胁迫耐受性。	暂无已核实直接文献
`At3g14950`	在雄配子体的传递中发挥作用。	The Arabidopsis tetratricopeptide thioredoxin-like gene family is required for osmotic stress tolerance and male sporogenesis.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.188920
`At3g58620`	参与渗透压和盐胁迫耐受性。	The Arabidopsis tetratricopeptide thioredoxin-like gene family is required for osmotic stress tolerance and male sporogenesis.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.188920

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037739 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53300

ath:AT2G42580

ath:AT3G14950

ath:AT3G58620

ddi:DDB_G0288639

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.545

排名 1 · LXL04_037739 · OH-1004

细胞核0.351

排名 2 · LXL04_037739 · OH-1004

细胞膜0.086

排名 3 · LXL04_037739 · OH-1004

高尔基体0.071

排名 4 · LXL04_037739 · OH-1004

过氧化物酶体0.065

排名 5 · LXL04_037739 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13432.13TPR_16232-293 aa

PF13414.13TPR_11234-271 aa

PF07719.24TPR_2261-292 aa

PF14559.13TPR_19275-334 aa

PF25575.1TPR_BSK1_C459-538 aa

PF13414.13TPR_11474-515 aa

PF00515.35TPR_1503-534 aa

PF00085.27Thioredoxin606-688 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037739	`PF13432.13`	TPR_16	232	293	8e-11	42.9
LXL04_037739	`PF13414.13`	TPR_11	234	271	2.3e-18	66.3
LXL04_037739	`PF07719.24`	TPR_2	261	292	5.2e-28	95.5
LXL04_037739	`PF14559.13`	TPR_19	275	334	3.9e-16	59.8
LXL04_037739	`PF25575.1`	TPR_BSK1_C	459	538	1.1e-06	29.3
LXL04_037739	`PF13414.13`	TPR_11	474	515	2.3e-18	66.3
LXL04_037739	`PF00515.35`	TPR_1	503	534	4.4e-25	87.1
LXL04_037739	`PF00085.27`	Thioredoxin	606	688	2.2e-12	47.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9MAH1`	拟南芥	TPR repeat-containing thioredoxin TTL1	59.683%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SIN1`	拟南芥	Inactive TPR repeat-containing thioredoxin TTL3	45.568%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4IXE4`	拟南芥	TPR repeat-containing thioredoxin TTL2	47.439%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q84JR9`	拟南芥	TPR repeat-containing thioredoxin TTL4	46.676%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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