LXL04_031602 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031602

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 8183940-8187843 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1206 bp · LXL04_031602|LXL04_031602|OH1004|cDNA

ATGTTCTGCTCGCCGGAGCATTTCCACGGCGGCAACATATCATCGACTGACGAGGATGAATGTGCAGTGTGTTTGAGAAGAATCGACGATGATGATGAGATTAGTGAGTTGAGGTGCAATCATGTCTGCCATAGAAATTGCTTGGATGTATGGCTCGAGTGTAGACATACGACATGTCCGGTATGTTATGATAACTTGCTGGCTCCGCCGAAGGTCGGCCACGGCAGCCATGGAATTGGAATTCAAGAATTGGTGTTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1206 bp · LXL04_031602|LXL04_031602|OH1004|CDS

ATGTTCTGCTCGCCGGAGCATTTCCACGGCGGCAACATATCATCGACTGACGAGGATGAATGTGCAGTGTGTTTGAGAAGAATCGACGATGATGATGAGATTAGTGAGTTGAGGTGCAATCATGTCTGCCATAGAAATTGCTTGGATGTATGGCTCGAGTGTAGACATACGACATGTCCGGTATGTTATGATAACTTGCTGGCTCCGCCGAAGGTCGGCCACGGCAGCCATGGAATTGGAATTCAAGAATTGGTGTTCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

401 aa · LXL04_031602|LXL04_031602|OH1004|PROTEIN

MFCSPEHFHGGNISSTDEDECAVCLRRIDDDDEISELRCNHVCHRNCLDVWLECRHTTCPVCYDNLLAPPKVGHGSHGIGIQELVFFDFCRVDSNSDYDDIPSPGSRPPAVRDNAKRIVRHNEDHEKKMKQRDDIVAKLDAHLSSVDEKKSMKRRQLELQEETQEGTILLNHLSILEKNGLEDQDREIVATAKNKSHDIPSPGSRPPAGRDNAKRIVRHNEDHEKKMKQRDDIVAKLDAHLSSVDEKKSMKRRQLELQEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031602`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031602

位置 Chr07:8183940-8187843 (-)

描述 Similar to ATL6: E3 ubiquitin-protein ligase ATL6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g05200`	E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。	暂无已核实直接文献
`At1g35330`	RING-H2 指蛋白 ATL34。	暂无已核实直接文献
`At2g35420`	RING-H2指蛋白ATL28。	暂无已核实直接文献
`At2g04240`	在翻译后水平上对脱落酸稳态的作用，可能是通过泛素/蛋白酶体依赖性底物特异性降解。	Upregulation of an Arabidopsis RING-H2 gene, XERICO, confers drought tolerance through increased abscisic acid biosynthesis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02782.x Global analysis of della direct targets in early gibberellin signaling in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.054999

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0188200`	在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031602 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009687 abscisic acid metabolic process 生物过程

GO:0009688 abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G04240

ath:AT2G35420

ath:AT3G05200

dosa:Os03g0188200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.519

排名 1 · LXL04_031602 · OH-1004

细胞核0.518

排名 2 · LXL04_031602 · OH-1004

细胞膜0.070

排名 3 · LXL04_031602 · OH-1004

线粒体0.043

排名 4 · LXL04_031602 · OH-1004

内质网0.030

排名 5 · LXL04_031602 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_219-62 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031602	`PF13639.13`	zf-RING_2	19	62	1.2e-09	38.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXX9`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase ATL6	52.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C7I1`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL34	37.037%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6NKR1`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL28	31.967%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SI09`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO	38.889%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8H7N9`	水稻	E3 ubiquitin-protein ligase Os03g0188200	51.923%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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