LXL04_036396 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036396

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 41304735-41306289 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

930 bp · LXL04_036396|LXL04_036396|OH1004|cDNA

ATGTGTGACGCATTCAGCTCACCACCGTCTCTACTAATCCACAGAAAGCTTCGGATTTCAAGCTCCccaaatggttccactacttCAATAAAACCCTCATTTAGATCCAAGTACCTAAGCGTCCACGCCTCCATCAATCAAAACAATTCAAACAGATGGTCTCTTCAAGGGATGACAGCACTTGTTACTGGCGGAACCAGGGGAATTGGGCATGCGATTGTAGAGGAATTAGCTGGACATGGGGCGATTATCCACACATG...

CDS

下载 CDS FASTA

930 bp · LXL04_036396|LXL04_036396|OH1004|CDS

ATGTGTGACGCATTCAGCTCACCACCGTCTCTACTAATCCACAGAAAGCTTCGGATTTCAAGCTCCCCAAATGGTTCCACTACTTCAATAAAACCCTCATTTAGATCCAAGTACCTAAGCGTCCACGCCTCCATCAATCAAAACAATTCAAACAGATGGTCTCTTCAAGGGATGACAGCACTTGTTACTGGCGGAACCAGGGGAATTGGGCATGCGATTGTAGAGGAATTAGCTGGACATGGGGCGATTATCCACACATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

309 aa · LXL04_036396|LXL04_036396|OH1004|PROTEIN

MCDAFSSPPSLLIHRKLRISSSPNGSTTSIKPSFRSKYLSVHASINQNNSNRWSLQGMTALVTGGTRGIGHAIVEELAGHGAIIHTCARNESELNTCLKGWVDDGFEITGSVCDVSLQHDREQLMKEVSSLFDGKLHILVNNVGTNIRKPMVELTSKEFTTLMSTNFESVFHISQLAHPFLKASKSGSIVFTSSVSAFVSLKSMTLQGATKGAINQLTRNLACEWAKDGIRSNAVAPWYIKTSMVEQVLSNKSYVEEVLD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036396`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036396

位置 Chr08:41304735-41306289 (-)

描述 Similar to At2g29260: Tropinone reductase homolog At2g29260, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g29260`	壬酮还原酶同源物 At2g29260，叶绿体型。	暂无已核实直接文献
`At5g06060`	醇基还原酶同源蛋白 At5g06060。	暂无已核实直接文献
`At2g29290`	托吡酮还原酶同源物 At2g29290。	暂无已核实直接文献
`At1g07440`	颠茄酮还原酶同源物 At1g07440。	暂无已核实直接文献
`At2g29360`	氧化还原酶对环酮体有效，但对托吡酮或诺托吡酮不具活性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036396 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07440

ath:AT2G29260

ath:AT2G29290

ath:AT2G29360

ath:AT5G06060

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.935

排名 1 · LXL04_036396 · OH-1004

线粒体0.098

排名 2 · LXL04_036396 · OH-1004

细胞质0.031

排名 3 · LXL04_036396 · OH-1004

过氧化物酶体0.019

排名 4 · LXL04_036396 · OH-1004

细胞核0.019

排名 5 · LXL04_036396 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23441.1SDR56-299 aa

PF00106.32adh_short59-250 aa

PF08659.17KR59-230 aa

PF13561.13adh_short_C267-300 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036396	`PF23441.1`	SDR	56	299	8.7e-10	39.1
LXL04_036396	`PF00106.32`	adh_short	59	250	1.1e-48	166.0
LXL04_036396	`PF08659.17`	KR	59	230	2.9e-10	41.1
LXL04_036396	`PF13561.13`	adh_short_C2	67	300	1e-56	192.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZW12`	拟南芥	Tropinone reductase homolog At2g29260, chloroplastic	68.667%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LHT0`	拟南芥	Tropinone reductase homolog At5g06060	66.798%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZW13`	拟南芥	Tropinone reductase homolog At2g29290	60.769%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P0DKI3`	拟南芥	Tropinone reductase homolog At1g07440	60.456%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZW19`	拟南芥	Tropinone reductase homolog At2g29360	61.660%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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