LXL04_032800 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032800

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 29458031-29460359 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1758 bp · LXL04_032800|LXL04_032800|OH1004|cDNA

ATGGGAAATAATTGCGTGCAGGGGCCCCAGCGTACTGGCTTTTTTTCATCTGTTACAGCAGCAGTCTGGAAAAACCGGCCACCGGCGAACTCTCTTCCCCCTCCCAATTCCAACGATCCGTCCACCCaaaacaagaacaacaacaatGCCAACGACAAGAAACCAGATGATCCGAGTCACAAGGAATCTGAAAAACCACGAGATGTGCAAAGTACCCCGCCAGGTGCTGTTAAAATGTCAGAACAGGAGGCGGCTAAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1758 bp · LXL04_032800|LXL04_032800|OH1004|CDS

ATGGGAAATAATTGCGTGCAGGGGCCCCAGCGTACTGGCTTTTTTTCATCTGTTACAGCAGCAGTCTGGAAAAACCGGCCACCGGCGAACTCTCTTCCCCCTCCCAATTCCAACGATCCGTCCACCCAAAACAAGAACAACAACAATGCCAACGACAAGAAACCAGATGATCCGAGTCACAAGGAATCTGAAAAACCACGAGATGTGCAAAGTACCCCGCCAGGTGCTGTTAAAATGTCAGAACAGGAGGCGGCTAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

585 aa · LXL04_032800|LXL04_032800|OH1004|PROTEIN

MGNNCVQGPQRTGFFSSVTAAVWKNRPPANSLPPPNSNDPSTQNKNNNNANDKKPDDPSHKESEKPRDVQSTPPGAVKMSEQEAAKSGDKAKVTDDKARAQDKPKAATNFKRVQSMGLKDSVLQRRTGNMKEVYSMGKKLGQGQFGTTFLCTEKESGKEFACKSIAKRKLTTKEDVEDVRREIQIMHHLAGHPNVINIVGAYEDAVAVHVVMELCAGGELFDRIIQRGHYTEKKAAELARIIVGVVESCHSLGVMHRDLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032800`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032800

位置 Chr07:29458031-29460359 (+)

描述 Similar to CPK20: Calcium-dependent protein kinase 20

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g38910`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g04870`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	A calcium-dependent protein kinase can inhibit a calmodulin-stimulated Ca2+ pump (ACA2) located in the endoplasmic reticulum of Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1073/pnas.97.11.6224
`At3g10660`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0788500`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`Os03g0789000`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032800 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0043067 regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:1900055 regulation of leaf senescence 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005778 peroxisomal membrane 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38910

ath:AT3G10660

ath:AT5G04870

dosa:Os03g0788500

dosa:Os03g0789000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.620

排名 1 · LXL04_032800 · OH-1004

细胞质0.346

排名 2 · LXL04_032800 · OH-1004

细胞核0.178

排名 3 · LXL04_032800 · OH-1004

高尔基体0.084

排名 4 · LXL04_032800 · OH-1004

内质网0.068

排名 5 · LXL04_032800 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase134-392 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr136-387 aa

PF21008.4AIF-1434-502 aa

PF00036.39EF-hand_1440-466 aa

PF13499.13EF-hand_7440-500 aa

PF13405.13EF-hand_6440-468 aa

PF13202.13EF-hand_5440-462 aa

PF24548.2EF_EFCAB10_C440-476 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032800	`PF00069.32`	Pkinase	134	392	5.3e-78	262.7
LXL04_032800	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	136	387	1.1e-26	94.4
LXL04_032800	`PF21008.4`	AIF-1	434	502	2.1e-08	35.3
LXL04_032800	`PF00036.39`	EF-hand_1	440	466	2e-32	109.0
LXL04_032800	`PF13499.13`	EF-hand_7	440	500	2.9e-31	108.3
LXL04_032800	`PF13405.13`	EF-hand_6	440	468	2e-26	89.8
LXL04_032800	`PF13202.13`	EF-hand_5	440	462	1.7e-25	88.0
LXL04_032800	`PF24548.2`	EF_EFCAB10_C	440	476	7.4e-08	32.6
LXL04_032800	`PF14658.13`	EF-hand_9	442	500	6.7e-08	33.6
LXL04_032800	`PF13833.13`	EF-hand_8	452	502	6.8e-18	64.9
LXL04_032800	`PF00036.39`	EF-hand_1	478	501	2e-32	109.0
LXL04_032800	`PF13499.13`	EF-hand_7	509	571	2.9e-31	108.3
LXL04_032800	`PF13405.13`	EF-hand_6	512	540	2e-26	89.8
LXL04_032800	`PF00036.39`	EF-hand_1	514	538	2e-32	109.0
LXL04_032800	`PF13202.13`	EF-hand_5	514	533	1.7e-25	88.0
LXL04_032800	`PF00036.39`	EF-hand_1	546	572	2e-32	109.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZV15`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 20	71.843%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q06850`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 1	65.296%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q38870`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 2	62.780%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6F3A6`	水稻	Calcium-dependent protein kinase 10	67.291%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q852N6`	水稻	Calcium-dependent protein kinase 11	76.812%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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