LXL04_035985 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035985

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 33439974-33446342 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4215 bp · LXL04_035985|LXL04_035985|OH1004|cDNA

ATGGCATTGGGAGATTTGATGGAGTCTAGGTTTTCGCAATCGCAGTCGTCAATGGTGGCGATGGTGTCTAATCACCTCGACGGGTATTCGAATTTGCAACATTCTAATTTGAATCCAACTGTTGTTCTTCAAGACGGAGTAGTGGCTGGTAATAGGGATAGAGATTCTTCTTCTGATTCAGTAGTTGCAGTGCAGAGGAGGGAGAATCACATCAACAGGGAAAATAGTGATAGGGAAAGGGAAGATTCCGAAACTGTTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

4215 bp · LXL04_035985|LXL04_035985|OH1004|CDS

ATGGCATTGGGAGATTTGATGGAGTCTAGGTTTTCGCAATCGCAGTCGTCAATGGTGGCGATGGTGTCTAATCACCTCGACGGGTATTCGAATTTGCAACATTCTAATTTGAATCCAACTGTTGTTCTTCAAGACGGAGTAGTGGCTGGTAATAGGGATAGAGATTCTTCTTCTGATTCAGTAGTTGCAGTGCAGAGGAGGGAGAATCACATCAACAGGGAAAATAGTGATAGGGAAAGGGAAGATTCCGAAACTGTTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1404 aa · LXL04_035985|LXL04_035985|OH1004|PROTEIN

MALGDLMESRFSQSQSSMVAMVSNHLDGYSNLQHSNLNPTVVLQDGVVAGNRDRDSSSDSVVAVQRRENHINRENSDREREDSETVASTTSYGVGNGNAVVTGITATSMAYLPQNIVLSELRHDAFEACTPSGPAESGLVSKWRPKDRMKTGCVALVLCLNISVDPPDVIKISPCARMECWIDPFSMAPQKALETIGKTLSFQYERWQPKAKYKIQLDPTVEEVKKLCTTCRKYAKSERVLFHYNGHGVPKPTSNGEIWF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035985`
TK1151 ID	TkA04G088220
OH-1004 ID	LXL04_035985
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035985

位置 Chr08:33439974-33446342 (+)

描述 Similar to RAPTOR1: Regulatory-associated protein of TOR 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g08850`	植物 TOR 激酶途径的可能组成部分，为 TOR 募集底物。	Arabidopsis TARGET OF RAPAMYCIN interacts with RAPTOR, which regulates the activity of S6 kinase in response to osmotic stress signals.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.035931
`At5g01770`	可能是植物TOR激酶通路的组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0110000`	TORC1复合物的组成部分，该复合物是控制植物发育的必需细胞生长调节因子。	暂无已核实直接文献
`Os11g0109933`	TORC1复合物的组成部分，该复合物是控制植物发育的必需细胞生长调节因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035985 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0001932 regulation of protein phosphorylation 生物过程

GO:0001938 positive regulation of endothelial cell proliferation 生物过程

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010492 maintenance of shoot apical meristem identity 生物过程

GO:0010506 regulation of autophagy 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G08850

ath:AT5G01770

dosa:Os11g0109933

dosa:Os12g0110000

osa:136354644

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.620

排名 1 · LXL04_035985 · OH-1004

细胞核0.201

排名 2 · LXL04_035985 · OH-1004

高尔基体0.187

排名 3 · LXL04_035985 · OH-1004

溶酶体／液泡0.146

排名 4 · LXL04_035985 · OH-1004

细胞膜0.110

排名 5 · LXL04_035985 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14538.12Raptor_N149-300 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st1088-1267 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st1094-1260 aa

PF24814.2WD40_Prp191095-1261 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st1096-1215 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR51096-1260 aa

PF24796.2WDR551139-1350 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC31140-1351 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035985	`PF14538.12`	Raptor_N	149	300	2.3e-71	239.2
LXL04_035985	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	1088	1267	8.2e-11	42.3
LXL04_035985	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	1094	1260	4.3e-15	56.5
LXL04_035985	`PF24814.2`	WD40_Prp19	1095	1261	1.2e-18	68.0
LXL04_035985	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	1096	1215	4e-19	69.7
LXL04_035985	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	1096	1260	5.7e-19	69.2
LXL04_035985	`PF24796.2`	WDR55	1139	1350	6.7e-08	32.7
LXL04_035985	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	1140	1351	2.5e-19	70.1
LXL04_035985	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	1184	1394	3.4e-14	53.6
LXL04_035985	`PF23098.2`	Beta-prop_NOL10_N	1186	1358	5.3e-08	33.1
LXL04_035985	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	1186	1396	9.1e-07	28.9
LXL04_035985	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	1196	1396	4e-19	69.7
LXL04_035985	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	1205	1348	3.7e-10	40.4
LXL04_035985	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	1289	1396	4.3e-15	56.5
LXL04_035985	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	1291	1396	5.7e-19	69.2
LXL04_035985	`PF24814.2`	WD40_Prp19	1291	1396	1.2e-18	68.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YQ1`	拟南芥	Regulatory-associated protein of TOR 1	71.368%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LZW9`	拟南芥	Regulatory-associated protein of TOR 2	66.972%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0IQN5`	水稻	Regulatory-associated protein of TOR 2	70.709%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C7J8E5`	水稻	Regulatory-associated protein of TOR 1	70.349%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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