TkA04G010440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G010440

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 2488429-2496123 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3610 bp · TkA04G010440|TK1151|cDNA

TAAAGACAGGATACAAATGGCTGTACGGTGTAACCGTGTAGGTATATAAAACCACCATTTCCGGAGCCCCAAATAATTTGCTTTATTTCCTGGCGGGAATTTCCCAATTTTCACAAACTGCACACACTGAAGATCACGACGCCATGGAAGACGAACCTGATGTTTCTGATCAGCTCATTCGCCGCTCGAAAAGGACTAGGGTTCAGGCGAGGACTTTCGATGGGCTAGTAAGTAATCTTAAAGACATTGTCGAGTCCGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3339 bp · TkA04G010440|TK1151|CDS

ATGGAAGACGAACCTGATGTTTCTGATCAGCTCATTCGCCGCTCGAAAAGGACTAGGGTTCAGGCGAGGACTTTCGATGGGCTAGTAAGTAATCTTAAAGACATTGTCGAGTCCGAGGATGAGTCTGCTGATGAATTTGTCGAACCTCGTCGGAAACCTAACCGACCTCGAACTGCGGAAGCAGCTCCTTCCACTACGACAGCCAAAGCTTTTGATCAGAATTTAATCGAGGTTATTAAAAGCAATGGAAAATTCATTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1112 aa · TkA04G010440|TK1151|PROTEIN

MEDEPDVSDQLIRRSKRTRVQARTFDGLVSNLKDIVESEDESADEFVEPRRKPNRPRTAEAAPSTTTAKAFDQNLIEVIKSNGKFIPQVVKSWVERYETDPKPAMVELLTMLFETCGATYHIQGEFLDETNVDDVVVALVNLAAQGRVEDYQNSKKKEFRSFKENLVSFWDNLVSECQNGPLFDQVLFDKCMDYVIALSCTPPRVYRHVASMVGLQLVTSFIGAAKILAAHRQTTQRQLTAEKKKNSEGPHIESLNKRLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G010440`
TK1151 ID	TkA04G010440
OH-1004 ID	LXL04_037019
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 94.987 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G010440

位置 Chr04:2488429-2496123 (+)

描述 Similar to SCC3: Sister-chromatid cohesion protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g47980`	粘连蛋白复合物的重要组成部分，粘连蛋白复合物是 DNA 复制后姐妹染色单体粘合所需的复合物。	AtREC8 and AtSCC3 are essential to the monopolar orientation of the kinetochores during meiosis.2005 · DOI: 10.1242/jcs.02583 Cohesin gene defects may impair sister chromatid alignment and genome stability in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1007/s00412-009-0220-x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037019 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0007065 male meiosis sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0007066 female meiosis sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程

GO:0007130 synaptonemal complex assembly 生物过程

GO:0034087 establishment of mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0034089 establishment of meiotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0034502 protein localization to chromosome 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051455 spindle attachment to meiosis I kinetochore 生物过程

GO:0051754 meiotic sister chromatid cohesion, centromeric 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47980

hsa:10274

hsa:10734

mmu:20842

mmu:50878

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.940

排名 1 · TkA04G010440 · TK1151

细胞质0.161

排名 2 · TkA04G010440 · TK1151

细胞膜0.016

排名 3 · TkA04G010440 · TK1151

线粒体0.016

排名 4 · TkA04G010440 · TK1151

高尔基体0.009

排名 5 · TkA04G010440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24571HEAT_SCC3-SA21-41 aa

PF00618RasGEF_N70-108 aa

PF08514STAG150-257 aa

PF00618RasGEF_N284-315 aa

PF21581SCD286-359 aa

PF13646HEAT_2286-346 aa

PF02985HEAT289-302 aa

PF12717Cnd1292-368 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G010440	`PF24571`	HEAT_SCC3-SA	21	41	5.5e-70	237.0
TkA04G010440	`PF00618`	RasGEF_N	70	108	0.16	12.9
TkA04G010440	`PF08514`	STAG	150	257	2.8e-28	98.8
TkA04G010440	`PF00618`	RasGEF_N	284	315	0.16	12.9
TkA04G010440	`PF21581`	SCD	286	359	2.6e-30	105.2
TkA04G010440	`PF13646`	HEAT_2	286	346	0.038	15.0
TkA04G010440	`PF02985`	HEAT	289	302	0.0024	18.7
TkA04G010440	`PF12717`	Cnd1	292	368	0.0034	18.1
TkA04G010440	`PF02985`	HEAT	324	344	0.0024	18.7
TkA04G010440	`PF12717`	Cnd1	357	412	0.0034	18.1
TkA04G010440	`PF13646`	HEAT_2	398	414	0.038	15.0
TkA04G010440	`PF00618`	RasGEF_N	427	455	0.16	12.9
TkA04G010440	`PF31007`	STAG_C	438	456	2e-21	76.6
TkA04G010440	`PF24571`	HEAT_SCC3-SA	464	717	5.5e-70	237.0
TkA04G010440	`PF10896`	DUF2714	517	584	0.13	13.0
TkA04G010440	`PF00618`	RasGEF_N	530	564	0.16	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82265`	拟南芥	sp\|O82265\|SCC3_ARATH Sister-chromatid cohesion protein 3	59.700%	Swiss-Prot	高置信

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