LXL04_029580 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029580

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 94722351-94722905 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

555 bp · LXL04_029580|LXL04_029580|OH1004|cDNA

ATGGCACTAGTCGTTCATAAATACAGTCTTTTTGTACTCTTAACGTTCTTGATATTGCATTCTTTTTCCACTTTTGCTCACTCGAAACACACGAACGAAAAGAAACCATGCAAGAGATTTGTGCTGTACTACCACGACATCCTTTTCAATGGCACTAATGTCGCTAATGCCACATCAGCCACAACTGCAAACGGCACCATGCTTGGAAATTTTCAGCTTGGAAAGCTTGTGGTCTTCGATGATCCCATGACCAAAGATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

555 bp · LXL04_029580|LXL04_029580|OH1004|CDS

ATGGCACTAGTCGTTCATAAATACAGTCTTTTTGTACTCTTAACGTTCTTGATATTGCATTCTTTTTCCACTTTTGCTCACTCGAAACACACGAACGAAAAGAAACCATGCAAGAGATTTGTGCTGTACTACCACGACATCCTTTTCAATGGCACTAATGTCGCTAATGCCACATCAGCCACAACTGCAAACGGCACCATGCTTGGAAATTTTCAGCTTGGAAAGCTTGTGGTCTTCGATGATCCCATGACCAAAGATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

184 aa · LXL04_029580|LXL04_029580|OH1004|PROTEIN

MALVVHKYSLFVLLTFLILHSFSTFAHSKHTNEKKPCKRFVLYYHDILFNGTNVANATSATTANGTMLGNFQLGKLVVFDDPMTKDNNLLSTPVARAQGFYFYDMKTTYNAWFSYTLVFNSSEHKGTINIMGADIMDEETRDLSVVGGTGAFFMTRGICTLRTDAIEGVAYFRVEMDIKLYECY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029580`
TK1151 ID	TkA07G325940
OH-1004 ID	LXL04_029580
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 64.130 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029580

位置 Chr06:94722351-94722905 (+)

描述 Similar to DIR5: Dirigent protein 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64160`	可能参与木脂素等次生代谢物合成中的立体选择性偶联。	Opposite stereoselectivities of dirigent proteins in Arabidopsis and schizandra species.2012 · DOI: 10.1074/jbc.m112.387423
`At4g23690`	Dirigent 蛋白赋予苯氧基自由基偶联反应立体选择性，在木脂素、黄酮木脂素和生物碱的生物合成中从两分子松柏醇产生光学活性木脂素，从而在植物次生代谢中发挥核心作用。	Opposite stereoselectivities of dirigent proteins in Arabidopsis and schizandra species.2012 · DOI: 10.1074/jbc.m112.387423
`At4g11210`	Dirigent 蛋白赋予苯氧基自由基偶联反应立体选择性，在木脂素、黄酮木脂素和生物碱的生物合成中从两分子松柏醇产生光学活性木脂素，从而在植物次生代谢中发挥核心作用。	暂无已核实直接文献
`At4g11190`	Dirigent 蛋白赋予苯氧基自由基偶联反应立体选择性，在木脂素、黄酮木脂素和生物碱的生物合成中从两分子松柏醇产生光学活性木脂素，从而在植物次生代谢中发挥核心作用。	暂无已核实直接文献
`At4g11180`	导向蛋白赋予苯氧自由基偶联反应立体选择性，使两分子松柏醇生成具有光学活性的木脂素；参与木脂素、黄酮木脂素及生物碱的生物合成，在植物次生代谢中发挥核心作用（基于相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029580 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009699 phenylpropanoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009807 lignan biosynthetic process 生物过程

GO:1901598 (-)-pinoresinol metabolic process 生物过程

GO:1901599 (-)-pinoresinol biosynthetic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0042349 guiding stereospecific synthesis activity 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64160

ath:AT4G11180

ath:AT4G11190

ath:AT4G11210

ath:AT4G23690

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.516

排名 1 · LXL04_029580 · OH-1004

内质网0.140

排名 2 · LXL04_029580 · OH-1004

细胞膜0.108

排名 3 · LXL04_029580 · OH-1004

溶酶体／液泡0.094

排名 4 · LXL04_029580 · OH-1004

细胞质0.074

排名 5 · LXL04_029580 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03018.20Dirigent37-180 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029580	`PF03018.20`	Dirigent	37	180	1.3e-35	123.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SH66`	拟南芥	Dirigent protein 5	68.553%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SUQ8`	拟南芥	Dirigent protein 6	69.231%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9T019`	拟南芥	Dirigent protein 14	54.348%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9T017`	拟南芥	Dirigent protein 13	52.717%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O82498`	拟南芥	Dirigent protein 12	53.039%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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