LXL04_029509 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029509

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 92648667-92652906 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2814 bp · LXL04_029509|LXL04_029509|OH1004|cDNA

ATGCTTCCTACACAAATTGGGATACCTGATAAATTTGTATTACATGGGCCTTTTTCTTCCCAATCCAGCAATACGCTCCGTACCTCACTCCCTATCAAAACCCCCCTTAGAAATGATTATAGACGAATTGAATTCAGGAGAAAAAGACAGCATTTTCCCCATGCGTTCTTTCGAAAATCCGATTCGGATCAAAGTAATGATAATAGTCCACCACAAGATGATTTTGTAACTAGGGTTCTAAAGGAAAATCCTTGCCAGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2814 bp · LXL04_029509|LXL04_029509|OH1004|CDS

ATGCTTCCTACACAAATTGGGATACCTGATAAATTTGTATTACATGGGCCTTTTTCTTCCCAATCCAGCAATACGCTCCGTACCTCACTCCCTATCAAAACCCCCCTTAGAAATGATTATAGACGAATTGAATTCAGGAGAAAAAGACAGCATTTTCCCCATGCGTTCTTTCGAAAATCCGATTCGGATCAAAGTAATGATAATAGTCCACCACAAGATGATTTTGTAACTAGGGTTCTAAAGGAAAATCCTTGCCAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

937 aa · LXL04_029509|LXL04_029509|OH1004|PROTEIN

MLPTQIGIPDKFVLHGPFSSQSSNTLRTSLPIKTPLRNDYRRIEFRRKRQHFPHAFFRKSDSDQSNDNSPPQDDFVTRVLKENPCQVEPRYKIGDNLYTLKEKQNLGKKSHGSNSASEILKKLNLTGSNNNKSGDGVDYSQDVYLNDILRKSKGKLYVPEQIFVEELSEEAEFDNEFEMLPRMSFEDLQKSINTDMVQKITFKDEGAFGRKDLIVELKEIPGAKNLQRTKWSIKLTGNQVRTVLNEYNGPRYEIETQTMA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029509`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029509

位置 Chr06:92648667-92652906 (-)

描述 Similar to FTSHI1: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g23940`	在叶绿体生物发生和叶绿体分裂中发挥功能。	The distinctive roles of five different ARC genes in the chloroplast division process in Arabidopsis.1999 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1999.00500.x FtsHi1/ARC1 is an essential gene in Arabidopsis that links chloroplast biogenesis and division.2012 · DOI: 10.1111/tpj.12001 FtsHi4 is essential for embryogenesis due to its influence on chloroplast development in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0099741

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029509 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010020 chloroplast fission 生物过程

GO:0010304 PSII associated light-harvesting complex II catabolic process 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0043572 plastid fission 生物过程

GO:0045037 protein import into chloroplast stroma 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G23940

sth:STH3198

tle:Tlet_1535

tma:TM0580

tmi:THEMA_01765

tmm:Tmari_0578

tmw:THMA_0595

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.905

排名 1 · LXL04_029509 · OH-1004

线粒体0.080

排名 2 · LXL04_029509 · OH-1004

细胞核0.042

排名 3 · LXL04_029509 · OH-1004

细胞质0.029

排名 4 · LXL04_029509 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 5 · LXL04_029509 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00004.36AAA466-606 aa

PF17862.8AAA_lid_3629-671 aa

PF01434.25Peptidase_M41696-895 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029509	`PF00004.36`	AAA	466	606	5.3e-40	137.6
LXL04_029509	`PF17862.8`	AAA_lid_3	629	671	6.8e-06	26.3
LXL04_029509	`PF01434.25`	Peptidase_M41	696	895	2e-15	57.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22993`	拟南芥	Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 1, chloroplastic	69.204%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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