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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G107970
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 28084305-28086480 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1358 bp · TkA08G107970|TK1151|cDNA

TATATCAAGTTTTGTCACAAAAAGCTATATACATGAATCAAATTGGTATAAACCCCGTTAAACATAGGTCATAGTCATAGGGTTCTACTACCTGAAATCTGATTCCGGAAAACAAAAGCCGCCAGAAAAGCCCACAACTGATCGGCAGTCATCACTCTCGTCGCCGCTCCGTGATTCAGAGAAGAATAATCCCGGTGGTTTTGCAGAGTCTCGAAAGTTATTCAATTACGCACTTCACCTTTTTCGTTCTATTCAAATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

891 bp · TkA08G107970|TK1151|CDS

ATGACTCAACCATCAGTTATTTTAGCAACTGCTAGCTATGATCACACCATTAGGTTCTGGGAGGCCAAAAGTGGACGCTGCTATCGGACCATTCAGTATCCAGAATCTCAAGTTAATCGGCTAGAGATAACTCCAGATAAGAGATACCTAGCTGCTGCAGGCAACCCACACATTCGACTTTTTGATGTTAACTCCACCAGCCCTCAACCCGTTATGAGCTATGATTCACACACGAGCAATGTGATGGCTGTGGGATTCCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

296 aa · TkA08G107970|TK1151|PROTEIN

MTQPSVILATASYDHTIRFWEAKSGRCYRTIQYPESQVNRLEITPDKRYLAAAGNPHIRLFDVNSTSPQPVMSYDSHTSNVMAVGFQCDGKWMYSGSEDGTVKIWDLRAPGCQREYESRAAVNTVVLHPNQTELISGDQNGNIRVWDLTANSCSCELVPEVDTAVRSLTVMWDGSLVVAANNKGTCYVWRLLRGTQTMTNFEPLHKLQAHDGYILKCLLSPEFCEPQRYLATASSDSTVKIWNVDGFTLEKTLVASSDTT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G107970
TK1151 IDTkA08G107970
OH-1004 IDLXL04_031463
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)90.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G107970
位置Chr08:28084305-28086480 (-)
描述Similar to LST8: Target of rapamycin complex subunit LST8
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g18140 TORC1复合物的组成部分，该复合物是控制植物发育的必需细胞生长调节因子。
Mutations in the Arabidopsis homolog of LST8/GβL, a partner of the target of Rapamycin kinase, impair plant growth, flowering, and metabolic adaptation to long days.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.091306
Mutations in the Arabidopsis Lst8 and Raptor genes encoding partners of the TOR complex, or inhibition of TOR activity decrease abscisic acid (ABA) synthesis.2015 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2015.10.028
At2g22040 可能是非功能性蛋白质。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0681700 TORC1复合物的组成部分，该复合物是控制植物发育的必需细胞生长调节因子。
Evolutionary conservation of TORC1 components, TOR, Raptor, and LST8, between rice and yeast.2015 · DOI: 10.1007/s00438-015-1056-0
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031463 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程
GO:0007584 response to nutrient 生物过程
GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程
GO:0030435 sporulation resulting in formation of a cellular spore 生物过程
GO:0030838 positive regulation of actin filament polymerization 生物过程
GO:0031929 TOR signaling 生物过程
GO:0032956 regulation of actin cytoskeleton organization 生物过程
GO:0038202 TORC1 signaling 生物过程
GO:0038203 TORC2 signaling 生物过程
GO:0043327 chemotaxis to cAMP 生物过程
GO:0043520 regulation of myosin II filament assembly 生物过程
GO:0048571 long-day photoperiodism 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G22040
ath:AT3G18140
ddi:DDB_G0292592
dosa:Os03g0681700
osa:4333729
spo:2540645
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.542
排名 1 · TkA08G107970 · TK1151
细胞核0.409
排名 2 · TkA08G107970 · TK1151
溶酶体／液泡0.124
排名 3 · TkA08G107970 · TK1151
细胞膜0.100
排名 4 · TkA08G107970 · TK1151
高尔基体0.077
排名 5 · TkA08G107970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25178Beta-prop_WDR414-46 aa
PF25173Beta-prop_WDR3_1st5-62 aa
PF24805EIF3I5-111 aa
PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR15-66 aa
PF23383Beta-prop_IFT140_1st5-25 aa
PF20426NBCH_WD405-27 aa
PF28639DNAI3_WD5-30 aa
PF25175Beta-prop_WDR56-194 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G107970PF25178Beta-prop_WDR414463.1e-1246.7
TkA08G107970PF25173Beta-prop_WDR3_1st5626.1e-39134.3
TkA08G107970PF24805EIF3I51114.2e-1763.0
TkA08G107970PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR15667.7e-1039.0
TkA08G107970PF23383Beta-prop_IFT140_1st5252.5e-0937.1
TkA08G107970PF20426NBCH_WD405274.2e-0833.2
TkA08G107970PF28639DNAI3_WD5300.07412.6
TkA08G107970PF25175Beta-prop_WDR561945.1e-41141.6
TkA08G107970PF24796WDR556221.5e-2280.8
TkA08G107970PF25172Beta-prop_WDR3_2nd61091.8e-2177.3
TkA08G107970PF29037DSE1_N6472.3e-1350.7
TkA08G107970PF11715Beta-prop_Nup120_16061063.6e-0729.9
TkA08G107970PF00400WD407201.8e-42142.6
TkA08G107970PF25174Beta-prop_THOC37661.2e-39136.8
TkA08G107970PF24814WD40_Prp1971122.6e-36125.9
TkA08G107970PF23381Beta-prop_IFT122_1st7695.9e-34118.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LV27拟南芥sp|Q9LV27|LST81_ARATH Target of rapamycin complex subunit LST8-177.300%Swiss-Prot高置信
F4IIK6拟南芥sp|F4IIK6|LST82_ARATH Non-functional target of rapamycin complex subunit LST8-271.500%Swiss-Prot高置信
Q9AYE4水稻sp|Q9AYE4|LST8_ORYSJ Target of rapamycin complex subunit LST878.300%Swiss-Prot高置信

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