LXL04_029353 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029353

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 88235624-88238656 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2301 bp · LXL04_029353|LXL04_029353|OH1004|cDNA

ATGGCTTCATCAAATCCCCACACGGAAACCATACATGAAATCATGGCAACATACAAATCACTTCCACCACGACCTTCCATTGAAGAGCTTGAAGCAGCCATATCCGTAATCAAAACAGCCAACACCGAAGAAAAacagaaacttgatgaaatctCCATCCAAATATGCCCACAAGATGTCCCACCCCACCTCTTCTCTGTCCTCCAACAGGTTCGACAAACCATGGTCGTGTTTCAGTGCCAAGAACAAAGAAAAGAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2301 bp · LXL04_029353|LXL04_029353|OH1004|CDS

ATGGCTTCATCAAATCCCCACACGGAAACCATACATGAAATCATGGCAACATACAAATCACTTCCACCACGACCTTCCATTGAAGAGCTTGAAGCAGCCATATCCGTAATCAAAACAGCCAACACCGAAGAAAAACAGAAACTTGATGAAATCTCCATCCAAATATGCCCACAAGATGTCCCACCCCACCTCTTCTCTGTCCTCCAACAGGTTCGACAAACCATGGTCGTGTTTCAGTGCCAAGAACAAAGAAAAGAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

766 aa · LXL04_029353|LXL04_029353|OH1004|PROTEIN

MASSNPHTETIHEIMATYKSLPPRPSIEELEAAISVIKTANTEEKQKLDEISIQICPQDVPPHLFSVLQQVRQTMVVFQCQEQRKEALHILHVDNTYQTFDELIQKASKCVLGDTQLDKEDDLKYPIGNLEKQQLITDESLLISNKIDKVESFKGFVKSSSSKSTVFPSGTEESEKLSMMKVAALIETIAKQDGKVLDLQSKLMENIEWLPVSLGKLSNITELNLSDNKIMALPTSITNLTALTKLDVHSNQLINLPNSF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029353`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029353

位置 Chr06:88235624-88238656 (+)

描述 Similar to IRL5: Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35470`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献
`At2g17440`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献
`At5g05850`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	PIRL1 and PIRL9, encoding members of a novel plant-specific family of leucine-rich repeat proteins, are essential for differentiation of microspores into pollen.2010 · DOI: 10.1007/s00425-010-1242-6 Effect of sporophytic PIRL9 genotype on post-meiotic expression of the Arabidopsis pirl1;pirl9 mutant pollen phenotype.2011 · DOI: 10.1007/s00425-010-1324-5

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0572300`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献
`Os08g0511700`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029353 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0055046 microgametogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17440

ath:AT4G35470

ath:AT5G05850

dosa:Os08g0511700

dosa:Os10g0572300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.300

排名 1 · LXL04_029353 · OH-1004

细胞质0.300

排名 2 · LXL04_029353 · OH-1004

细胞膜0.243

排名 3 · LXL04_029353 · OH-1004

内质网0.134

排名 4 · LXL04_029353 · OH-1004

线粒体0.079

排名 5 · LXL04_029353 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23598.2LRR_14196-294 aa

PF13855.13LRR_8212-253 aa

PF13855.13LRR_8219-276 aa

PF12799.14LRR_4219-256 aa

PF13855.13LRR_8265-322 aa

PF23598.2LRR_14292-407 aa

PF23598.2LRR_14415-472 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029353	`PF23598.2`	LRR_14	196	294	1e-33	117.3
LXL04_029353	`PF13855.13`	LRR_8	212	253	1.2e-21	76.9
LXL04_029353	`PF13855.13`	LRR_8	219	276	1.2e-21	76.9
LXL04_029353	`PF12799.14`	LRR_4	219	256	9.2e-17	61.4
LXL04_029353	`PF13855.13`	LRR_8	265	322	1.2e-21	76.9
LXL04_029353	`PF23598.2`	LRR_14	292	407	1e-33	117.3
LXL04_029353	`PF23598.2`	LRR_14	415	472	1e-33	117.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVW8`	拟南芥	Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 4	46.429%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5G5E0`	拟南芥	Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 5	45.161%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FFJ3`	拟南芥	Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 1	44.398%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8S7M7`	水稻	Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 5	50.188%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6Z8P4`	水稻	Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 4	41.741%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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