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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_031463
当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 6272054-6273603 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

951 bp · LXL04_031463|LXL04_031463|OH1004|cDNA

ATGACTCAACCATCAGTTATTTTAGCAACTGCTAGCTATGATCACACCATTAGGTTCTGGGAGGCCAAAAGTGGACGCTGCTATCGGACCATTCAGTATCCAGAATCTCAAGTTAATCGGCTAGAGATAACTCCAGATAAGAGATACCTAGCTGCTGCAGGCAACCCACACATTCGACTTTTTGATGTTAACTCCACCAGCCCTCAACCCGTTATGAGCTATGATTCACACACGAGCAATGTGATGGCTGTGGGATTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

951 bp · LXL04_031463|LXL04_031463|OH1004|CDS

ATGACTCAACCATCAGTTATTTTAGCAACTGCTAGCTATGATCACACCATTAGGTTCTGGGAGGCCAAAAGTGGACGCTGCTATCGGACCATTCAGTATCCAGAATCTCAAGTTAATCGGCTAGAGATAACTCCAGATAAGAGATACCTAGCTGCTGCAGGCAACCCACACATTCGACTTTTTGATGTTAACTCCACCAGCCCTCAACCCGTTATGAGCTATGATTCACACACGAGCAATGTGATGGCTGTGGGATTCCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

316 aa · LXL04_031463|LXL04_031463|OH1004|PROTEIN

MTQPSVILATASYDHTIRFWEAKSGRCYRTIQYPESQVNRLEITPDKRYLAAAGNPHIRLFDVNSTSPQPVMSYDSHTSNVMAVGFQCDGKWMYSGSEDGTVKIWDLRAPGCQREYESRAAVNTVVLHPNQTELISGDQNGNIRVWDLTANSCSCELVPEVDTAVRSLTVMWDGSLVVAANNKGTCYVWRLLRGTQTMTNFEPLHKLQAHDGYILKCLLSPEFCEPQRYLATASSDSTVKIWNVDGFTLEKTLVGHQRWV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_031463
TK1151 IDTkA08G107970
OH-1004 IDLXL04_031463
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)90.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_031463
位置Chr07:6272054-6273603 (-)
描述Similar to LST8: Target of rapamycin complex subunit LST8
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g18140 TORC1复合物的组成部分，该复合物是控制植物发育的必需细胞生长调节因子。
Mutations in the Arabidopsis homolog of LST8/GβL, a partner of the target of Rapamycin kinase, impair plant growth, flowering, and metabolic adaptation to long days.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.091306
Mutations in the Arabidopsis Lst8 and Raptor genes encoding partners of the TOR complex, or inhibition of TOR activity decrease abscisic acid (ABA) synthesis.2015 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2015.10.028
At2g22040 可能是非功能性蛋白质。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0681700 TORC1复合物的组成部分，该复合物是控制植物发育的必需细胞生长调节因子。
Evolutionary conservation of TORC1 components, TOR, Raptor, and LST8, between rice and yeast.2015 · DOI: 10.1007/s00438-015-1056-0
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031463 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程
GO:0007584 response to nutrient 生物过程
GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程
GO:0030435 sporulation resulting in formation of a cellular spore 生物过程
GO:0030838 positive regulation of actin filament polymerization 生物过程
GO:0031929 TOR signaling 生物过程
GO:0032956 regulation of actin cytoskeleton organization 生物过程
GO:0038202 TORC1 signaling 生物过程
GO:0038203 TORC2 signaling 生物过程
GO:0043327 chemotaxis to cAMP 生物过程
GO:0043520 regulation of myosin II filament assembly 生物过程
GO:0048571 long-day photoperiodism 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G22040
ath:AT3G18140
ddi:DDB_G0292592
dosa:Os03g0681700
osa:4333729
spo:2540645
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.517
排名 1 · LXL04_031463 · OH-1004
细胞核0.445
排名 2 · LXL04_031463 · OH-1004
溶酶体／液泡0.121
排名 3 · LXL04_031463 · OH-1004
细胞膜0.086
排名 4 · LXL04_031463 · OH-1004
高尔基体0.071
排名 5 · LXL04_031463 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st5-55 aa
PF24805.2EIF3I5-109 aa
PF25175.2Beta-prop_WDR56-194 aa
PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd6-109 aa
PF25174.2Beta-prop_THOC37-66 aa
PF24814.2WD40_Prp197-112 aa
PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st7-70 aa
PF23414.2Beta-prop_EML_27-109 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_031463PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st5551.9e-51175.1
LXL04_031463PF24805.2EIF3I51091.5e-2280.9
LXL04_031463PF25175.2Beta-prop_WDR561949e-52176.9
LXL04_031463PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd61091.6e-30107.1
LXL04_031463PF25174.2Beta-prop_THOC37662.5e-50171.7
LXL04_031463PF24814.2WD40_Prp1971125.3e-45154.4
LXL04_031463PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st7701.8e-43149.6
LXL04_031463PF23414.2Beta-prop_EML_271096.4e-30105.1
LXL04_031463PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd71103.9e-2899.4
LXL04_031463PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd71106.2e-2588.5
LXL04_031463PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd71071.1e-2281.2
LXL04_031463PF24817.2WD40_WDHD1_1st81141.2e-31110.7
LXL04_031463PF23393.3Beta-prop_WDR90_POC16_2nd8965.4e-2279.1
LXL04_031463PF23409.2Beta-prop_EML101084.3e-1969.7
LXL04_031463PF30552.1CFAP251_N101526.4e-1246.0
LXL04_031463PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st121152.1e-1660.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LV27拟南芥Target of rapamycin complex subunit LST8-186.408%Swiss-Prot强数据库同源证据
F4IIK6拟南芥Non-functional target of rapamycin complex subunit LST8-271.287%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9AYE4水稻Target of rapamycin complex subunit LST888.179%Swiss-Prot强数据库同源证据

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