LXL04_032378 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032378

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 21534037-21537285 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3142 bp · LXL04_032378|LXL04_032378|OH1004|cDNA

TTAAAAAATCTAACCAACTTCTCCAACAAAATCTTGTGTCCTTATTCAACAGTCTTATACACAAAACATAGATTCTTTACATCAGTAAACAAAAATGCGTTTCCCGTATACTATATATGTAGTTCTTTGTAATATTGTCTTAATTTTTTCTGTCGATGCTGGATATGACACCGATCGGTTGGCCTTGCTCTCACTCAAGGCCCATATAACATCCGACCCATATAAAATCATGCCTTCATGGAATGACTCGATCCACATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3048 bp · LXL04_032378|LXL04_032378|OH1004|CDS

ATGCGTTTCCCGTATACTATATATGTAGTTCTTTGTAATATTGTCTTAATTTTTTCTGTCGATGCTGGATATGACACCGATCGGTTGGCCTTGCTCTCACTCAAGGCCCATATAACATCCGACCCATATAAAATCATGCCTTCATGGAATGACTCGATCCACATCTGCAACTGGACAGGCATCATATGTGGTCAGAGGCACCAGCGAGTGGTCACAATCAATTTGTGGTCAGGTGGGTTTTCAGGTCCCATATCTCCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1015 aa · LXL04_032378|LXL04_032378|OH1004|PROTEIN

MRFPYTIYVVLCNIVLIFSVDAGYDTDRLALLSLKAHITSDPYKIMPSWNDSIHICNWTGIICGQRHQRVVTINLWSGGFSGPISPEVGNMTFLRELLLHNNSFTGEVPQEIGRLSRLRRLGLSNNSLSGEIPMNISQCRNLIELDLSGNSFIGVIPKEFESLTKLLYINLHSNDITGEIPKFIGNFTSLMFISGLGNNFHGSIPDTLGRLSNLWFFGFAMNNLSGVLPPSFFNISSLTNIDLPDNQIGGNLPSDIAQKF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032378`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032378

位置 Chr07:21534037-21537285 (-)

描述 Similar to At3g47570: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47570`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At3g47570。	暂无已核实直接文献
`At5g20480`	构成了模式识别受体（PPR），决定对延伸因子Tu（EF-Tu）的特异性感知，EF-Tu 是一种强效的病原相关分子模式（PAMPs）防御反应诱导物；在诱导后磷酸化BIK1，以调控免疫反应，例如防御激素的表达（如茉莉酸（JA）和水杨酸（SA））。	暂无已核实直接文献
`At3g47110`	推测的类受体蛋白激酶 At3g47110。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q1MX30`	受体激酶，可检测稻瘟病菌 X.oryzae pv. oryzae 的蛋白 Ax21 以促进先天免疫。	暂无已核实直接文献
`Os11g0569733`	受体激酶，可检测稻瘟病菌 X.oryzae pv. oryzae 的蛋白 Ax21 以促进先天免疫。	Cleavage and nuclear localization of the rice XA21 immune receptor.2012 · DOI: 10.1038/ncomms1932

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032378 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0002764 immune response-regulating signaling pathway 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016045 detection of bacterium 生物过程

GO:0031349 positive regulation of defense response 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0140426 pathogen-associated molecular pattern receptor signaling pathway 生物过程

GO:1900426 positive regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G47110

ath:AT3G47570

ath:AT5G20480

osa:107276510

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.874

排名 1 · LXL04_032378 · OH-1004

内质网0.082

排名 2 · LXL04_032378 · OH-1004

细胞质0.058

排名 3 · LXL04_032378 · OH-1004

细胞核0.035

排名 4 · LXL04_032378 · OH-1004

溶酶体／液泡0.025

排名 5 · LXL04_032378 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_225-63 aa

PF23598.2LRR_1486-214 aa

PF13855.13LRR_8138-176 aa

PF23598.2LRR_14357-467 aa

PF13855.13LRR_8389-446 aa

PF13855.13LRR_8435-495 aa

PF23598.2LRR_14453-589 aa

PF13855.13LRR_8549-590 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032378	`PF08263.18`	LRRNT_2	25	63	4.6e-10	40.3
LXL04_032378	`PF23598.2`	LRR_14	86	214	8.1e-33	114.3
LXL04_032378	`PF13855.13`	LRR_8	138	176	1.8e-34	118.0
LXL04_032378	`PF23598.2`	LRR_14	357	467	8.1e-33	114.3
LXL04_032378	`PF13855.13`	LRR_8	389	446	1.8e-34	118.0
LXL04_032378	`PF13855.13`	LRR_8	435	495	1.8e-34	118.0
LXL04_032378	`PF23598.2`	LRR_14	453	589	8.1e-33	114.3
LXL04_032378	`PF13855.13`	LRR_8	549	590	1.8e-34	118.0
LXL04_032378	`PF00069.32`	Pkinase	699	996	1.8e-36	126.6
LXL04_032378	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	700	999	3.6e-38	132.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0LGP4`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570	43.143%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGT6`	拟南芥	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase EFR	42.415%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SD62`	拟南芥	Putative receptor-like protein kinase At3g47110	44.600%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q1MX30`	水稻	Receptor kinase-like protein Xa21	44.422%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2R2D5`	水稻	Receptor kinase-like protein Xa21	43.800%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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