LXL04_030799 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030799

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 122993955-122996308 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1353 bp · LXL04_030799|LXL04_030799|OH1004|cDNA

ATGCCACGAACAACTACGGTAGAATCTGCTGGCTGTCCTCCACTTCGCGCCCTAACTTTCGACGTTCTTGGTCTCATTAAAGTTACGGAAGCTCGAAGTAAGCAAGGAGGAGTTCCTAAGGTTGTCGAGAGATGGGGGGAACCAGACTCCTCTCGATGCGTGCTTGCTGTTTCTACTAATGACCGTAAAATCGACCCTCTGTTAGCAGTTGCAAGGAAAAGTGGTGTGGTTGAGTTGCTTAGCTCCATTAATGGTGATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1353 bp · LXL04_030799|LXL04_030799|OH1004|CDS

ATGCCACGAACAACTACGGTAGAATCTGCTGGCTGTCCTCCACTTCGCGCCCTAACTTTCGACGTTCTTGGTCTCATTAAAGTTACGGAAGCTCGAAGTAAGCAAGGAGGAGTTCCTAAGGTTGTCGAGAGATGGGGGGAACCAGACTCCTCTCGATGCGTGCTTGCTGTTTCTACTAATGACCGTAAAATCGACCCTCTGTTAGCAGTTGCAAGGAAAAGTGGTGTGGTTGAGTTGCTTAGCTCCATTAATGGTGATAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

450 aa · LXL04_030799|LXL04_030799|OH1004|PROTEIN

MPRTTTVESAGCPPLRALTFDVLGLIKVTEARSKQGGVPKVVERWGEPDSSRCVLAVSTNDRKIDPLLAVARKSGVVELLSSINGDIRVSLPSDNQSDVQSQEDNIVGLHLFKKQTSQSSSRSCTLLTCTSKGFSTLRSFSIPNSQSDSISDDTPTTWNVSAAGNVLCCKVDENENYALYGGKGVEVNIWDLTTHTKIWTAKSPKKNSLGIFTPTWFTSATFLHKDDHRKFVAGTNSHQVRLYDMSAQRRPVVSFDFRET...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030799`
TK1151 ID	TkA07G432170
OH-1004 ID	LXL04_030799
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_030799`
位置	Chr06:122993955-122996308 (+)
描述	Similar to WDR74: WD repeat-containing protein 74
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_030799` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0016070 RNA metabolic process 生物过程 GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程 GO:0000176 nuclear exosome (RNase complex) 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0030687 preribosome, large subunit precursor 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:505875 ddi:DDB_G0290555 dha:DEHA2C10186g hsa:54663 mmu:107071 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.942

排名 1 · LXL04_030799 · OH-1004

细胞质0.178

排名 2 · LXL04_030799 · OH-1004

线粒体0.016

排名 3 · LXL04_030799 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 4 · LXL04_030799 · OH-1004

内质网0.007

排名 5 · LXL04_030799 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st154-330 aa

PF24814.2WD40_Prp19161-345 aa

PF23098.2Beta-prop_NOL10_N163-267 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5165-343 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st186-341 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st187-340 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz217-346 aa

PF24796.2WDR55227-332 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030799	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	154	330	1.1e-12	48.6
LXL04_030799	`PF24814.2`	WD40_Prp19	161	345	1.8e-11	44.3
LXL04_030799	`PF23098.2`	Beta-prop_NOL10_N	163	267	5.4e-08	33.1
LXL04_030799	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	165	343	4.7e-09	36.7
LXL04_030799	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	186	341	2.1e-11	44.6
LXL04_030799	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	187	340	8.1e-08	32.7
LXL04_030799	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	217	346	1.4e-11	45.0
LXL04_030799	`PF24796.2`	WDR55	227	332	4.3e-06	26.7
LXL04_030799	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	228	340	3e-09	37.2
LXL04_030799	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	230	335	1.3e-06	28.6
LXL04_030799	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	260	352	3.7e-06	27.2
LXL04_030799	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	264	337	1.1e-12	48.6
LXL04_030799	`PF00400.39`	WD40	291	330	1.6e-07	32.3
LXL04_030799	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	307	353	2.3e-11	44.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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