LXL04_029526 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029526

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 93008698-93012878 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1866 bp · LXL04_029526|LXL04_029526|OH1004|cDNA

ATGGAAAACTTAGCGGGATTCTGTTCAATGGCAGCCACTCTGTTTCTGCTTATGGGAGTTCTACCTTTGGTTTTATCCAGAGGACATGACTATGGAGAAGCTCTAAGCAAAAGCATTCTGTTCTTCGAAGCTCAGAGATCCGGTTATCTTCCCGGTAATCAAAGAGTTAACTGGAGAGGAAACTCGGGCCTCCTCGATGGCAAAACCAATGGGGTGGATCTGGTGGGAGGGTATTATGATGCAGGGGATAACGTGAAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1866 bp · LXL04_029526|LXL04_029526|OH1004|CDS

ATGGAAAACTTAGCGGGATTCTGTTCAATGGCAGCCACTCTGTTTCTGCTTATGGGAGTTCTACCTTTGGTTTTATCCAGAGGACATGACTATGGAGAAGCTCTAAGCAAAAGCATTCTGTTCTTCGAAGCTCAGAGATCCGGTTATCTTCCCGGTAATCAAAGAGTTAACTGGAGAGGAAACTCGGGCCTCCTCGATGGCAAAACCAATGGGGTGGATCTGGTGGGAGGGTATTATGATGCAGGGGATAACGTGAAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

621 aa · LXL04_029526|LXL04_029526|OH1004|PROTEIN

MENLAGFCSMAATLFLLMGVLPLVLSRGHDYGEALSKSILFFEAQRSGYLPGNQRVNWRGNSGLLDGKTNGVDLVGGYYDAGDNVKFGLPMAFTVTMMSWSIMEYGSQMGASGELTHAMEAVKWGTDYLIKAHPEPHALYGEVGDGNTDHYCWQRPEDMTTSRNAYRIDESNPGSDLAGETAAAMAAASIIFRRSNPAYSRELLTHAYQLFDFADKYRGKYDSSITVAQKYYRSVSGYADELLWAAAWMYKATSNKYYLD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029526`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029526

位置 Chr06:93008698-93012878 (-)

描述 Similar to At1g64390: Endoglucanase 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64390`	内β-葡聚糖酶6。	暂无已核实直接文献
`At4g11050`	内切葡聚糖酶 19。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0220100`	水解1,4-β-葡聚糖和1,3-1,4-β-葡聚糖的1,4-β-糖苷键。	暂无已核实直接文献
`Os05g0212300`	内切葡聚糖酶 15。	暂无已核实直接文献
`Os01g0219600`	内切葡聚糖酶1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029526 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0030245 cellulose catabolic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0008810 cellulase activity 分子功能

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64390

ath:AT4G11050

dosa:Os01g0219600

dosa:Os01g0220100

dosa:Os05g0212300

osa:4324641

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.444

排名 1 · LXL04_029526 · OH-1004

细胞膜0.290

排名 2 · LXL04_029526 · OH-1004

溶酶体／液泡0.149

排名 3 · LXL04_029526 · OH-1004

细胞质0.121

排名 4 · LXL04_029526 · OH-1004

内质网0.093

排名 5 · LXL04_029526 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00759.26Glyco_hydro_931-490 aa

PF09478.17CBM49528-606 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029526	`PF00759.26`	Glyco_hydro_9	31	490	1.5e-166	555.8
LXL04_029526	`PF09478.17`	CBM49	528	606	6.1e-28	97.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42059`	拟南芥	Endoglucanase 6	76.230%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8L7I0`	拟南芥	Endoglucanase 19	72.968%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5NAT0`	水稻	Endoglucanase 2	61.699%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6L4I2`	水稻	Endoglucanase 15	61.836%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5NAT8`	水稻	Endoglucanase 1	60.755%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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