LXL04_032168 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032168

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 17759375-17761771 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1731 bp · LXL04_032168|LXL04_032168|OH1004|cDNA

ATGGCGGCGATTATGCCAAATTTCGGCCTCCGGCAGCTTCCCCTGCTTAACAAGTTCCGTTCATCTTTTCCTTCGTCGCCTTCACCGTCTCTATACCTTCATCGTTCTTCCTTTTCCATGACTTTACCCGTCGCCATTTCTTCTGATTTGTCCTCTTCTTCAAATGAAGATTCCAAGGAACCCAAATTGAACACAGCCACATTATCCATCACCATTGAAGACCCAGATAACAGAAGTAAGAACAAAAAAGCCAAGCCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1731 bp · LXL04_032168|LXL04_032168|OH1004|CDS

ATGGCGGCGATTATGCCAAATTTCGGCCTCCGGCAGCTTCCCCTGCTTAACAAGTTCCGTTCATCTTTTCCTTCGTCGCCTTCACCGTCTCTATACCTTCATCGTTCTTCCTTTTCCATGACTTTACCCGTCGCCATTTCTTCTGATTTGTCCTCTTCTTCAAATGAAGATTCCAAGGAACCCAAATTGAACACAGCCACATTATCCATCACCATTGAAGACCCAGATAACAGAAGTAAGAACAAAAAAGCCAAGCCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

576 aa · LXL04_032168|LXL04_032168|OH1004|PROTEIN

MAAIMPNFGLRQLPLLNKFRSSFPSSPSPSLYLHRSSFSMTLPVAISSDLSSSSNEDSKEPKLNTATLSITIEDPDNRSKNKKAKPFFPKRGETLELVCESLAFKGKGLCKVEETGYVVMCDRALPGERFVGRVTRKKNNYAEVTKLKTLSPHTDIVEAPCEYALHCGGCKTQNLLYEAQVKAKEEQVRDLVVHVGKFSYKDPEFNNMMKPIVPCDMQFHYRNKMEFSFGPKRWLPKEQLQDKSHDSNVYSLGLHAPGFF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032168`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_032168`
位置	Chr07:17759375-17761771 (-)
描述	Similar to CT0009: Uncharacterized RNA methyltransferase CT0009 (Chlorobaculum tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032168` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0070475 rRNA base methylation 生物过程 GO:0046872 metal ion binding 分子功能 GO:0051539 4 iron, 4 sulfur cluster binding 分子功能 GO:0070041 rRNA (uridine-C5-)-methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bca:BCE_0363 bha:BH0687 bth:BT_0643 cte:CT0009 pgi:PG_1095 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.555

排名 1 · LXL04_032168 · OH-1004

线粒体0.525

排名 2 · LXL04_032168 · OH-1004

细胞质0.044

排名 3 · LXL04_032168 · OH-1004

细胞核0.037

排名 4 · LXL04_032168 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 5 · LXL04_032168 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05958.18tRNA_U5-meth_tr385-574 aa

PF05175.21MTS422-483 aa

PF02475.24TRM5-TYW2_MTfase422-484 aa

PF13847.13Methyltransf_31423-499 aa

PF09445.17Methyltransf_15423-499 aa

PF13649.13Methyltransf_25425-482 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032168	`PF05958.18`	tRNA_U5-meth_tr	385	574	9.2e-18	65.1
LXL04_032168	`PF05175.21`	MTS	422	483	7.2e-07	29.6
LXL04_032168	`PF02475.24`	TRM5-TYW2_MTfase	422	484	1e-06	29.5
LXL04_032168	`PF13847.13`	Methyltransf_31	423	499	1e-14	55.3
LXL04_032168	`PF09445.17`	Methyltransf_15	423	499	1e-06	29.1
LXL04_032168	`PF13649.13`	Methyltransf_25	425	482	2.3e-09	38.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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