LXL04_037178 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037178

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 1076271-1080320 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2787 bp · LXL04_037178|LXL04_037178|OH1004|cDNA

ATGTCTAAGACAAATGTGAGACCAAAGCAAAGGGTCTCTGAGAGCTCATCAAATTCTGCCGCCGCTCCTTCCCCTTCTCCTTCTTTACTAGGATTTCTCTTAAAAGCAATCAAACTACACTTCTGTTGTAGTCACTCAAAATCCAGTCAAAATGGTAAATCATCCTTTCATTCTGAACTTCTTTTTCCCTTTTCCTTTCTTATGTATCATGTGTTGCCAACAATACTTACATCTCCAAATCCCTTTTCAATCCAACAGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2787 bp · LXL04_037178|LXL04_037178|OH1004|CDS

ATGTCTAAGACAAATGTGAGACCAAAGCAAAGGGTCTCTGAGAGCTCATCAAATTCTGCCGCCGCTCCTTCCCCTTCTCCTTCTTTACTAGGATTTCTCTTAAAAGCAATCAAACTACACTTCTGTTGTAGTCACTCAAAATCCAGTCAAAATGGTAAATCATCCTTTCATTCTGAACTTCTTTTTCCCTTTTCCTTTCTTATGTATCATGTGTTGCCAACAATACTTACATCTCCAAATCCCTTTTCAATCCAACAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

928 aa · LXL04_037178|LXL04_037178|OH1004|PROTEIN

MSKTNVRPKQRVSESSSNSAAAPSPSPSLLGFLLKAIKLHFCCSHSKSSQNGKSSFHSELLFPFSFLMYHVLPTILTSPNPFSIQQVKFTAEELRRIMDYKHNIRNMSVIAHVDHGKSTLTDSLVAAAGIIAQEVAGDVRMTDTRADEAERGITIKSTGISLYYEMTDAALKAFKGERNGNEYLINLIDSPGHVDFSSEVTAALRITDGALVVVDCIEGVCVQTETVLRQALGERIRPVLTVNKMDRCFLELQVDGEEAY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037178`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037178

位置 Chr09:1076271-1080320 (+)

描述 Similar to LOS1: Elongation factor 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q9ASR1`	催化翻译延伸过程中依赖GTP的核糖体易位步骤。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037178 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002182 cytoplasmic translational elongation 生物过程

GO:0006414 translational elongation 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G56070

bvg:104906141

ncr:NCU07700

spo:2539544

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.508

排名 1 · LXL04_037178 · OH-1004

细胞核0.206

排名 2 · LXL04_037178 · OH-1004

线粒体0.162

排名 3 · LXL04_037178 · OH-1004

细胞膜0.089

排名 4 · LXL04_037178 · OH-1004

内质网0.046

排名 5 · LXL04_037178 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00009.34GTP_EFTU103-306 aa

PF22042.3EF-G_D2464-554 aa

PF03144.32GTP_EFTU_D2479-547 aa

PF14492.13EFG_III572-634 aa

PF03764.25EFG_IV692-807 aa

PF00679.31EFG_C809-896 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037178	`PF00009.34`	GTP_EFTU	103	306	1.6e-48	165.5
LXL04_037178	`PF22042.3`	EF-G_D2	464	554	4e-06	27.6
LXL04_037178	`PF03144.32`	GTP_EFTU_D2	479	547	2.7e-09	38.0
LXL04_037178	`PF14492.13`	EFG_III	572	634	5.3e-12	46.4
LXL04_037178	`PF03764.25`	EFG_IV	692	807	1.8e-29	102.7
LXL04_037178	`PF00679.31`	EFG_C	809	896	1.6e-20	73.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ASR1`	拟南芥	Elongation factor 2	92.399%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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