LXL04_030101 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030101

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 108191975-108199896 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5460 bp · LXL04_030101|LXL04_030101|OH1004|cDNA

ATGGATTCTGATGCTGGTAATACATCTCAAGATGGGAGGGCCACTGATGACCGTGATGAAGATAACCATGATGAATATGAAGATGCTCTAAAATCTCAACTGgcagatgatgatgatgagtaTGAAGATGCTCGTGATGGCAATCGTCTTTTGGAATTCATGTTTGGAAATATCGATGGGTCTGGTGATCTTGACATTGATTACCTTGATGAGGATGCAAAGGAGCATCTTGCTGCATTAGCTGACAAACTTGGTTCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

5460 bp · LXL04_030101|LXL04_030101|OH1004|CDS

ATGGATTCTGATGCTGGTAATACATCTCAAGATGGGAGGGCCACTGATGACCGTGATGAAGATAACCATGATGAATATGAAGATGCTCTAAAATCTCAACTGGCAGATGATGATGATGAGTATGAAGATGCTCGTGATGGCAATCGTCTTTTGGAATTCATGTTTGGAAATATCGATGGGTCTGGTGATCTTGACATTGATTACCTTGATGAGGATGCAAAGGAGCATCTTGCTGCATTAGCTGACAAACTTGGTTCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1819 aa · LXL04_030101|LXL04_030101|OH1004|PROTEIN

MDSDAGNTSQDGRATDDRDEDNHDEYEDALKSQLADDDDEYEDARDGNRLLEFMFGNIDGSGDLDIDYLDEDAKEHLAALADKLGSSLTDIHLSVKTSQKSSDATEQDYDVKDENAVDYEDIDEQYEGPEVQALTEEDYLLPKSDYVSTTVPPVAPSSIFDDDNYDEDEEEEEGEGLQKEQDPVLDNNVDQVDQTQTTTSLPEDDNTNAAVEIEISDPDVVELPKEDTDISEEPLEAKSSTPLPVLCVEDGNVILRFSEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030101`
TK1151 ID	TkA07G375620
OH-1004 ID	LXL04_030101
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030101

位置 Chr06:108191975-108199896 (-)

描述 Similar to TAF1: Transcription initiation factor TFIID subunit 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g32750`	TAF 是转录因子 IID (TFIID) 复合物的组成部分，对于介导 RNA 聚合酶转录的调节至关重要。	暂无已核实直接文献
`At3g19040`	TAF 是转录因子 IID 复合物的组成部分，对于介导 RNA 聚合酶转录的调节至关重要。	Arabidopsis HAF2 gene encoding TATA-binding protein (TBP)-associated factor TAF1, is required to integrate light signals to regulate gene expression and growth.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m409000200 Arabidopsis GCN5, HD1, and TAF1/HAF2 interact to regulate histone acetylation required for light-responsive gene expression.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.043489

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0645700`	TFIID基础转录因子复合物的最大组成部分和核心支架。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030101 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0051123 RNA polymerase II preinitiation complex assembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005669 transcription factor TFIID complex 细胞组分

GO:0004402 histone acetyltransferase activity 分子功能

GO:0016251 RNA polymerase II general transcription initiation factor activity 分子功能

GO:0017025 TBP-class protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32750

ath:AT3G19040

ddi:DDB_G0292242

osa:9266475

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.952

排名 1 · LXL04_030101 · OH-1004

细胞质0.133

排名 2 · LXL04_030101 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 3 · LXL04_030101 · OH-1004

线粒体0.017

排名 4 · LXL04_030101 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_030101 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09247.17TBP-binding38-85 aa

PF12157.14DUF3591533-1097 aa

PF11976.15Rad60-SLD616-686 aa

PF00240.30ubiquitin618-688 aa

PF00439.31Bromodomain1710-1784 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030101	`PF09247.17`	TBP-binding	38	85	1.9e-09	38.4
LXL04_030101	`PF12157.14`	DUF3591	533	1097	6.9e-120	401.5
LXL04_030101	`PF11976.15`	Rad60-SLD	616	686	3.3e-08	33.9
LXL04_030101	`PF00240.30`	ubiquitin	618	688	5.8e-12	45.9
LXL04_030101	`PF00439.31`	Bromodomain	1710	1784	1.3e-18	67.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LRK9`	拟南芥	Transcription initiation factor TFIID subunit 1	50.077%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6PUA2`	拟南芥	Transcription initiation factor TFIID subunit 1b	44.806%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q67W65`	水稻	Transcription initiation factor TFIID subunit 1	49.758%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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