LXL04_035476 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035476

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 23299934-23303049 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1548 bp · LXL04_035476|LXL04_035476|OH1004|cDNA

ATGGCGACAAGTTCCGGCGGTGGCGAAACGCCATTGAAGCCGCAAGCTCAACCACCCAAACTCACATCCGAATCTACCCCCACAACGGAAATTAAAAAGCTCCAACCTCTCGATTCATCCCCAAATCCCATTACTCCTCCCAACCCCACCTCCGCCCCTCCCATCCCCACCACCGATTCCAAGCAAACAACCCCTCCCTCCACCGTCAATTCACGGCCTCGTGAACCCTCTTCCGTACCTGACGCCGATGTCATCAACGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1548 bp · LXL04_035476|LXL04_035476|OH1004|CDS

ATGGCGACAAGTTCCGGCGGTGGCGAAACGCCATTGAAGCCGCAAGCTCAACCACCCAAACTCACATCCGAATCTACCCCCACAACGGAAATTAAAAAGCTCCAACCTCTCGATTCATCCCCAAATCCCATTACTCCTCCCAACCCCACCTCCGCCCCTCCCATCCCCACCACCGATTCCAAGCAAACAACCCCTCCCTCCACCGTCAATTCACGGCCTCGTGAACCCTCTTCCGTACCTGACGCCGATGTCATCAACGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

515 aa · LXL04_035476|LXL04_035476|OH1004|PROTEIN

MATSSGGGETPLKPQAQPPKLTSESTPTTEIKKLQPLDSSPNPITPPNPTSAPPIPTTDSKQTTPPSTVNSRPREPSSVPDADVINVPSYSRWFSWNNIHECEARMLPEFFDGKSPSKTPKVYKYYRNAIIKKFRDSIKETPPSKENPMPKITFTEARRIIIGDVGSVRKVFDFLETWGLINYFGSPITKAQLKWEDKESKNVSASSQQNTDPGITNSVTDSGAQKKKFCSSCNSLCTIACFTNIKKDTTFCARCYVRAG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035476`
TK1151 ID	TkA04G127880
OH-1004 ID	LXL04_035476
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035476

位置 Chr08:23299934-23303049 (+)

描述 Similar to SWI3B: SWI/SNF complex subunit SWI3B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g33610`	相当于 SWI/SNF 复合体的多蛋白复合体的组成部分，SWI/SNF 复合体是一种 ATP 依赖性染色质重塑复合体，是大量基因的基因表达的正向和负向调节所必需的。	AtSWI3B, an Arabidopsis homolog of SWI3, a core subunit of yeast Swi/Snf chromatin remodeling complex, interacts with FCA, a regulator of flowering time.2002 · DOI: 10.1093/nar/gkf458 CHB2, a member of the SWI3 gene family, is a global regulator in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000004305.60407.8b SWI3 subunits of putative SWI/SNF chromatin-remodeling complexes play distinct roles during Arabidopsis development.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.031203
`At1g21700`	相当于 SWI/SNF 复合体的多蛋白复合体的组成部分，SWI/SNF 复合体是一种 ATP 依赖性染色质重塑复合体，是大量基因的基因表达的正向和负向调节所必需的。	CHB2, a member of the SWI3 gene family, is a global regulator in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000004305.60407.8b SWI3 subunits of putative SWI/SNF chromatin-remodeling complexes play distinct roles during Arabidopsis development.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.031203

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0480300`	相当于 SWI/SNF 复合体的多蛋白复合体的组成部分，SWI/SNF 复合体是一种 ATP 依赖性染色质重塑复合体，是大量基因的基因表达的正向和负向调节所必需的。	暂无已核实直接文献
`Os11g0183700`	相当于 SWI/SNF 复合体的多蛋白复合体的组成部分，SWI/SNF 复合体是一种 ATP 依赖性染色质重塑复合体，是大量基因的基因表达的正向和负向调节所必需的。	A lamin-like protein OsNMCP1 regulates drought resistance and root growth through chromatin accessibility modulation by interacting with a chromatin remodeller OsSWI3C in rice.2020 · DOI: 10.1111/nph.16518

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035476 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:2000070 regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21700

ath:AT2G33610

dosa:Os04g0480300

dosa:Os11g0183700

spo:2541851

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.953

排名 1 · LXL04_035476 · OH-1004

细胞质0.106

排名 2 · LXL04_035476 · OH-1004

细胞膜0.025

排名 3 · LXL04_035476 · OH-1004

线粒体0.012

排名 4 · LXL04_035476 · OH-1004

内质网0.011

排名 5 · LXL04_035476 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04433.24SWIRM95-183 aa

PF00249.38Myb_DNA-binding276-320 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_6279-320 aa

PF16495.11SWIRM-assoc_1430-492 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035476	`PF04433.24`	SWIRM	95	183	1.1e-22	80.8
LXL04_035476	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	276	320	2.1e-12	47.7
LXL04_035476	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	279	320	6.2e-09	36.6
LXL04_035476	`PF16495.11`	SWIRM-assoc_1	430	492	4.1e-07	30.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84JG2`	拟南芥	SWI/SNF complex subunit SWI3B	50.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9XI07`	拟南芥	SWI/SNF complex subunit SWI3C	25.651%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0JCC3`	水稻	SWI/SNF complex subunit SWI3A homolog	27.158%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q53KK6`	水稻	SWI/SNF complex subunit SWI3C homolog	26.210%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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