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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_030552
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 118458965-118466651 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4596 bp · LXL04_030552|LXL04_030552|OH1004|cDNA

ATGTCTAGATTTCTCACCACCACCGTCCACATTTCCGCTGCTATCCTCACCAAATCCCGATCGCCGCTTCATCTCTCCGCTTCTCAGTTCTCCTTTCCACATGTCACTTCAACTAAGTTTCATCATCTGAAACCTCATCGGAGCATCTCAATTCGAGCTGTCAATTCATCGTCTGACACCAAAAGTGAGGACGTTTCGTCAGAGAAACAAGAGGATAAAAGTGAATCCAAGTCCGAATTGGATAATAATGGCAGTTTTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

4596 bp · LXL04_030552|LXL04_030552|OH1004|CDS

ATGTCTAGATTTCTCACCACCACCGTCCACATTTCCGCTGCTATCCTCACCAAATCCCGATCGCCGCTTCATCTCTCCGCTTCTCAGTTCTCCTTTCCACATGTCACTTCAACTAAGTTTCATCATCTGAAACCTCATCGGAGCATCTCAATTCGAGCTGTCAATTCATCGTCTGACACCAAAAGTGAGGACGTTTCGTCAGAGAAACAAGAGGATAAAAGTGAATCCAAGTCCGAATTGGATAATAATGGCAGTTTTAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1531 aa · LXL04_030552|LXL04_030552|OH1004|PROTEIN

MSRFLTTTVHISAAILTKSRSPLHLSASQFSFPHVTSTKFHHLKPHRSISIRAVNSSSDTKSEDVSSEKQEDKSESKSELDNNGSFRGDDAYPSGEFEFQSPGAWKSFVVKLRMLIAYPWQRVRKGSVLNLKLRGQISDQVKTRFSSGLSLPQICENLIKAAYDPRISGVYLHIETLNCGWGKIEEIRRHILDFRKSGKFIIGYAPLWSEKEYYLGCACEELYAPPSAYFSLYGLTASASFLGGVLEKIGVEPQVQRIGK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_030552
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_030552
位置Chr06:118458965-118466651 (+)
描述Similar to SPPA: Serine protease SPPA, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g73990 丝氨酸蛋白酶，可能参与叶绿体中天线和光系统 II 的光依赖性降解。
Identification and characterization of SppA, a novel light-inducible chloroplast protease complex associated with thylakoid membranes.2001 · DOI: 10.1074/jbc.m100506200
Loss of chloroplast protease SPPA function alters high light acclimation processes in Arabidopsis thaliana L. (Heynh.).2009 · DOI: 10.1093/jxb/erp051
At1g18485 含五重复肽结构域的蛋白 At1g18485。 暂无已核实直接文献
At4g21300 含五肽重复的蛋白 At4g21300。 暂无已核实直接文献
At3g63370 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At3g03580 含五肽重复序列的蛋白 At3g03580。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030552 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006465 signal peptide processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0009642 response to light intensity 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分
GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G18485
ath:AT1G73990
ath:AT3G03580
ath:AT3G63370
ath:AT4G21300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.689
排名 1 · LXL04_030552 · OH-1004
线粒体0.276
排名 2 · LXL04_030552 · OH-1004
细胞核0.026
排名 3 · LXL04_030552 · OH-1004
细胞质0.019
排名 4 · LXL04_030552 · OH-1004
细胞膜0.009
排名 5 · LXL04_030552 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01343.24Peptidase_S49195-344 aa
PF01343.24Peptidase_S49445-596 aa
PF01535.27PPR901-927 aa
PF13041.13PPR_21029-1076 aa
PF01535.27PPR1032-1062 aa
PF13041.13PPR_21131-1178 aa
PF01535.27PPR1135-1164 aa
PF13041.13PPR_21233-1279 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_030552PF01343.24Peptidase_S491953444.5e-61206.1
LXL04_030552PF01343.24Peptidase_S494455964.5e-61206.1
LXL04_030552PF01535.27PPR9019274.2e-69224.8
LXL04_030552PF13041.13PPR_2102910764.8e-65216.2
LXL04_030552PF01535.27PPR103210624.2e-69224.8
LXL04_030552PF13041.13PPR_2113111784.8e-65216.2
LXL04_030552PF01535.27PPR113511644.2e-69224.8
LXL04_030552PF13041.13PPR_2123312794.8e-65216.2
LXL04_030552PF12854.14PPR_1123312615.8e-37125.8
LXL04_030552PF01535.27PPR123512644.2e-69224.8
LXL04_030552PF13041.13PPR_2133513804.8e-65216.2
LXL04_030552PF01535.27PPR133813654.2e-69224.8
LXL04_030552PF20431.5E_motif145115136e-2072.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C9C0拟南芥Serine protease SPPA, chloroplastic67.773%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q0WN60拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g1848548.335%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9STE1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g2130033.163%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9M1V3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic32.987%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SS60拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0358031.783%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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