LXL04_029930 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029930

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 103535416-103539764 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4191 bp · LXL04_029930|LXL04_029930|OH1004|cDNA

ATGGCTGCGTCCTTGGAGATTACAGCCTCCGAATTCTTACAAGGTTCAAGGACTCGTAACTTCTTCTTGCCAAAACCTTTACCAAAGAGCAGAAGCTCCCATCTGCTCTTCGGTTTATCTCAACACAAAAGAAACAATCTGGTGAGAATATGCAGccaaggtgttcgacgaaatgcctccAAGAAAGTCAAGGCCGTGGTATCGGTAGACACACAGGATCTGGGCAGTGTCgacaaaaccgaaaccgaaaaaGTCATTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

4191 bp · LXL04_029930|LXL04_029930|OH1004|CDS

ATGGCTGCGTCCTTGGAGATTACAGCCTCCGAATTCTTACAAGGTTCAAGGACTCGTAACTTCTTCTTGCCAAAACCTTTACCAAAGAGCAGAAGCTCCCATCTGCTCTTCGGTTTATCTCAACACAAAAGAAACAATCTGGTGAGAATATGCAGCCAAGGTGTTCGACGAAATGCCTCCAAGAAAGTCAAGGCCGTGGTATCGGTAGACACACAGGATCTGGGCAGTGTCGACAAAACCGAAACCGAAAAAGTCATTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1396 aa · LXL04_029930|LXL04_029930|OH1004|PROTEIN

MAASLEITASEFLQGSRTRNFFLPKPLPKSRSSHLLFGLSQHKRNNLVRICSQGVRRNASKKVKAVVSVDTQDLGSVDKTETEKVIHFYRTPLIQETANEELLKSIQTKISNQIVGLKTEQCFNIGIEGSLSSEKLSVLKWLLRETYEPNNLGEESYFPKEKVNTVVVEVGPRLSFTTAWSANAVSICQACSLSEVTRLERSRRYILFLESGTTLPDTQIHEFAAMVHDRMTECIYPQKLVSFKTSLVPEQVYSIPVMEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029930`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029930

位置 Chr06:103535416-103539764 (+)

描述 Similar to At1g74260: Probable phosphoribosylformylglycinamidine synthase, chloroplastic/mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g74260`	对雄性配子体发育至关重要。	pur4 mutations are lethal to the male, but not the female, gametophyte and affect sporophyte development in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.120014

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029930 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006164 purine nucleotide biosynthetic process 生物过程

GO:0006177 GMP biosynthetic process 生物过程

GO:0006189 'de novo' IMP biosynthetic process 生物过程

GO:0006541 glutamine metabolic process 生物过程

GO:0009113 purine nucleobase biosynthetic process 生物过程

GO:0009168 purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0044208 'de novo' AMP biosynthetic process 生物过程

GO:0055046 microgametogenesis 生物过程

GO:0097294 'de novo' XMP biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74260

ddi:DDB_G0288145

dme:Dmel_CG9127

hsa:5198

mmu:237823

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.850

排名 1 · LXL04_029930 · OH-1004

线粒体0.170

排名 2 · LXL04_029930 · OH-1004

细胞质0.069

排名 3 · LXL04_029930 · OH-1004

细胞核0.031

排名 4 · LXL04_029930 · OH-1004

过氧化物酶体0.028

排名 5 · LXL04_029930 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18076.7FGAR-AT_N122-238 aa

PF18072.7FGAR-AT_linker265-314 aa

PF02769.28AIRS_C528-682 aa

PF22689.2FGAR-AT_PurM_N-like746-899 aa

PF02769.28AIRS_C925-1060 aa

PF13507.13GATase_51128-1392 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029930	`PF18076.7`	FGAR-AT_N	122	238	1.6e-18	67.5
LXL04_029930	`PF18072.7`	FGAR-AT_linker	265	314	4.7e-11	43.7
LXL04_029930	`PF02769.28`	AIRS_C	528	682	1.4e-49	168.9
LXL04_029930	`PF22689.2`	FGAR-AT_PurM_N-like	746	899	4.6e-53	180.0
LXL04_029930	`PF02769.28`	AIRS_C	925	1060	1.4e-49	168.9
LXL04_029930	`PF13507.13`	GATase_5	1128	1392	2.1e-106	355.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M8D3`	拟南芥	Probable phosphoribosylformylglycinamidine synthase, chloroplastic/mitochondrial	76.312%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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