LXL04_033042 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033042

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 34934981-34939117 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2028 bp · LXL04_033042|LXL04_033042|OH1004|cDNA

ATGACGGAGGTAGCAAAATTGCTGTACATAGTGGTGGAGGAGGATGAAGAAACGAAAGGGAATGAAGAATCGTCATTTAGATACACGCGCCCTGTTCTTCAGAGCACTTTGCAGTTAATGGGATGTAAAGCACGTCACGCCTTCAAGCTAGATCTCCATGAATGGTACTGTCGCACCGAAAGTGATGTTTCACTCGGTTTACTTTTACCAGAAAGCGACTTGTCTAAAACCGTTGATTTCCAAATAAGCCAGAGAGTATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2028 bp · LXL04_033042|LXL04_033042|OH1004|CDS

ATGACGGAGGTAGCAAAATTGCTGTACATAGTGGTGGAGGAGGATGAAGAAACGAAAGGGAATGAAGAATCGTCATTTAGATACACGCGCCCTGTTCTTCAGAGCACTTTGCAGTTAATGGGATGTAAAGCACGTCACGCCTTCAAGCTAGATCTCCATGAATGGTACTGTCGCACCGAAAGTGATGTTTCACTCGGTTTACTTTTACCAGAAAGCGACTTGTCTAAAACCGTTGATTTCCAAATAAGCCAGAGAGTATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

675 aa · LXL04_033042|LXL04_033042|OH1004|PROTEIN

MTEVAKLLYIVVEEDEETKGNEESSFRYTRPVLQSTLQLMGCKARHAFKLDLHEWYCRTESDVSLGLLLPESDLSKTVDFQISQRVFEIMRNKCLEDTLADIGVIQWGKDFFKVHPLSDKMNTSNHVISEKDGKPFESYKKRTTIVIKRSRFIDVVCDALSEYKYIGPNQRADFLLACRIRERKESVTVLLCGTSGCGKSTLSALLASRLGITTVISTDSIRHMMRSFVDEKQNPLLWSSTYHAGEHLDPVAVSEAKAKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033042`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033042

位置 Chr07:34934981-34939117 (-)

描述 Similar to At3g45090: P-loop NTPase domain-containing protein LPA1 homolog 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g45090`	种子中植酸的积累可能不需要。	Genetic analysis of two OsLpa1-like genes in Arabidopsis reveals that only one is required for wild-type seed phytic acid levels.2010 · DOI: 10.1007/s00425-010-1243-5
`At5g60760`	种子中植酸积累所需。	Genetic analysis of two OsLpa1-like genes in Arabidopsis reveals that only one is required for wild-type seed phytic acid levels.2010 · DOI: 10.1007/s00425-010-1243-5

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0819400`	种子中植酸积累所需。	The rice OsLpa1 gene encodes a novel protein involved in phytic acid metabolism.2008 · DOI: 10.1007/s00122-008-0818-z
`Os09g0572200`	种子中植酸积累所需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033042 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010264 myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G45090

ath:AT5G60760

ddi:DDB_G0273453

ddi:DDB_G0273565

dosa:Os02g0819400

dosa:Os09g0572200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.440

排名 1 · LXL04_033042 · OH-1004

细胞核0.392

排名 2 · LXL04_033042 · OH-1004

细胞膜0.136

排名 3 · LXL04_033042 · OH-1004

高尔基体0.080

排名 4 · LXL04_033042 · OH-1004

内质网0.073

排名 5 · LXL04_033042 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28345.1LPA1_N10-50 aa

PF28345.1LPA1_N80-183 aa

PF13671.13AAA_33189-236 aa

PF13238.13AAA_18189-233 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033042	`PF28345.1`	LPA1_N	10	50	1.5e-48	165.3
LXL04_033042	`PF28345.1`	LPA1_N	80	183	1.5e-48	165.3
LXL04_033042	`PF13671.13`	AAA_33	189	236	4.8e-07	30.9
LXL04_033042	`PF13238.13`	AAA_18	189	233	2.8e-06	28.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93ZS1`	拟南芥	P-loop NTPase domain-containing protein LPA1 homolog 2	60.944%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FJH9`	拟南芥	P-loop NTPase domain-containing protein LPA1 homolog 1	55.805%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9F4I8`	水稻	P-loop NTPase domain-containing protein LPA1	61.035%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q651A1`	水稻	P-loop NTPase domain-containing protein LPA1 homolog	55.589%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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