RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_029009
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 77648229-77653879 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1743 bp · LXL04_029009|LXL04_029009|OH1004|cDNA

ATGATTCTACGAACAAATTTAATGGAAATCACATCAAAGTTAACTCATTCCAAAACCAATTCCTCCTCCCAGAATCGTAAAGCCCATCGTCGGCATGGTTGTGTGTGTGTCCAATCATCCACCATCCGGTTGTCACTCCACAAACCTCACCGGAAAATTCTCCAACCGGTCAAGGATCCGACAAAGGAACTGATTCTAACCACCGCCGCTACCAACACTTCCTCTGACATTCTACGGTTGTTGGACTGCCTTGGCTTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1743 bp · LXL04_029009|LXL04_029009|OH1004|CDS

ATGATTCTACGAACAAATTTAATGGAAATCACATCAAAGTTAACTCATTCCAAAACCAATTCCTCCTCCCAGAATCGTAAAGCCCATCGTCGGCATGGTTGTGTGTGTGTCCAATCATCCACCATCCGGTTGTCACTCCACAAACCTCACCGGAAAATTCTCCAACCGGTCAAGGATCCGACAAAGGAACTGATTCTAACCACCGCCGCTACCAACACTTCCTCTGACATTCTACGGTTGTTGGACTGCCTTGGCTTTCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

580 aa · LXL04_029009|LXL04_029009|OH1004|PROTEIN

MILRTNLMEITSKLTHSKTNSSSQNRKAHRRHGCVCVQSSTIRLSLHKPHRKILQPVKDPTKELILTTAATNTSSDILRLLDCLGFPVPDALYISFIKECTHFRDPNEALVLYAHLTRNRRNQPRLPLLNRILIMFVSCGCIHNAQQVFDEMSKRDLNSWAIMIAAYADSGDYEEVIKLFTNSELQYLINGSSRFPVSWILVCVLKASANTLNLELGKQIHGWLLKTGYADDIFVGSSLINLYTNNEYSHDGDLVFDHIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_029009
TK1151 IDTkA07G261200
OH-1004 IDLXL04_029009
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.500 / OH-1004 67.241
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_029009
位置Chr06:77648229-77653879 (-)
描述Similar to PCMP-A1: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g31790
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g31790 含五重复肽重复序列的蛋白 At1g31790。 暂无已核实直接文献
At3g24000 含五螺旋重复的线粒体蛋白 At3g24000。 暂无已核实直接文献
At4g18520 对正常叶绿体发育是必需的。
Seedling Lethal1, a pentatricopeptide repeat protein lacking an E/E+ or DYW domain in Arabidopsis, is involved in plastid gene expression and early chloroplast development.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.227199
PPR protein PDM1/SEL1 is involved in RNA editing and splicing of plastid genes in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1007/s11120-015-0171-4
At1g68930 推测含有五肽重复序列的蛋白 At1g68930。 暂无已核实直接文献
At4g37170 含五肽重复的蛋白At4g37170。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029009 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G31790
ath:AT3G24000
ath:AT4G18520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.465
排名 1 · LXL04_029009 · OH-1004
线粒体0.346
排名 2 · LXL04_029009 · OH-1004
细胞核0.089
排名 3 · LXL04_029009 · OH-1004
细胞质0.037
排名 4 · LXL04_029009 · OH-1004
细胞膜0.008
排名 5 · LXL04_029009 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2263-311 aa
PF05699.20Dimer_Tnp_hAT472-554 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_029009PF13041.13PPR_22633113.7e-2175.7
LXL04_029009PF05699.20Dimer_Tnp_hAT4725541.4e-31108.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C6R9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g3179042.136%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LIQ7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g24000, mitochondrial28.653%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q0WNP3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g18520, chloroplastic33.113%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9CAA8拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g6893034.266%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
O23169拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3717030.286%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看