LXL04_032660 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032660

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 27338526-27343022 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3309 bp · LXL04_032660|LXL04_032660|OH1004|cDNA

ATGGGTTCATCATCATCGTCATCACCTCAAGGCTTATCCCCAATCCCCGGCCACGTCCTAAAACCTAACATGCACGAGAAAATGAATGGAGAGAAAAAGACAATCACCTCTTCGGTTGGATGTTTGATCCTCATTCTGGTTTTTTCCGGTTATTTTCCACGATGCGTTTGGTGTCAAGACGACCCCGATGATCCTCCTGTGAACAATAAACGACCTAGGATTTCACCATTGTTTTCGAATTTCCTTTCTCAACAATTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3309 bp · LXL04_032660|LXL04_032660|OH1004|CDS

ATGGGTTCATCATCATCGTCATCACCTCAAGGCTTATCCCCAATCCCCGGCCACGTCCTAAAACCTAACATGCACGAGAAAATGAATGGAGAGAAAAAGACAATCACCTCTTCGGTTGGATGTTTGATCCTCATTCTGGTTTTTTCCGGTTATTTTCCACGATGCGTTTGGTGTCAAGACGACCCCGATGATCCTCCTGTGAACAATAAACGACCTAGGATTTCACCATTGTTTTCGAATTTCCTTTCTCAACAATTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1102 aa · LXL04_032660|LXL04_032660|OH1004|PROTEIN

MGSSSSSSPQGLSPIPGHVLKPNMHEKMNGEKKTITSSVGCLILILVFSGYFPRCVWCQDDPDDPPVNNKRPRISPLFSNFLSQQFNKSIRKYKASIKRTLHYCTEDVDKDISGAFNFEGKDEFFTNCQVKFKDLAKRLCTAAELRVYFTSFINKVDDSAKSISQAHFLDPNRNCNLTSWTSGCEPGWASAVNPGQKYEFNETNPRKIPFRTDNSQPCCEGFFCPQGLTCMIPCPLGAYCPVAKLDKKSGICDPYHYQQP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032660`
TK1151 ID	TkA08G194780
OH-1004 ID	LXL04_032660
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 97.913 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032660

位置 Chr07:27338526-27343022 (-)

描述 Similar to WBC30: Putative white-brown complex homolog protein 30

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g37010`	推定白-棕复合体同源蛋白30。	暂无已核实直接文献
`At5g60740`	ABC转运蛋白G家族成员28。	暂无已核实直接文献
`At1g53390`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 24。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B9G5Y5`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 25。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032660 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000082 G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000266 mitochondrial fission 生物过程

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0001708 cell fate specification 生物过程

GO:0001894 tissue homeostasis 生物过程

GO:0006473 protein acetylation 生物过程

GO:0006568 L-tryptophan metabolic process 生物过程

GO:0006778 porphyrin-containing compound metabolic process 生物过程

GO:0006783 heme biosynthetic process 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53390

ath:AT2G37010

ath:AT5G60740

dosa:Os10g0442900

rno:312382

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.785

排名 1 · LXL04_032660 · OH-1004

细胞质0.132

排名 2 · LXL04_032660 · OH-1004

内质网0.088

排名 3 · LXL04_032660 · OH-1004

溶酶体／液泡0.056

排名 4 · LXL04_032660 · OH-1004

高尔基体0.049

排名 5 · LXL04_032660 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005.34ABC_tran538-689 aa

PF19055.7ABC2_membrane_7718-1102 aa

PF01061.30ABC2_membrane855-1019 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032660	`PF00005.34`	ABC_tran	538	689	1.3e-24	88.1
LXL04_032660	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	718	1102	7.5e-177	589.0
LXL04_032660	`PF01061.30`	ABC2_membrane	855	1019	5.7e-08	33.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJK6`	拟南芥	Putative white-brown complex homolog protein 30	57.051%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FF46`	拟南芥	ABC transporter G family member 28	55.636%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9MAG3`	拟南芥	ABC transporter G family member 24	52.302%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9G5Y5`	水稻	ABC transporter G family member 25	47.047%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情