LXL04_035854 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035854

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 30697148-30698945 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1173 bp · LXL04_035854|LXL04_035854|OH1004|cDNA

ATGAGTACTTCTGCAAACGATGTTGAAGATCACGGCGACGTTTTCCTCGACGAGGACGACATCGTAGAAGAAATCAATGTAGACGAAGAAGATCTCCCTGATGCAGATGACGACGCAGGCTCTGACAACGAAGTTTTTGATGAAGCTGATGACTCGATGCACATCTTCACCGCTCACACCGGTGAACTATACACGGTTGCCTGTAGCCCTACAGATCCTATTTTAGTGGCCACAGGTGCAGGTGATGACAAAGGGTTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1173 bp · LXL04_035854|LXL04_035854|OH1004|CDS

ATGAGTACTTCTGCAAACGATGTTGAAGATCACGGCGACGTTTTCCTCGACGAGGACGACATCGTAGAAGAAATCAATGTAGACGAAGAAGATCTCCCTGATGCAGATGACGACGCAGGCTCTGACAACGAAGTTTTTGATGAAGCTGATGACTCGATGCACATCTTCACCGCTCACACCGGTGAACTATACACGGTTGCCTGTAGCCCTACAGATCCTATTTTAGTGGCCACAGGTGCAGGTGATGACAAAGGGTTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

390 aa · LXL04_035854|LXL04_035854|OH1004|PROTEIN

MSTSANDVEDHGDVFLDEDDIVEEINVDEEDLPDADDDAGSDNEVFDEADDSMHIFTAHTGELYTVACSPTDPILVATGAGDDKGFLFKLGQGDWAFELQGHNDSVSSVSFSSDGQLVASGSFDGTIRVWDISSLTFKCALDGPGAGIEWVRWHPRGHLILAGSEDSSVWMWNADKGSYLNNFSGHASTVTCGDFTPDGKTICTGSDDASLRIWNPKTGDNIHVVRGHFYHTQGLTCLTITADSSLVLTGSKDGSVHIVN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035854`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_035854`
位置	Chr08:30697148-30698945 (-)
描述	Similar to AAMP: Angio-associated migratory cell protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_035854` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0010595 positive regulation of endothelial cell migration 生物过程 GO:0014909 smooth muscle cell migration 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0180023 cytosolic large ribosomal subunit assembly 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0009986 cell surface 细胞组分 GO:0030687 preribosome, large subunit precursor 细胞组分 GO:0008201 heparin binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:767919 cfa:478908 hsa:14 pon:100172186 spo:2542715 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.702

排名 1 · LXL04_035854 · OH-1004

细胞质0.573

排名 2 · LXL04_035854 · OH-1004

线粒体0.036

排名 3 · LXL04_035854 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 4 · LXL04_035854 · OH-1004

溶酶体／液泡0.023

排名 5 · LXL04_035854 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR142-134 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR550-134 aa

PF25391.2WD40_Gbeta51-215 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st52-215 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC352-160 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st52-134 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st54-175 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz55-183 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035854	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	42	134	2.8e-28	99.7
LXL04_035854	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	50	134	1.6e-81	274.5
LXL04_035854	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	51	215	5.2e-29	102.0
LXL04_035854	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	52	215	5.3e-79	264.9
LXL04_035854	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	52	160	3e-52	178.0
LXL04_035854	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	52	134	9.8e-39	134.0
LXL04_035854	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	54	175	2.3e-26	93.5
LXL04_035854	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	55	183	7e-42	144.4
LXL04_035854	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	58	131	6.9e-22	78.6
LXL04_035854	`PF29037.1`	DSE1_N	61	134	8.8e-16	58.7
LXL04_035854	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	63	133	1.6e-56	192.4
LXL04_035854	`PF24814.2`	WD40_Prp19	63	228	1.8e-53	182.1
LXL04_035854	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	63	222	3.9e-37	128.8
LXL04_035854	`PF20426.5`	NBCH_WD40	63	134	1.1e-30	107.4
LXL04_035854	`PF23869.2`	Beta-prop_WDR75_1st	63	161	1.1e-12	48.6
LXL04_035854	`PF24796.2`	WDR55	65	135	7.3e-31	108.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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