LXL04_036693 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036693

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 46735306-46736820 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1020 bp · LXL04_036693|LXL04_036693|OH1004|cDNA

ATGGAGTCTCTCTCTATAGGTCTCCCAGCTTCCCGACCATCTCTGAAGAACCCTAAATTTCACAAATTTAAAACACCCAATCCCATTTTCCTTTTCACCAGTTGCAATTTAACCCCCAATTCCATCCGATTCCGTtctcatttcaccaagaaaaAACCCAAATCAACCAAATTAAGCCTCAAATCCCAGTCTCCGACTTTCCTTTTTGTGGGATTACAGTTTCCACTTTCTTCACTTGCTTCTGAAGAAATCCCCATTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1020 bp · LXL04_036693|LXL04_036693|OH1004|CDS

ATGGAGTCTCTCTCTATAGGTCTCCCAGCTTCCCGACCATCTCTGAAGAACCCTAAATTTCACAAATTTAAAACACCCAATCCCATTTTCCTTTTCACCAGTTGCAATTTAACCCCCAATTCCATCCGATTCCGTTCTCATTTCACCAAGAAAAAACCCAAATCAACCAAATTAAGCCTCAAATCCCAGTCTCCGACTTTCCTTTTTGTGGGATTACAGTTTCCACTTTCTTCACTTGCTTCTGAAGAAATCCCCATTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

339 aa · LXL04_036693|LXL04_036693|OH1004|PROTEIN

MESLSIGLPASRPSLKNPKFHKFKTPNPIFLFTSCNLTPNSIRFRSHFTKKKPKSTKLSLKSQSPTFLFVGLQFPLSSLASEEIPIDPSSSRINLESILVSIDDFFNRYPFFVAGVAFIWLFVIPATQEYLRKYKEISALDAFKKLKEDPNAQLLDIRDNKTLRVLDSPNLKIFSKNAVQVEYRDGDDDAFSKKVKENFADPANTTICILDNFDGNSMKVAELLFNNGFKEAYAIRGGVRGNNGWLEIQETFLPPSVHIF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036693`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036693

位置 Chr08:46735306-46736820 (+)

描述 Similar to STR4A: Rhodanese-like domain-containing protein 4A, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g25480`	Rhodanese样结构域含蛋白4A，叶绿体。	暂无已核实直接文献
`At4g01050`	含有罗丹酶结构域的蛋白质，是将铁氧还蛋白 - NADP 还原酶锚定到类囊体膜上并维持有效的线性电子流所需的。	Tethering of ferredoxin:NADP+ oxidoreductase to thylakoid membranes is mediated by novel chloroplast protein TROL.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03999.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2X345`	含Rhodanese结构域的蛋白，负责将铁氧还蛋白- NADP还原酶锚定到类囊体膜上，并维持高效的线性电子流（LEF）。	暂无已核实直接文献
`Os02g0257300`	含Rhodanese结构域的蛋白，负责将铁氧还蛋白- NADP还原酶锚定到类囊体膜上，并维持高效的线性电子流（LEF）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036693 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009772 photosynthetic electron transport in photosystem II 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0098807 chloroplast thylakoid membrane protein complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G25480

ath:AT4G01050

dosa:Os02g0257300

osa:4328925

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.975

排名 1 · LXL04_036693 · OH-1004

线粒体0.027

排名 2 · LXL04_036693 · OH-1004

细胞核0.022

排名 3 · LXL04_036693 · OH-1004

细胞质0.016

排名 4 · LXL04_036693 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_036693 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28687.1STR4A_N97-132 aa

PF30980.1STR4_M137-255 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036693	`PF28687.1`	STR4A_N	97	132	3.3e-23	81.6
LXL04_036693	`PF30980.1`	STR4_M	137	255	1.6e-38	132.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q56XR7`	拟南芥	Rhodanese-like domain-containing protein 4A, chloroplastic	60.199%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M158`	拟南芥	Rhodanese-like domain-containing protein 4, chloroplastic	43.558%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2X345`	水稻	Protein THYLAKOID RHODANESE-LIKE, chloroplastic	45.217%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6ETQ7`	水稻	Protein THYLAKOID RHODANESE-LIKE, chloroplastic	45.217%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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