LXL04_034938 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034938

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 7103510-7106506 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1272 bp · LXL04_034938|LXL04_034938|OH1004|cDNA

atgTATAATGCGTACATTGATGGTATGATGAAGGGAAGAAATTCACAAAAAGGAAACGGTACCATTTTCCTAGCTGGCCCACCACTCGTGAAGGATACTCAAAATCCCTTGTATTTGCACAGGGATGCACACAAAAGCCCCTCTTATTGGTCGAGTGTTTGCTTGCATAATATGGCCAATTTGGCAAAGGAGGCAACAACTATTAGACTTGTACTTGAACCTCTTTTTCACAGTTTTGACACTGAAAAACATTGGTTCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1272 bp · LXL04_034938|LXL04_034938|OH1004|CDS

ATGTATAATGCGTACATTGATGGTATGATGAAGGGAAGAAATTCACAAAAAGGAAACGGTACCATTTTCCTAGCTGGCCCACCACTCGTGAAGGATACTCAAAATCCCTTGTATTTGCACAGGGATGCACACAAAAGCCCCTCTTATTGGTCGAGTGTTTGCTTGCATAATATGGCCAATTTGGCAAAGGAGGCAACAACTATTAGACTTGTACTTGAACCTCTTTTTCACAGTTTTGACACTGAAAAACATTGGTTCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

423 aa · LXL04_034938|LXL04_034938|OH1004|PROTEIN

MYNAYIDGMMKGRNSQKGNGTIFLAGPPLVKDTQNPLYLHRDAHKSPSYWSSVCLHNMANLAKEATTIRLVLEPLFHSFDTEKHWFPKKGLAFSILKYLQMVLEESDDKSHLLLSILIKHLELSQFVKQQASIPIVGAISDLIKHLRKCLQSLSEPSSPRVGPISCYMDLQSALEKCISSLLHKLSKMESSCGVRNSFSRDSSTPFEELQLYLQKQLQENLVNFEHLTKKATDAQFEKDKLLLKLESACDGKPWNETDSD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034938`
TK1151 ID	TkA04G273740
OH-1004 ID	LXL04_034938
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 98.109 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034938

位置 Chr08:7103510-7106506 (-)

描述 Similar to KIN4C: Kinesin-like protein KIN-4C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60930`	类驱动马达蛋白，参与纤维素微纤维定向沉积的控制。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B9F2Y7`	微管依赖性马达蛋白，参与控制纤维素微纤维的定向沉积。	暂无已核实直接文献
`Os03g0308200`	通过远轴侧叶细胞分化调节叶片卷曲。	Semi-Rolled Leaf2 modulates rice leaf rolling by regulating abaxial side cell differentiation.2016 · DOI: 10.1093/jxb/erw029

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034938 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程

GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0051231 spindle elongation 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0005875 microtubule associated complex 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009524 phragmoplast 细胞组分

GO:0055028 cortical microtubule 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G60930

dosa:Os02g0742800

dosa:Os02g0742900

dosa:Os03g0308200

osa:4332616

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.466

排名 1 · LXL04_034938 · OH-1004

细胞质0.390

排名 2 · LXL04_034938 · OH-1004

细胞膜0.128

排名 3 · LXL04_034938 · OH-1004

内质网0.080

排名 4 · LXL04_034938 · OH-1004

高尔基体0.062

排名 5 · LXL04_034938 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21052.5EFR3_ARM33-147 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034938	`PF21052.5`	EFR3_ARM	33	147	5.1e-14	52.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4K0J3`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-4C	45.098%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B9F2Y7`	水稻	Kinesin-like protein KIN-4C	37.241%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q10MI0`	水稻	Protein SEMI-ROLLED LEAF 2	28.750%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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