LXL04_030867 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030867

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 124293718-124294801 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

627 bp · LXL04_030867|LXL04_030867|OH1004|cDNA

ATGGAGGTTTTCGAAGTTGATGAGCCGGAGCATCTACTGTTATTAAGAGAACACGAACATGACGAATTTAATCGATCAGAAGCTAAAATTGAAGTGAAGAATCTATCGCGATGTCCGAGCGGTAGCGGTAAGTCTACGCTTGTAAGAGCACTCAATCGGCTATGGGAGCCAGCTTCGGGCACGGTGTTTCTCGACGGAAAAGATATCACCGGCCTCGATGTTCTTCAGCTCCGGCGAAAAGTCGGTATGCTGTTTCAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

627 bp · LXL04_030867|LXL04_030867|OH1004|CDS

ATGGAGGTTTTCGAAGTTGATGAGCCGGAGCATCTACTGTTATTAAGAGAACACGAACATGACGAATTTAATCGATCAGAAGCTAAAATTGAAGTGAAGAATCTATCGCGATGTCCGAGCGGTAGCGGTAAGTCTACGCTTGTAAGAGCACTCAATCGGCTATGGGAGCCAGCTTCGGGCACGGTGTTTCTCGACGGAAAAGATATCACCGGCCTCGATGTTCTTCAGCTCCGGCGAAAAGTCGGTATGCTGTTTCAGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

208 aa · LXL04_030867|LXL04_030867|OH1004|PROTEIN

MEVFEVDEPEHLLLLREHEHDEFNRSEAKIEVKNLSRCPSGSGKSTLVRALNRLWEPASGTVFLDGKDITGLDVLQLRRKVGMLFQLPVLFEGTVADNIRYGPRELSVGQAQRVALARTLANDPEVLLLDEPTSALDPVSTQNIEDLLMKLKSKGMTIVIVSHSIKQIQKIADVVCLVVGGEIVEVLNLEQLSEAKHPMARRFLELGS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030867`
TK1151 ID	TkA07G437630
OH-1004 ID	LXL04_030867
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	75.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 60.577 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030867

位置 Chr06:124293718-124294801 (-)

描述 Similar to ABCI17: ABC transporter I family member 17

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g67940`	ABC 转运蛋白 I 家族成员 17。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0695800`	与 STAR2 结合形成根中铝 (Al) 解毒所需的功能性跨膜 ABC 转运蛋白。	A bacterial-type ABC transporter is involved in aluminum tolerance in rice.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064543

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030867 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010044 response to aluminum ion 生物过程

GO:0015786 UDP-glucose transmembrane transport 生物过程

GO:0035435 phosphate ion transmembrane transport 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0012506 vesicle membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005315 phosphate transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0005460 UDP-glucose transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0015415 ATPase-coupled phosphate ion transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

afu:AF_1359

ath:AT1G67940

dosa:Os06g0695800

tte:TTE0320

tte:TTE1628

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.665

排名 1 · LXL04_030867 · OH-1004

细胞核0.321

排名 2 · LXL04_030867 · OH-1004

过氧化物酶体0.097

排名 3 · LXL04_030867 · OH-1004

线粒体0.073

排名 4 · LXL04_030867 · OH-1004

细胞膜0.044

排名 5 · LXL04_030867 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005.34ABC_tran39-98 aa

PF00005.34ABC_tran97-134 aa

PF13304.13AAA_21115-164 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030867	`PF00005.34`	ABC_tran	39	98	2.7e-23	83.8
LXL04_030867	`PF00005.34`	ABC_tran	97	134	2.7e-23	83.8
LXL04_030867	`PF13304.13`	AAA_21	115	164	1.3e-08	35.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9W0`	拟南芥	ABC transporter I family member 17	57.769%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0D9V6`	水稻	Protein STAR1	67.337%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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