LXL04_031674 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031674

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 9450241-9461920 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7629 bp · LXL04_031674|LXL04_031674|OH1004|cDNA

ATGAAAGTGTTGGTGACTGGTGCTTCCGGTTACTTAGGTGGAAGACTCTGCCATGCGCTACTCCATCACGGCCACTCTGTTCGGGCGTTCGTCCGTCGTACCAGCGATCTCTCCTCCATTCCTACTCTGTCCGACGGCGTAGCTCTAGAACTTGCCTATGGTGACGTCACAGACTATCCGTCACTTCTCGCAGCTTGTTCCGGCTGCCAAGTGGTTTTCCACGCCGCTGCTCTAGTGGAACCATGGCTTCCAGATCCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

7629 bp · LXL04_031674|LXL04_031674|OH1004|CDS

ATGAAAGTGTTGGTGACTGGTGCTTCCGGTTACTTAGGTGGAAGACTCTGCCATGCGCTACTCCATCACGGCCACTCTGTTCGGGCGTTCGTCCGTCGTACCAGCGATCTCTCCTCCATTCCTACTCTGTCCGACGGCGTAGCTCTAGAACTTGCCTATGGTGACGTCACAGACTATCCGTCACTTCTCGCAGCTTGTTCCGGCTGCCAAGTGGTTTTCCACGCCGCTGCTCTAGTGGAACCATGGCTTCCAGATCCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2542 aa · LXL04_031674|LXL04_031674|OH1004|PROTEIN

MKVLVTGASGYLGGRLCHALLHHGHSVRAFVRRTSDLSSIPTLSDGVALELAYGDVTDYPSLLAACSGCQVVFHAAALVEPWLPDPSKFLSVNVGGLKNVLRAYKETDVIEKIVYTSSFFALGSTDGYTADESQVHSAKFFCTEYEKSKAIADKIALEAAKEGVPIVPVYPGVIYGSGKVTAGNVVARLIVERFNGRLPGYIGQGTDKFSFSHVDDVVNGHISALDKGKPGERYLLTGENASFMQVFDMAATITNTKRPW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031674`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_031674`
位置	Chr07:9450241-9461920 (+)
描述	Similar to Tf2-6: Transposon Tf2-6 polyprotein (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_031674` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0003887 DNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能 GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	spo:2538755 spo:2541833 spo:2541991 spo:2542672 spo:2542797 spo:2543673 spo:3361218 spo:3361422 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.555

排名 1 · LXL04_031674 · OH-1004

细胞核0.293

排名 2 · LXL04_031674 · OH-1004

线粒体0.119

排名 3 · LXL04_031674 · OH-1004

细胞膜0.069

排名 4 · LXL04_031674 · OH-1004

过氧化物酶体0.065

排名 5 · LXL04_031674 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368.20NmrA2-140 aa

PF01370.28Epimerase3-234 aa

PF02719.22Polysacc_synt_23-118 aa

PF01073.263Beta_HSD4-225 aa

PF16363.12GDP_Man_Dehyd4-254 aa

PF13460.13NAD_binding_107-128 aa

PF07993.19NAD_binding_466-219 aa

PF03732.25PEG10_N-capsid515-586 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031674	`PF05368.20`	NmrA	2	140	7.9e-11	42.8
LXL04_031674	`PF01370.28`	Epimerase	3	234	5.1e-29	102.1
LXL04_031674	`PF02719.22`	Polysacc_synt_2	3	118	4.6e-07	30.0
LXL04_031674	`PF01073.26`	3Beta_HSD	4	225	5.6e-20	72.2
LXL04_031674	`PF16363.12`	GDP_Man_Dehyd	4	254	3.6e-15	57.0
LXL04_031674	`PF13460.13`	NAD_binding_10	7	128	2.1e-11	44.7
LXL04_031674	`PF07993.19`	NAD_binding_4	66	219	7.3e-14	52.3
LXL04_031674	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	515	586	2.1e-21	76.8
LXL04_031674	`PF19259.5`	Ty3_capsid	549	674	3.2e-20	73.1
LXL04_031674	`PF30901.1`	PEG10-RTL1_C-capsid	600	666	4.7e-09	36.8
LXL04_031674	`PF08284.17`	RVP_2	767	861	1.5e-22	80.5
LXL04_031674	`PF13975.12`	gag-asp_proteas	770	859	4.6e-24	85.5
LXL04_031674	`PF13650.12`	Asp_protease_2	770	835	1.1e-19	71.7
LXL04_031674	`PF30863.1`	PRO_PEG10-RTL1	780	876	1.4e-15	58.4
LXL04_031674	`PF00078.33`	RVT_1	1011	1169	4.1e-41	141.8
LXL04_031674	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	1231	1325	3.3e-28	98.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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