LXL04_033906 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033906

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 64680366-64681807 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

894 bp · LXL04_033906|LXL04_033906|OH1004|cDNA

ATGGCCACTCCATCCCCTCTGTTCCACCTGCGAACATCTTTCTTTCACGGTTTCACCATCAACACTACCAGACCCTTCTCTAATCCCTTCATTTCTCCTTTCAAACCCCACCGTTTTCACATCAAATCAACCAAGATGGAAAGACGTGAAATTACGGCGGAAATAGAAGTGGGCGCCGGTGGAAAGAAGAAGATATTTGTATCAGGAGCCACCGGAAAAACTGGAAAGAGGATCGTCGAGCAACTACTGGCCAAGGGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

894 bp · LXL04_033906|LXL04_033906|OH1004|CDS

ATGGCCACTCCATCCCCTCTGTTCCACCTGCGAACATCTTTCTTTCACGGTTTCACCATCAACACTACCAGACCCTTCTCTAATCCCTTCATTTCTCCTTTCAAACCCCACCGTTTTCACATCAAATCAACCAAGATGGAAAGACGTGAAATTACGGCGGAAATAGAAGTGGGCGCCGGTGGAAAGAAGAAGATATTTGTATCAGGAGCCACCGGAAAAACTGGAAAGAGGATCGTCGAGCAACTACTGGCCAAGGGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

297 aa · LXL04_033906|LXL04_033906|OH1004|PROTEIN

MATPSPLFHLRTSFFHGFTINTTRPFSNPFISPFKPHRFHIKSTKMERREITAEIEVGAGGKKKIFVSGATGKTGKRIVEQLLAKGFAVKAGVRDAEKAKTIFPNLNEDFQIVKADVTEGSDKLAEAIGDDSDAVVCATGFQYSWDLLAPWKVDYYGTVNLVEACRKLGVTKFVLVSSILVNGAAMGQLLNPAYVFLNAFGLVLVAKFQAEQYIRKSGINYTIIRPGGLKNDPPNGNIVMEPEDTLSEGSISRDQVAEVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033906`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033906

位置 Chr07:64680366-64681807 (+)

描述 Similar to At2g34460: Uncharacterized protein At2g34460, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g34460`	未表征蛋白 At2g34460，叶绿体蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g18890`	参与蛋白质前体输入叶绿体。	暂无已核实直接文献
`At2g37660`	未表征蛋白 At2g37660，叶绿体的。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0100300`	参与蛋白质前体输入叶绿体。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033906 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0010287 plastoglobule 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G34460

ath:AT2G37660

ath:AT3G18890

dosa:Os10g0100300

osa:4347935

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.981

排名 1 · LXL04_033906 · OH-1004

线粒体0.032

排名 2 · LXL04_033906 · OH-1004

细胞质0.022

排名 3 · LXL04_033906 · OH-1004

细胞膜0.015

排名 4 · LXL04_033906 · OH-1004

过氧化物酶体0.015

排名 5 · LXL04_033906 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368.20NmrA62-224 aa

PF01370.28Epimerase65-226 aa

PF16363.12GDP_Man_Dehyd66-179 aa

PF01073.263Beta_HSD67-185 aa

PF13460.13NAD_binding_1069-267 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033906	`PF05368.20`	NmrA	62	224	4e-15	56.9
LXL04_033906	`PF01370.28`	Epimerase	65	226	6.4e-12	46.1
LXL04_033906	`PF16363.12`	GDP_Man_Dehyd	66	179	1.1e-06	29.1
LXL04_033906	`PF01073.26`	3Beta_HSD	67	185	7.7e-10	39.0
LXL04_033906	`PF13460.13`	NAD_binding_10	69	267	8.3e-46	156.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H124`	拟南芥	Uncharacterized protein At2g34460, chloroplastic	66.102%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H0U5`	拟南芥	Protein TIC 62, chloroplastic	35.686%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O80934`	拟南芥	Uncharacterized protein At2g37660, chloroplastic	30.502%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q10A77`	水稻	Protein TIC 62, chloroplastic	33.858%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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