LXL04_029146 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029146

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 81862542-81867666 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3279 bp · LXL04_029146|LXL04_029146|OH1004|cDNA

ATGCCATCACCTCCTTCCAAAATTTCTTTTTTTGCAGTTTTTGATTATATAAAGTTGATTGATGAGAAAATGAGTAATCGGCCGAGTACGCGCAACAAGAACAAGAGGCCAAGATCGGATAACAATGCAGAAGTCGTATCTGAATTATACAGGAAAATTCACTTATCCAATGAAGTCTCAAAGGATGATATAAAGCAGTTATTTATGTTTGGAAAGCCAGTATGTCAAGGTTGCAGAGTAAACACAAAAGATAACCCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3279 bp · LXL04_029146|LXL04_029146|OH1004|CDS

ATGCCATCACCTCCTTCCAAAATTTCTTTTTTTGCAGTTTTTGATTATATAAAGTTGATTGATGAGAAAATGAGTAATCGGCCGAGTACGCGCAACAAGAACAAGAGGCCAAGATCGGATAACAATGCAGAAGTCGTATCTGAATTATACAGGAAAATTCACTTATCCAATGAAGTCTCAAAGGATGATATAAAGCAGTTATTTATGTTTGGAAAGCCAGTATGTCAAGGTTGCAGAGTAAACACAAAAGATAACCCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1092 aa · LXL04_029146|LXL04_029146|OH1004|PROTEIN

MPSPPSKISFFAVFDYIKLIDEKMSNRPSTRNKNKRPRSDNNAEVVSELYRKIHLSNEVSKDDIKQLFMFGKPVCQGCRVNTKDNPNCFCGLIPPSNGNRKSGLWQKTSEIVFSLGPDPSKDLRASLNTPAGLTNLGATCYANSILQFLYMNKSFREGVLCVEPEVLSKQPVLGQLARLFAQLHASKMAFIDSAPFIEALALDNGIQQDSHEFLTLLFSLLEQCLSSSQVSKARTVVQDLFRGGVSHVTKCSKCGNQSEA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029146`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029146

位置 Chr06:81862542-81867666 (-)

描述 Similar to UBP26: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 26

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g49600`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	Control of DNA methylation and heterochromatic silencing by histone H2B deubiquitination.2007 · DOI: 10.1038/nature05864

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0192800`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2XDG4`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029146 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005929 cilium 细胞组分

GO:0004197 cysteine-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0004843 cysteine-type deubiquitinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G49600

dosa:Os03g0192800

hsa:84196

rno:362636

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.745

排名 1 · LXL04_029146 · OH-1004

细胞质0.316

排名 2 · LXL04_029146 · OH-1004

线粒体0.055

排名 3 · LXL04_029146 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 4 · LXL04_029146 · OH-1004

内质网0.027

排名 5 · LXL04_029146 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00443.36UCH131-463 aa

PF13423.13UCH_1131-405 aa

PF06337.18DUSP542-602 aa

PF06337.18DUSP647-709 aa

PF06337.18DUSP775-861 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029146	`PF00443.36`	UCH	131	463	4.5e-50	171.3
LXL04_029146	`PF13423.13`	UCH_1	131	405	1e-16	62.2
LXL04_029146	`PF06337.18`	DUSP	542	602	3.4e-20	73.0
LXL04_029146	`PF06337.18`	DUSP	647	709	3.4e-20	73.0
LXL04_029146	`PF06337.18`	DUSP	775	861	3.4e-20	73.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCJ9`	拟南芥	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 26	57.635%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A3AF13`	水稻	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 26	58.287%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2XDG4`	水稻	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 26	58.249%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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