LXL04_032545 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032545

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 25050756-25056184 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2946 bp · LXL04_032545|LXL04_032545|OH1004|cDNA

ATGGGTTCACTTTATGGGACACATGAGATTGTTGAAATAAAGGATGATGAACCTAACTTGAGTGATTATCCCAGTCGTTTCCACCAATCAAGggcaaaagaaaaagaaaaagaaaaagaaaaagaaaaagaaaaagaaaaagagaaaaagcCTCAAGGGTACAGTAGATACATAGAAGAGGACATCAATAAGCTGTTTGAAGGTATCAATATCAGAACTTCATTCAACGGTTCCAGTTATTCAGATGAAACAGGTGTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2946 bp · LXL04_032545|LXL04_032545|OH1004|CDS

ATGGGTTCACTTTATGGGACACATGAGATTGTTGAAATAAAGGATGATGAACCTAACTTGAGTGATTATCCCAGTCGTTTCCACCAATCAAGGGCAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAGAAAAAGCCTCAAGGGTACAGTAGATACATAGAAGAGGACATCAATAAGCTGTTTGAAGGTATCAATATCAGAACTTCATTCAACGGTTCCAGTTATTCAGATGAAACAGGTGTCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

981 aa · LXL04_032545|LXL04_032545|OH1004|PROTEIN

MGSLYGTHEIVEIKDDEPNLSDYPSRFHQSRAKEKEKEKEKEKEKEKEKKPQGYSRYIEEDINKLFEGINIRTSFNGSSYSDETGVSTPRKNPSKKPMRMSLSSSTSGIGIGYSEPKVSLKQALRGLCISQASEMAAIKRHSMPPGSPALSDSGKLTDFYKSVVKSNSNSNSNSRLSNQESTSTSKLPIPNMKSYSNSVQSSPRLTLEKSTKLVRPPQKLNEILLAPESESPEKNPIPIPPATSSESVNSVKPKSTPKSR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032545`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032545

位置 Chr07:25050756-25056184 (+)

描述 Similar to KIPK1: Serine/threonine-protein kinase KIPK1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g52890`	可能参与根生长的负调控。	PERK-KIPK-KCBP signalling negatively regulates root growth in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1093/jxb/eru390
`At2g36350`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能参与根生长的负调控。	暂无已核实直接文献
`At5g47750`	蛋白激酶，通过直接磷酸化调节 PIN 生长素外排促进剂的生长素转运活性。	D6PK AGCVIII kinases are required for auxin transport and phototropic hypocotyl bending in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.111484

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0291600`	可能在代谢调节和信号转导过程中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2YBX5`	可能在代谢调节和信号转导过程中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032545 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0009638 phototropism 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010540 basipetal auxin transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016301 kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G36350

ath:AT3G52890

ath:AT5G47750

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.587

排名 1 · LXL04_032545 · OH-1004

细胞核0.298

排名 2 · LXL04_032545 · OH-1004

细胞膜0.181

排名 3 · LXL04_032545 · OH-1004

线粒体0.051

排名 4 · LXL04_032545 · OH-1004

高尔基体0.045

排名 5 · LXL04_032545 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase397-546 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr398-546 aa

PF00069.32Pkinase624-727 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr630-716 aa

PF01125.23BUD31837-979 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032545	`PF00069.32`	Pkinase	397	546	6.4e-59	200.2
LXL04_032545	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	398	546	1.9e-30	106.8
LXL04_032545	`PF00069.32`	Pkinase	624	727	6.4e-59	200.2
LXL04_032545	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	630	716	1.9e-30	106.8
LXL04_032545	`PF01125.23`	BUD31	837	979	1.6e-62	210.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFA2`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase KIPK1	70.991%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SJM3`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase KIPK2	68.565%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q39183`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase D6PKL2	61.521%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0DCT8`	水稻	Protein kinase G11A	60.723%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2YBX5`	水稻	Protein kinase G11A	60.723%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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