LXL04_037019 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037019

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 51780499-51792744 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3474 bp · LXL04_037019|LXL04_037019|OH1004|cDNA

atgagttctaggTTTTGTGATCCTTCAAACAAAATCTGTCATAAGTGTAGTGAGTTTATCTACGAAATTACtaaaaaagagagaaaaagagtggGAAATGATCGGGTAAAAGCCGCTTTCTCTAAAGACAGGATACAAATGGCTGTACGGTGTAACCGTGTAGATCACGACGCCATGGAAGACGAACCTGATGTTTCTGATCAGCTCATTCGCCGCTCGAAAAGGACTAGGGTTCAGGCGAGGACTTTCGATGGGCTAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3474 bp · LXL04_037019|LXL04_037019|OH1004|CDS

ATGAGTTCTAGGTTTTGTGATCCTTCAAACAAAATCTGTCATAAGTGTAGTGAGTTTATCTACGAAATTACTAAAAAAGAGAGAAAAAGAGTGGGAAATGATCGGGTAAAAGCCGCTTTCTCTAAAGACAGGATACAAATGGCTGTACGGTGTAACCGTGTAGATCACGACGCCATGGAAGACGAACCTGATGTTTCTGATCAGCTCATTCGCCGCTCGAAAAGGACTAGGGTTCAGGCGAGGACTTTCGATGGGCTAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1157 aa · LXL04_037019|LXL04_037019|OH1004|PROTEIN

MSSRFCDPSNKICHKCSEFIYEITKKERKRVGNDRVKAAFSKDRIQMAVRCNRVDHDAMEDEPDVSDQLIRRSKRTRVQARTFDGLVSNLKDIVESEDESADEFVEPRRKPNRPRTAEAAPSTTTAKAFDQNLIEVIKSNGKFIPQVVKSWVERYETDPKPAMVELLTMLFETCGATYHIQGEFLDETNVDDVVVALVNLAAQGRVEDYQNSKKKEFRSFKENLVSFWDNLVSECQNGPFTPPRVYRHVASMVGLQLVTS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037019`
TK1151 ID	TkA04G010440
OH-1004 ID	LXL04_037019
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 94.987 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037019

位置 Chr08:51780499-51792744 (-)

描述 Similar to SCC3: Sister-chromatid cohesion protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g47980`	粘连蛋白复合物的重要组成部分，粘连蛋白复合物是 DNA 复制后姐妹染色单体粘合所需的复合物。	AtREC8 and AtSCC3 are essential to the monopolar orientation of the kinetochores during meiosis.2005 · DOI: 10.1242/jcs.02583 Cohesin gene defects may impair sister chromatid alignment and genome stability in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1007/s00412-009-0220-x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037019 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0007065 male meiosis sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0007066 female meiosis sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程

GO:0007130 synaptonemal complex assembly 生物过程

GO:0034087 establishment of mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0034089 establishment of meiotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0034502 protein localization to chromosome 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051455 spindle attachment to meiosis I kinetochore 生物过程

GO:0051754 meiotic sister chromatid cohesion, centromeric 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47980

hsa:10274

hsa:10734

mmu:20842

mmu:50878

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.926

排名 1 · LXL04_037019 · OH-1004

细胞质0.172

排名 2 · LXL04_037019 · OH-1004

线粒体0.019

排名 3 · LXL04_037019 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 4 · LXL04_037019 · OH-1004

高尔基体0.010

排名 5 · LXL04_037019 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08514.18STAG208-297 aa

PF21581.4SCD326-399 aa

PF24571.3HEAT_SCC3-SA504-788 aa

PF31007.1STAG_C948-1067 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037019	`PF08514.18`	STAG	208	297	5.9e-15	55.9
LXL04_037019	`PF21581.4`	SCD	326	399	2.8e-30	105.1
LXL04_037019	`PF24571.3`	HEAT_SCC3-SA	504	788	1.7e-68	232.1
LXL04_037019	`PF31007.1`	STAG_C	948	1067	3.2e-19	69.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82265`	拟南芥	Sister-chromatid cohesion protein 3	54.463%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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